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使用的是擬南芥的數(shù)據(jù)作為例子。 1.Bowtie2 建庫(kù) bowtie2-build Athaliana_167_TAIR9.fa Athaliana_167_TAIR92.tophat2 比對(duì) tophat2 -p 6 -G gene.gff3 -o C1_R1_thout Athaliana_167_TAIR9 SRR1761506_1.fastq SRR1761506_2.fastq-p表示使用線程數(shù)，可根據(jù)內(nèi)存大小進(jìn)行調(diào)整。本例子中是雙端比對(duì)。每個(gè)樣本跑一次 3.cufflinks 拼接 cufflinks -p 8 -u -g gene.gff3 -o C1_R1_cloutC1_R1_thout/accepted_hits.bam每個(gè)樣本運(yùn)行一次 4.Cuffmerge 合并轉(zhuǎn)錄本 cuffmerge –g gene.gff3 -s Athaliana_167_TAIR9.fa -p 8 -o cuffmerge_out assemblies.txtassemblies.txt 是一個(gè)列表，內(nèi)容包括經(jīng)過 Cufflinks 拼接的轉(zhuǎn)錄本的文件路徑。如下圖： 5.cuffdiff 計(jì)算差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本 cuffdiff -o diff_out -p 8 -L C1,C2 -u cuffmerge_out/merged.gtf C1_R1_thout/accepted_hits.bam,C1_R2_thout/accepted_hits.bam C2_R1_thout/accepted_hits.bam,C2_R2_thout/accepted_hits.bam兩組bam文件之間是空格分開，并且單次只能進(jìn)行兩組比較。 6.數(shù)據(jù)可視化 用R包CummeRbund進(jìn)行可視化，本人覺得太繁瑣，很少使用，有興趣的可以自己了解下。 使用鏈接： tophat2： http://ccb./software/tophat/index.shtml cufflinks http://cole-trapnell-lab./cufflinks/cuffdiff/index.html 或者參考文獻(xiàn)： Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks |
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