【原】都2021了仍然有人轉(zhuǎn)錄組走tophat加cufflinks流程

健明 2021-08-08

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我在2015年逛biostar論壇的時(shí)候，看到了這樣的表述：

Tophat 首次被發(fā)表已經(jīng)是6年前
Cufflinks也是五年前的事情了
Star的比對(duì)速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。
stringTie的組裝速度是cufflinks的25倍，但是內(nèi)存消耗卻不到其一半。
Ballgown在差異分析方面比cuffdiff更高的特異性及準(zhǔn)確性，且時(shí)間消耗不到cuffdiff的千分之一
Bowtie2+eXpress做質(zhì)量控制優(yōu)于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM
Sailfish更是跳過(guò)了比對(duì)的步驟，直接進(jìn)行kmer計(jì)數(shù)來(lái)做QC，特異性及準(zhǔn)確性都還行，但是速度提高了25倍
kallisto同樣不需要比對(duì)，速度比sailfish還要提高5倍?。?！

當(dāng)時(shí)各路大神就建議大家拋棄傳統(tǒng)的tophat加cufflinks流程，畢竟其作者都說(shuō)它過(guò)時(shí)了，起碼可以替換成為：hisat2+stringtie+ballgown流程??！

又是六年過(guò)去了

還有人跟我討論tophat加cufflinks流程，讓我非常郁悶，而且對(duì)方還拿出來(lái)了最新文獻(xiàn)，是：《The oncogene AAMDC links PI3K-AKT-mTOR signaling with metabolic reprograming in estrogen receptor-positive breast cancer》,鏈接是：https://www./articles/s41467-021-22101-7

整個(gè)研究都是圍繞 Adipogenesis associated Mth938 domain containing (AAMDC) 這個(gè)基因。里面有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，在 GSE92893 and GSE123740. 可以看到這兩個(gè)數(shù)據(jù)其實(shí)相差五年：

所以作者自己也是有兩套流程，針對(duì)早期數(shù)據(jù)，走tophat加cufflinks流程。但是針對(duì)最近的數(shù)據(jù)，走salmon和DESeq2流程，完全是兩碼事！

如果你現(xiàn)在還推薦大家使用tophat加cufflinks流程來(lái)處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，就有點(diǎn)過(guò)分了！

如果你看到有人還在使用tophat加cufflinks流程來(lái)處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，也不要急于嘲諷，有可能是他們的數(shù)據(jù)本來(lái)就是五六年前的，或者給他們服務(wù)的公司仍然是使用過(guò)時(shí)的流程而已。

視頻觀看方式

視頻免費(fèi)在B站：https://www.bilibili.com/video/BV12s41137HY 大家學(xué)習(xí)的時(shí)候記得發(fā)彈幕交流哈。
也有微云離線版本視頻下載本地播放：

上游分析視頻以及代碼資料在：https://share./5QwKGxi
下游主要是基于counts矩陣的標(biāo)準(zhǔn)分析的代碼 https://share./50hfuLi

同步查看視頻配套代碼：https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67
RNA-SEQ實(shí)戰(zhàn)演練的素材：https://share./5h1Z2QY ，包括一些公司PPT，綜述以及文獻(xiàn)以及測(cè)試數(shù)據(jù)
RNA-SEQ 實(shí)戰(zhàn)演練的思維導(dǎo)圖：文檔鏈接：https:///doc/38y7pmgzLg 密碼：p6fo

目前，上面的鏈接都是親測(cè)有效的，如果你看完發(fā)現(xiàn)鏈接無(wú)法打開(kāi)，說(shuō)明已經(jīng)里面被舉報(bào)而封殺了，只能是去交流群拿到最新鏈接了。