前面我們發(fā)布了 明碼標價之普通轉錄組上游分析，終于開始接單了，第一個項目介紹98個轉錄組測序數(shù)據(jù)的表達量獲取，超級簡單，就是耗費計算資源，500G的fastq數(shù)據(jù)文件，中間步驟加起來，起碼耗費2個T的磁盤空間吧。
不過方便的地方就是都是現(xiàn)成的代碼，首先參考：使用ebi數(shù)據(jù)庫直接下載fastq測序數(shù)據(jù) , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路徑文件，批量下載fq文件，走過濾質(zhì)控流程， 但是發(fā)現(xiàn)有3個居然失敗了，如下所示：
$ ls -lh ../cleanData/*gz|grep trimmed
-rw-rw-r-- 1 jmzeng jmzeng 3.3G 3月 23 21:15 ../cleanData/SRR11652583_1_trimmed.fq.gz
-rw-rw-r-- 1 jmzeng jmzeng 2.6G 3月 23 21:31 ../cleanData/SRR11652583_2_trimmed.fq.gz
-rw-rw-r-- 1 jmzeng jmzeng 1.9G 3月 23 20:51 ../cleanData/SRR11652586_1_trimmed.fq.gz
初步猜測是網(wǎng)絡問題，因為 使用ebi數(shù)據(jù)庫直接下載fastq測序數(shù)據(jù) , 就是有失敗率，所以檢查了fq文件完整度，代碼如下所示 ：
[3] Running gunzip -t SRR11652583_2.fastq.gz &
[4] Running gunzip -t SRR11652583_2.fastq.gz &
[5]- Running gunzip -t SRR11652586_1.fastq.gz &
[6]+ Running gunzip -t SRR11652586_2.fastq.gz &
結果真的發(fā)現(xiàn)： gzip: SRR11652583_2.fastq.gz: invalid compressed data--format violated
gzip: SRR11652586_1.fastq.gz: unexpected end of file
gzip: SRR11652583_2.fastq.gz: invalid compressed data--format violated
所以需要首先刪除這些不完整的文件： rm SRR11652583_*
rm SRR11652586_*
然后重新下載它，但是發(fā)現(xiàn)這個時候呢，下載始終是吧，如下所示： spera提示：
ascp: failed to authenticate, exiting.
Session Stop (Error: failed to authenticate)
其實這個是無解的， 所以只能說放棄 aspera高速下載了，反正就兩三個樣品，直接wget也行。當然了，全部下載成功，仍然是少不了一個md5檢驗哦！
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