疑點一：墜機現(xiàn)場沒有殘骸

「93航班」墜毀后，墜機地點竟沒有發(fā)現(xiàn)任何大點的殘骸，長達155英尺、擁有兩個超過12噸重引擎的波音757客機似乎徹底消失了。更離奇的是，一個有著飯廳大小的機身殘骸竟然在墜機地點兩英里外的印第安湖碼頭處被找到，除非飛機是在空中爆炸，否則這個機身殘骸不可能飛到兩英里外的地方。而重達至少6噸的飛機引擎全都失蹤，僅在距墜機地點1英里外的地方找到一個一噸重的引擎殘骸零件。FBI宣稱，這個引擎殘骸是在墜毀后「彈跳」到1英里外的地方的。

疑點二：目擊者看到了導(dǎo)彈

好幾名目擊者稱，看到「93航班」墜毀前，曾有兩架F-16戰(zhàn)斗機跟在它后面，有人還宣稱親眼看到戰(zhàn)斗機發(fā)射了兩枚導(dǎo)彈，其中一枚導(dǎo)彈擊中波音客機的引擎，導(dǎo)致飛機「像石頭一樣往下掉」。還有一些目擊者稱先「聽到一聲巨響」，然后看到客機往下掉。

疑點三：竟有兩個墜機時間

「93航班」的黑匣子據(jù)稱是在墜機坑底25英尺深的地方找到的，黑匣子顯示的墜機時間卻和地震局測出的墜機時間有「3分鐘的奇怪差異」，也就是說「93航班」有兩個墜機時間！根據(jù)當?shù)?個地震站測出的記錄，飛機是在10時06分撞上地面的，可后來五角大樓和「9·11調(diào)查委員會」卻將墜機時間糾正為10時03分。

疑點四：黑匣子中多出祈禱

「93航班」的黑匣子一直由聯(lián)邦調(diào)查局保管，直到2002年4月，F(xiàn)BI才向遇難者家屬播放了黑匣子錄音。遇難者家屬稱，根據(jù)他們傾聽的內(nèi)容，9月11日9時58分，客機上發(fā)生了打斗的聲音，10時03分，黑匣子錄音出現(xiàn)了最后的噪聲，隨后就陷入沉默。聽過錄音帶的肯尼斯·奈克說：「黑匣子中沒有任何撞擊的聲音。」

然而2006年審判穆薩維一案的法官要求公布黑匣子的錄音抄本時，最后竟出現(xiàn)了恐怖分子大聲祈禱的聲音，而當初遇難者家屬根本沒聽到這種聲音，這證實了黑匣子錄音帶遭到篡改的猜疑。

疑點五：航班上電話特別多

一個令專家異常困惑的問題是，「93航班」上的乘客們在飛機被劫持后向家人打了很多電話，稱他們準備反擊?？墒牵煸绯孔蚕蚴蕾Q(mào)雙塔的兩架客機和撞向五角大樓的客機上，卻幾乎沒有什么乘客打給親人的告別電話。官方說法稱，「93航班」上的40名乘客和機組人員共享8部手機和機載電話打出了35個電話，可航空專家認為，在2001年的科技水平，乘客幾乎不可能在6英里高的高空打通手機。

疑點六：反擊口號令人生疑

「93航班」上最著名的一個電話是乘客托德·比默在向恐怖分子發(fā)動反擊前的號召——「Let‘sroll」（我們行動吧），據(jù)稱比默的電話被名叫做麗莎·杰弗遜的電話監(jiān)督員接到，比默在15分鐘的電話中向麗莎談了自己的妻子和孩子，表達了他擔(dān)心自己再也無法回家的擔(dān)憂。比默還和麗莎一起背誦了主禱文和《圣歌23》，他懇求麗莎發(fā)誓，一定要代他打電話給他的妻子。最后比默掛上電話前，向乘客發(fā)出了「Let’sroll」（我們行動吧）的反擊號召。

可令人驚訝的是，麗莎沒有按慣例錄下談話，也沒有將比默的電話轉(zhuǎn)接給他的妻子，更沒有按照承諾給比默的妻子打電話。比默的妻子是4天后才得知丈夫的「最后遺言」的。讓她奇怪的是，她從來沒聽到過丈夫在緊急情況下背誦主禱文，也從沒聽他背誦過《圣歌23》。

此后，比默的「讓我們行動吧」成了美國反恐戰(zhàn)爭征募新兵的口號標語，連小布什在演講中也忍不住使用了起來。