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敲除篩選技術(shù)實驗流程

 生物學(xué)渣 2021-05-16

CRISPR/Cas9系統(tǒng)可以通過sgRNA高效、特異地靶向特定DNA序列,造成雙鏈斷裂,引入Indel(short insert/deletion)突變,從而導(dǎo)致目的基因的功能缺失。由于sgRNA序列較短,因此較容易獲得一個能夠覆蓋全基因組范圍的寡聚核酸序列文庫,進而建立sgRNA文庫;利用慢病毒作為載體,可獲得每個細胞單個基因敲除的細胞文庫;再通過藥物或者表型篩選獲得目的細胞;最后進行高通量測序,可以檢測出相應(yīng)的敲除基因。與傳統(tǒng)的RNAi全基因組篩選相比, CRISPR/Cas9系統(tǒng)在敲除效率和特異性方面具有顯著優(yōu)勢。利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)對細胞進行全基因組范圍內(nèi)的功能缺失策略進行高通量篩選已成為越來越多研究人員尋找與表型相關(guān)基因靶點的重要方法。

  技術(shù)特點

  通過慢病毒形式的文庫可以提高敲除效率;

  包含123,411條sgRNA,能夠覆蓋19,050個基因及1864個microRNA;

  能夠提供1*108TU的病毒顆粒;

  采用第三代慢病毒包裝系統(tǒng),雙病毒方案,有效提高病毒感染效率。

  適用范圍

  尋找潛在的藥物靶點;

  篩選藥物活性、藥物敏感性靶標基因;

  發(fā)現(xiàn)潛在的聯(lián)合用藥靶點或者相關(guān)信號通路;

  細胞對致死致病源感染的敏感基因;

  腫瘤細胞增殖關(guān)鍵基因。

  實驗流程

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