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有可能最全的PCR類(lèi)型總結(jié):36種PCR類(lèi)型及其定義、原理和用途

 JUN1854 2024-12-25

1. 擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性PCR(Amplified fragment length polymorphism PCR,AFLP PCR)
這是一種基于PCR的技術(shù),利用消化的DNA片段的一段選擇性擴(kuò)增來(lái)為目標(biāo)基因組生成獨(dú)特的指紋圖譜。該技術(shù)可以快速為任何生物體生成大量標(biāo)記片段,而無(wú)需事先了解基因組序列。AFLP PCR使用限制性內(nèi)切酶消化基因組DNA,并允許接頭連接到片段的粘性末端。然后選擇一部分限制性片段,使用與銜接子序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行擴(kuò)增。擴(kuò)增的序列在瓊脂糖凝膠電泳變性時(shí)分離和可視化。AFLP PCR用于多種應(yīng)用,如評(píng)估物種內(nèi)或密切相關(guān)物種之間的遺傳多樣性,推斷種群水平的系統(tǒng)發(fā)育和生物地理模式,生成遺傳圖譜和確定品種之間的相關(guān)性。

2. 等位基因特異性PCR(Allele-specific PCR,AS-PCR)
AS-PCR是一種基于等位基因特異性引物的技術(shù),可用于分析單核苷酸多態(tài)性。AS-PCR也稱(chēng)為(amplification refractory mutation system)ARMS-PCR,對(duì)應(yīng)于對(duì)兩個(gè)不同等位基因使用兩種不同的引物。一種是對(duì)正常PCR耐熱的突變引物組,另一種是對(duì)突變PCR反應(yīng)耐熱的正常引物組。這些引物的3'末端經(jīng)過(guò)修飾,使得一組引物可以擴(kuò)增正常等位基因,而其他引物可以擴(kuò)增突變等位基因。這種錯(cuò)配允許引物擴(kuò)增單個(gè)等位基因。廣泛應(yīng)用于鐮狀細(xì)胞性貧血、地中海貧血等單基因點(diǎn)突變檢測(cè)。也用于ABO血型基因型的直接測(cè)定。

3. Alu PCR
Alu PCR是一種快速簡(jiǎn)便的DNA指紋圖譜技術(shù),基于對(duì)Alu重復(fù)元件包圍的許多基因組位點(diǎn)的同步分析。Alu元件是短段DNA,最初以黃體節(jié)桿菌(Alu)限制性核酸內(nèi)切酶的作用為特征。Alu元件是最豐富的轉(zhuǎn)座因子之一,在整個(gè)人類(lèi)基因組中都有發(fā)現(xiàn),它們?cè)谶M(jìn)化中發(fā)揮作用,并已被用作遺傳標(biāo)記在Alu PCR中,使用與這些序列互補(bǔ)的兩個(gè)熒光染料標(biāo)記的引物進(jìn)行 PCR,然后通過(guò)Alu插入已用于多種遺傳性人類(lèi)疾病和各種形式的癌癥。因此,這種PCR在檢測(cè)這些疾病和突變中起著至關(guān)重要的作用。

4. 組裝PCR(Assembly PCR
組裝PCR是一種從多個(gè)較短片段組組裝出大DNA寡核苷酸的方法。在PCR中,使用的寡核苷酸大小為18個(gè)堿基對(duì),而在組裝中,使用高達(dá)50bp的PCR長(zhǎng)度以確保正確雜交。在PCR循環(huán)中,寡核苷酸與互補(bǔ)片段結(jié)合,然后被聚合酶填充。因此,該P(yáng)CR的每個(gè)循環(huán)都會(huì)隨機(jī)增加各種片段的長(zhǎng)度,具體取決于哪些寡核苷酸相互找到。組裝PCR用于提高所需蛋白質(zhì)的產(chǎn)量,也可用于產(chǎn)生大量RNA用于結(jié)構(gòu)或生化研究。

5. 非對(duì)稱(chēng)PCR(Asymmetric PCR
非對(duì)稱(chēng)PCR是PCR的一種變體,用于優(yōu)先擴(kuò)增原始DNA的一條鏈而不是另一條鏈。非對(duì)稱(chēng)PCR與常規(guī)PCR的不同之處在于所選鏈的引物量過(guò)大。隨著非對(duì)稱(chēng)PCR的進(jìn)行,較低濃度的限制引物被定量摻入新合成的雙鏈DNA中并用完。因此,在耗盡限制性引物后,從過(guò)量引物形成靶向單DNA鏈的線性合成。當(dāng)只需要擴(kuò)增兩條互補(bǔ)鏈中的一條時(shí),例如在測(cè)序和雜交探測(cè)中,它非常有用。

6.冷PCR(COLD PCR
基于低溫變性的冷PCR是一種新型PCR形式,可選擇性地從野生型和含突變體(或包含變體)序列的混合物中擴(kuò)增低豐度DNA變體,而不管突變類(lèi)型或在擴(kuò)增子上的位置如何。該方法基于對(duì)臨界溫度的修改,在該溫度下,含突變的DNA優(yōu)先于野生型DNA退火。變性后有一個(gè)中間退火過(guò)程,允許野生型和突變等位基因雜交。這種錯(cuò)配會(huì)略微改變dsDNA的退火溫度。這些異源雙鏈體會(huì)熔化并用作模板。因此,更大比例的次要變異DNA將被擴(kuò)增并可用于后續(xù)輪次的PCR。PCR在腫瘤標(biāo)本突變的檢測(cè)中起著至關(guān)重要的作用,尤其是在異質(zhì)性腫瘤和體液中。該P(yáng)CR還有助于評(píng)估手術(shù)或化療后的殘留病灶以及疾病分期和分子分析,以便為個(gè)體患者提供預(yù)后或定制治療。

7. 菌落PCR(Colony PCR)
菌落PCR是一種通過(guò)設(shè)計(jì)插入的DNA特異性引物來(lái)鑒定插入質(zhì)粒中的目標(biāo)DNA的方法。含有質(zhì)粒的細(xì)菌菌落可以使用兩組引物直接擴(kuò)增。第一組是擴(kuò)增插入序列的插入特異性引物,另一組是載體特異性側(cè)翼引物,用于擴(kuò)增插入的DNA以外的質(zhì)粒DNA。取細(xì)菌菌落并直接加入到含有所有其他PCR試劑的預(yù)混液中。菌落PCR的主要應(yīng)用是鑒定正確的連接以及將插入的 DNA 插入細(xì)菌以及酵母質(zhì)粒中。

8. 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)
是一種用于DNA復(fù)制的系統(tǒng),可在短短幾個(gè)小時(shí)內(nèi)將“目標(biāo)”DNA 序列選擇性擴(kuò)增數(shù)百萬(wàn)倍。PCR能夠使用DNA聚合酶合成特異性DNA片段,該酶參與細(xì)胞遺傳物質(zhì)的復(fù)制。這種酶合成 DNA的互補(bǔ)序列,因?yàn)橐粋€(gè)小片段(引物)連接到選擇開(kāi)始合成的特定位點(diǎn)的一條DNA 鏈。引物限制了要復(fù)制的序列,結(jié)果是擴(kuò)增了數(shù)十億個(gè)拷貝的特定 DNA 序列。常規(guī)PCR應(yīng)用于選擇性DNA分離、DNA擴(kuò)增和定量、醫(yī)學(xué)和診斷方法、傳染病診斷、法醫(yī)研究和研究領(lǐng)域。

9. 數(shù)字PCR(Digital PCR,dPCR)
數(shù)字PCR (dPCR) 是一種定量PCR技術(shù),為測(cè)量樣品中存在的DNA或RNA量提供了一種靈敏有效的方法。對(duì)于dPCR,在擴(kuò)增步驟之前,將初始樣品混合物分成大量單獨(dú)的孔,使每個(gè)孔中存在或不存在靶序列。根據(jù)擴(kuò)增反應(yīng)孔中是否存在熒光,計(jì)算原始樣品中存在的靶標(biāo)的絕對(duì)數(shù)量。具有熒光信號(hào)的孔被視為陽(yáng)性,評(píng)分為“1”,而沒(méi)有熒光信號(hào)的孔為陰性,評(píng)分為“0”。然后通過(guò)泊松統(tǒng)計(jì)分析確定初始樣品中存在的目標(biāo)序列的濃度。dPCR用于測(cè)定各種臨床標(biāo)本中DNA和RNA病毒、細(xì)菌和寄生蟲(chóng)的總數(shù),主要是在沒(méi)有經(jīng)過(guò)充分校準(zhǔn)的標(biāo)準(zhǔn)品的情況下。

10. 快速循環(huán)PCR(Fast cycling PCR)
快速循環(huán)PCR是一種基于PCR的技術(shù),可擴(kuò)增特異性PCR產(chǎn)物,并顯著縮短循環(huán)時(shí)間。該過(guò)程的原理與常規(guī)PCR相同,唯一的區(qū)別是擴(kuò)增時(shí)間。該P(yáng)CR中使用的緩沖液提高了Taq DNA聚合酶對(duì)短單鏈DNA片段的親和力,將引物成功退火所需的時(shí)間縮短至僅5秒。快速循環(huán)PCR 對(duì)于需要快速循環(huán)的過(guò)程至關(guān)重要,也有助于快速診斷疾病和突變。

11. 高保真PCR(High Fidelity PCR)
高保真PCR是一種經(jīng)過(guò)修飾的PCR方法,它利用錯(cuò)誤率低的DNA聚合酶,可在目標(biāo)DNA的復(fù)制中實(shí)現(xiàn)高度的準(zhǔn)確性。在擴(kuò)增過(guò)程中,這種酶對(duì)正確的三磷酸核苷具有顯著的結(jié)合親和力。在聚合酶活性位點(diǎn)結(jié)合不正確的情況下,由于活性位點(diǎn)復(fù)合物的結(jié)構(gòu),摻入速度會(huì)減慢。高保真擴(kuò)增對(duì)于結(jié)果取決于正確DNA序列的實(shí)驗(yàn)(如克隆、SNP分析、NGS應(yīng)用)至關(guān)重要。

12. 高分辨率熔解PCR(High-Resolution Melt PCR,HRM PCR)
這是一種非常強(qiáng)大的技術(shù),用于檢測(cè)雙鏈DNA樣品中的突變、多態(tài)性和表觀遺傳差異。與其他基因分型技術(shù)(如測(cè)序和Taqman SNP分型)相比,它具有極大的成本效益。這使其成為大規(guī)?;蚍中晚?xiàng)目的理想選擇。它快速而強(qiáng)大,因此能夠快速準(zhǔn)確地對(duì)大量樣品進(jìn)行基因分型。通過(guò)高質(zhì)量的HRM檢測(cè),非遺傳學(xué)家可以在任何可以使用支持HRM的實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 機(jī)器的實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行強(qiáng)大的基因分型。

13. 熱啟動(dòng)PCR(Hot start PCR
熱啟動(dòng)PCR是常規(guī)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)的一種新型形式,可減少由于室溫下非特異性 DNA擴(kuò)增而導(dǎo)致的不需要的產(chǎn)物的出現(xiàn)和引物二聚體的形成。熱啟動(dòng)PCR的基本原理是從反應(yīng)混合物中分離一種或多種試劑,直到混合物在加熱時(shí)達(dá)到變性溫度。熱啟動(dòng)PCR可顯著降低非特異性結(jié)合、引物二聚體的形成,并且通常會(huì)提高產(chǎn)物產(chǎn)量。它還需要更少的工作量并降低污染風(fēng)險(xiǎn)。

14. 原位PCR(In-situ PCR)
原位PCR是一種有效的方法,可檢測(cè)冷凍或石蠟包埋的細(xì)胞或組織切片中微量的稀有核酸序列,以將這些序列在細(xì)胞內(nèi)區(qū)室化。該方法涉及保留細(xì)胞形態(tài)的組織固定,然后用蛋白水解酶處理,為PCR試劑提供作用于目標(biāo)DNA的入口。靶序列通過(guò)試劑擴(kuò)增,然后通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)免疫細(xì)胞化學(xué)方案進(jìn)行檢測(cè)。原位PCR適用于傳染病的診斷、DNA的定量、微量DNA的檢測(cè),并廣泛用于器官發(fā)生和胚胎發(fā)生的研究。

15. 序列間特異性(Intersequence specific PCR,ISS PCR)
序列間特異性PCR(或ISSR-PCR)是一種DNA指紋圖譜分析方法,它使用從整個(gè)基因組中重復(fù)的特定片段中選擇的引物來(lái)產(chǎn)生獨(dú)特的指紋圖譜。該技術(shù)使用微衛(wèi)星(通常為 16-25 bp 長(zhǎng))作為靶向多個(gè)基因組位點(diǎn)的單個(gè)引物PCR反應(yīng)中的引物,主要擴(kuò)增不同大小的SSR間序列。ISSR PCR可用于基因組指紋圖譜、遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育分析、基因組圖譜和基因標(biāo)記。

16. 反向PCR(Inverse PCR)
 是聚合酶鏈反應(yīng)的眾多變體之一,用于在僅知道一個(gè)序列時(shí)擴(kuò)增DNA。常規(guī)PCR需要與靶 DNA的兩個(gè)末端互補(bǔ)的引物,但反向PCR允許進(jìn)行擴(kuò)增,即使只有一個(gè)序列可用,也可以從中設(shè)計(jì)引物。反向PCR涉及一系列限制性酶切,然后進(jìn)行連接,這會(huì)產(chǎn)生一個(gè)環(huán)狀片段,然后可以通過(guò)已知序列的單個(gè)片段引發(fā)PCR。然后,與其他PCR過(guò)程一樣,DNA被溫度敏感的 DNA聚合酶擴(kuò)增。反向PCR對(duì)于測(cè)定宿主DNA中各種轉(zhuǎn)座子和逆轉(zhuǎn)錄病毒的插入位置特別有用。

17. 指數(shù)后線性PCR(Linear-After-The-Exponential PCR,LATE PCR)
LATE PCR是非對(duì)稱(chēng)PCR 的改進(jìn),它使用比過(guò)量引物熔解溫度更高的限制性引物,當(dāng)限制性引物濃度在反應(yīng)中期降低時(shí)保持反應(yīng)效率。LATE-PCR從指數(shù)期開(kāi)始,其中擴(kuò)增效率與常規(guī) PCR相似。一旦限制性引物耗盡,反應(yīng)突然切換到線性擴(kuò)增,單鏈產(chǎn)物繼續(xù)進(jìn)行許多額外的熱循環(huán)。

18. 連接介導(dǎo)的PCR(Ligation mediated PCR
連接介導(dǎo)的PCR是常規(guī)PCR的一種改進(jìn)形式,最初只需知道一端,然后通過(guò)連接獨(dú)特的DNA 接頭添加第二端即可實(shí)現(xiàn)。連接介導(dǎo)的PCR利用稱(chēng)為“接頭”的小DNA片段,這些片段最初連接到目標(biāo)DNA的片段上。然后使用旨在與接頭序列結(jié)合的PCR引物來(lái)擴(kuò)增靶片段。該方法用于 DNA 測(cè)序、基因組行走和DNA足跡。

19. 長(zhǎng)范圍PCR(Long-Range PCR
長(zhǎng)范圍PCR是一種擴(kuò)增通常無(wú)法使用常規(guī)PCR方法或試劑擴(kuò)增的較長(zhǎng)DNA的方法。通過(guò)使用具有增強(qiáng)DNA結(jié)合的修飾高效聚合酶,可以實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)片段的高效合成和準(zhǔn)確擴(kuò)增。這種方法允許在更短的時(shí)間內(nèi)擴(kuò)增更多擴(kuò)展的靶標(biāo),并有效利用資源。

20. 甲基化特異性PCR(Methylation-specific PCR,MSP)
MSP是一種檢測(cè)和分析CpG島中DNA甲基化模式的方法。為了進(jìn)行MSP,通過(guò)兩個(gè)引物對(duì)修飾DNA,并使用兩個(gè)引物對(duì)進(jìn)行PCR,這兩個(gè)引物對(duì)分別是可檢測(cè)的甲基化DNA和未甲基化 DNA。DNA用亞硫酸氫鹽處理以將胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,然后用特異性引物選擇性擴(kuò)增甲基化序列甲基化模式的檢測(cè)是必不可少的,因?yàn)閱?dòng)子中CpG二核苷酸的過(guò)度甲基化會(huì)抑制基因表達(dá)。

21. 小引物PCR(Miniprimer PCR
一種使用工程聚合酶和10個(gè)核苷酸“小引物”的新PCR方法。發(fā)現(xiàn)該方法揭示了標(biāo)準(zhǔn)引物無(wú)法檢測(cè)到的新型16SrRNA基因序列。小引物PCR使用熱穩(wěn)定聚合酶,該酶可以從短引物(9 或 10 個(gè)核苷酸)延伸而來(lái)。該方法允許PCR靶向較小的引物結(jié)合區(qū)域,并用于擴(kuò)增高度保守的 DNA序列,例如16S(或真核18S)rRNA基因。

22. 多重 PCR(Multiplex PCR)
多重PCR是一種常見(jiàn)的分子生物學(xué)技術(shù),用于在單次PCR檢測(cè)運(yùn)行中擴(kuò)增多個(gè)靶標(biāo)。在多重 PCR中,多重引物和溫度介導(dǎo)的DNA聚合酶用于在熱循環(huán)儀中擴(kuò)增DNA。必須優(yōu)化為多重 PCR設(shè)計(jì)的所有引物對(duì),以便在PCR過(guò)程中所有引物對(duì)的相同退火溫度都是最佳的。當(dāng)一次靶向多個(gè)序列時(shí),可以從單次測(cè)試運(yùn)行中生成更多信息,否則將需要大量的試劑以及大量的時(shí)間和精力來(lái)執(zhí)行。該技術(shù)已應(yīng)用于基因分型、突變和多態(tài)性分析、微衛(wèi)星STR分析、病原體或轉(zhuǎn)基因生物檢測(cè)等多個(gè)領(lǐng)域。在診斷實(shí)驗(yàn)室中,多重PCR可用于檢測(cè)導(dǎo)致相同類(lèi)型疾病的不同微生物。

23. 納米粒子輔助 PCR (Nanoparticle-Assisted PCR,nanoPCR)
納米顆粒相關(guān)PCR包括小分子物質(zhì),這些物質(zhì)由增強(qiáng)反應(yīng)的特定物理性質(zhì)組成。涉及金納米顆粒的理論之一指出,這些顆粒吸附了一些聚合酶并管理系統(tǒng)中剩余的聚合酶量,這對(duì)于增強(qiáng)反應(yīng)的特異性可能是必要的。另一種理論解釋說(shuō),它們吸附引物對(duì)并降低完美配對(duì)和錯(cuò)配對(duì)引物之間形成雙鏈體時(shí)的熔解溫度,這導(dǎo)致反應(yīng)特異性的增加。納米顆粒相關(guān)PCR具有高靈敏度、高特異性、高選擇性等優(yōu)點(diǎn),已廣泛應(yīng)用于病毒檢測(cè)和基因測(cè)序。

24. 巢式PCR(Nested PCR)
巢式PCR是對(duì)PCR技術(shù)的一種有用的修改,其中在兩組引物的幫助下通過(guò)阻止非特異性結(jié)合來(lái)增強(qiáng)反應(yīng)的特異性。第一組引物在我們的靶DNA外部結(jié)合并擴(kuò)增較大的片段,而另一組引物在靶位點(diǎn)特異性結(jié)合。在第二輪擴(kuò)增中,第二組引物僅擴(kuò)增靶DNA。巢式PCR是系統(tǒng)發(fā)育研究和檢測(cè)不同病原體的有用方法。該技術(shù)具有更高的靈敏度;因此,即使樣品中含有較低的 DNA,也可以被擴(kuò)增,這在傳統(tǒng)的PCR技術(shù)中是不可行的。

25. 重疊延伸PCR (Overlap extension PCR,OE-PCR)
這種方法也稱(chēng)為“通過(guò)重疊擴(kuò)展進(jìn)行拼接”或 SOEING。重疊延伸PCR是一種有價(jià)值的技術(shù),通常用于克隆大型復(fù)雜片段、對(duì)克隆基因進(jìn)行編輯或?qū)蓚€(gè)基因元件融合在一起。它從較短的 DNA片段中產(chǎn)生長(zhǎng)DNA片段。它用于高效的基因克隆和多位點(diǎn)定向大片段的插入、缺失和替換。它被證明可用于定點(diǎn)誘變、嵌合分子的產(chǎn)生,甚至通過(guò)將較小的片段剪接在一起來(lái)克隆大基因片段。

26. 定量PCR/實(shí)時(shí)PCR(Quantitative PCR/Real-Time PCR,qPCR
定量PCR(qPCR),也稱(chēng)為實(shí)時(shí)PCR或?qū)崟r(shí)定量PCR,是一種基于PCR的技術(shù),它將目標(biāo) DNA序列的擴(kuò)增與反應(yīng)中該DNA種類(lèi)濃度的定量相結(jié)合。傳統(tǒng)PCR是一個(gè)耗時(shí)的過(guò)程,其中 PCR產(chǎn)物通過(guò)凝膠電泳進(jìn)行分析。qPCR通過(guò)在指數(shù)期提供產(chǎn)物的實(shí)時(shí)檢測(cè)來(lái)促進(jìn)分析。實(shí)時(shí)熒光定量PCR的原理取決于熒光染料的使用。使用熒光染料或熒光標(biāo)記的寡核苷酸對(duì)樣品中存在的核酸濃度進(jìn)行定量。qPCR應(yīng)用于病原體的基因分型和定量、microRNA分析、癌癥檢測(cè)、微生物載量檢測(cè)和轉(zhuǎn)基因生物檢測(cè)。

27. 基于重復(fù)序列的PCR(Repetitive sequence-based PCR,rep-PCR
基于重復(fù)序列的PCR(rep-PCR)是一種改進(jìn)的PCR技術(shù),它使用靶向散布在整個(gè)細(xì)菌基因組中的非編碼重復(fù)序列的引物。這種非編碼、重復(fù)序列塊可以作為寡核苷酸探針的多個(gè)遺傳靶標(biāo),從而能夠?yàn)閱蝹€(gè)細(xì)菌菌株生成獨(dú)特的DNA圖譜或指紋圖譜。rep-PCR的主要應(yīng)用是不同細(xì)菌的分子菌株分型。它還用于各種病原體的流行病學(xué)鑒別。

28. 逆轉(zhuǎn)錄PCR(Reverse Transcriptase PCR,RT-PCR)
逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)是傳統(tǒng)PCR的改進(jìn),其中RNA分子首先轉(zhuǎn)化為互補(bǔ)DNA(cDNA) 分子,然后可以通過(guò)PCR擴(kuò)增。在RT-PCR中,首先使用逆轉(zhuǎn)錄酶將RNA模板轉(zhuǎn)化為互補(bǔ) DNA(cDNA)。然后,cDNA充當(dāng)使用PCR進(jìn)行指數(shù)擴(kuò)增的模板。RT-PCR可以在單管中進(jìn)行,也可以在不同的試管中作為兩個(gè)步驟進(jìn)行。一步法更有效,污染和摻入變異的機(jī)會(huì)更少。RT-PCR用于研究方法、基因插入、遺傳病診斷和癌癥檢測(cè)。

29. 逆轉(zhuǎn)錄定量/實(shí)時(shí)PCR(Reverse-Transcriptase Quantitative/Real-Time PCR ,RT-qPCR)
RT-PCR與qPCR的結(jié)合。這允許在擴(kuò)增后實(shí)時(shí)定量DNA。

30. 核糖核酸酶H依賴(lài)性PCR(RNase H-dependent PCR)
在RNase H依賴(lài)性PCR中,引物的3'端包含一個(gè)可移除的擴(kuò)增塊。封閉的引物只能根據(jù) RNase Henzyme在與互補(bǔ)靶序列雜交過(guò)程中的切割活性進(jìn)行擴(kuò)增。RNase H酶在低溫下具有非常低的酶活性,無(wú)需對(duì)DNA聚合酶進(jìn)行任何修飾即可實(shí)現(xiàn)熱啟動(dòng)。同樣,當(dāng)RNA殘基附近存在錯(cuò)配時(shí),酶的切割效率會(huì)降低。因此,在RNase H酶的活性下,非特異性結(jié)合和引物二聚體形成減少,從而實(shí)現(xiàn)有效雜交。

31. 單特異性引物PCR(Single Specific Primer PCR,SSP-PCR)
單特異性引物PCR是一種基于PCR的技術(shù),允許擴(kuò)增只有一段部分序列信息的基因。它允許基因組從已知區(qū)域單向行走到染色體的未知區(qū)域。這允許擴(kuò)增雙鏈DNA,即使序列信息僅在一端可用。允許擴(kuò)增只有部分序列信息可用的基因,并允許基因組從已知區(qū)域單向行走到染色體的未知區(qū)域。

32. 固相PCR(Solid Phase PCR,SP-PCR) 
是一種獨(dú)特的PCR技術(shù),允許在固體支持物上擴(kuò)增靶核酸,其中一個(gè)或兩個(gè)引物固定在表面。引物的空間分離最大限度地減少了顯著不良的引物相互作用,從而防止了引物二聚體的形成,并允許更高的多重?cái)U(kuò)增。這種新方法的中心思想是將引物的5′端附著在表面上,而不是讓引物在散裝溶液中自由擴(kuò)散。可以在表面捕獲自由擴(kuò)散的 DNA 靶標(biāo),然后由聚合酶復(fù)制。拷貝保持附著在表面,而初始 DNA 分子在退火步驟后返回溶液。附著拷貝的自由端與與其序列互補(bǔ)的引物(附著在表面)雜交,擴(kuò)增過(guò)程可以開(kāi)始。

33. 自殺PCR(Suicide PCR
自殺式PCR是最常用的研究,其中避免假陽(yáng)性和確保擴(kuò)增片段的特異性是最高優(yōu)先級(jí)。該方法只需要在PCR中使用一次任何引物組合,這不應(yīng)該用于任何陽(yáng)性對(duì)照PCR反應(yīng)。這些引物應(yīng)始終靶向在使用此特定引物或任何其他引物組之前從未擴(kuò)增過(guò)的基因組區(qū)域。這種安排可確保實(shí)驗(yàn)室中不存在來(lái)自先前PCR反應(yīng)的污染DNA,否則可能會(huì)產(chǎn)生假陽(yáng)性。自殺PCR用于古遺傳學(xué)研究,其中涉及檢查古代生物遺骸中保存的遺傳物質(zhì)。

34. 熱不對(duì)稱(chēng)交錯(cuò)PCR(Thermal asymmetric interlaced PCR,TAIL-PCR)
TAIL-PCR是回收與已知序列相鄰的DNA片段的強(qiáng)大工具。TAIL–PCR在連續(xù)反應(yīng)中使用三個(gè)嵌套引物和一個(gè)具有低熔解溫度的任意簡(jiǎn)并引物,因此可以熱控制特異性和非特異性產(chǎn)物的相對(duì)擴(kuò)增頻率。該方法高度準(zhǔn)確,因此可以直接對(duì)未純化的TAIL-PCR 產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。它還允許克隆全長(zhǎng)功能基因。

35. 降落PCR(Touch down PCR)
降落PCR 是PCR的一種修飾,其中初始退火溫度高于引物的最佳Tm,并在隨后的循環(huán)中逐漸降低,直到達(dá)到 Tm 溫度或“降落溫度”。降落PCR提高了較高溫度下反應(yīng)的特異性,并通過(guò)降低退火溫度提高了接近尾聲的效率。

36. 可變串聯(lián)重復(fù)序列PCR(Variable Number of Tandem Repeats PCR,VNTR-PCR
它們是法醫(yī)學(xué)個(gè)體化的重要標(biāo)志。在VNTR-PCR中,擴(kuò)增的片段在一個(gè)物種內(nèi)幾乎沒(méi)有變化,但確實(shí)顯示出物種之間的差異。它可以通過(guò)PCR從極少量的基因組脫氧核糖核酸(DNA)中成功擴(kuò)增。在基因分型工具中,基于VNTR-PCR分析代表了一種很有前途的結(jié)核分型方法。


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