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HiC-Pro軟件非常靈活，不僅可以處理各種不同建庫(kù)方式的Hi-C數(shù)據(jù)，也可以處理capture Hi-C數(shù)據(jù)。軟件安裝過(guò)程如下 yum install -y epel-release
# R
yum install -y R
R
install.packages(c("ggplot2", "RColorBrewer"))
# python
yum install -y gcc gcc-c++ make
yum install -y python2 python-devel python2-pip
pip install pysam
pip install "scipy<1"
pip install bx-python
# bowtie2
yum install -y wget
wget https:///projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip
# samtools
yum install bzip2 bzip2-devel libcurl libcurl-devel ncurses-devel openssl openssl-devel
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.6/samtools-1.6.tar.bz2
tar xjvf samtools-1.6.tar.bz2
cd samtools-1.6/
./configure
make
make install
# HiC-Pro
wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz
tar xzvf v2.11.1.tar.gz
cd HiC-Pro-2.11.1
make configure
make install安裝好之后，需要準(zhǔn)備以下幾種參考物種的相關(guān)文件 1. 酶切圖譜通過(guò)軟件自帶的腳本可以產(chǎn)生基因組對(duì)應(yīng)的酶切圖譜，輸入內(nèi)切酶的名稱或者酶切位點(diǎn)序列都可以，用法如下 digest_genome.py -r A^AGCTT -o mm9_hindiii.bed mm9.fasta
digest_genome.py -r hindiii -o mm9_hindiii.bed mm9.fasta2. 參考基因組索引軟件采用bowtie2將reads比對(duì)到參考基因組上，所以需要對(duì)基因組的fasta文件建立索引，用法如下 bowtie2-build hg19.fasta hg193. 染色體長(zhǎng)度文件從UCSC下載染色體長(zhǎng)度文件，或者自己根據(jù)fasta序列統(tǒng)計(jì)長(zhǎng)度都可以，該文件內(nèi)容如下 chr1 249250621
chr2 243199373
chr3 198022430
chr4 191154276這里我們用官網(wǎng)提供的測(cè)試數(shù)據(jù)展示下基本用法，首先下載測(cè)試數(shù)據(jù) wget --no-check-certificate https://zerkalo./partage/HiC-Pro/HiCPro_testdata.tar.gz
tar xzcf HiCPro_testdata.tar.gzHiC-Pro的所有參數(shù)都記錄在配置文件中，安裝目錄提供了配置文件的模板config_test_latest.txt`, 在此基礎(chǔ)上進(jìn)行編輯就可以了。常見的需要配置的參數(shù)如下 BOWTIE2_IDX_PATH = /data/annotation/Human/hg19/base
REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes
GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT對(duì)于這個(gè)測(cè)試文件，只需要編輯bowtie2索引所在目錄就可以了，編輯好之后直接運(yùn)行，用法如下 HiC-Pro -i test_data/ -o out_dir -c config_test_latest.txt用法非常簡(jiǎn)單，-i參數(shù)指定樣本fastq文件文件所在目錄，-o參數(shù)指定輸出結(jié)果的目錄，-c參數(shù)指定配置文件的名稱。 對(duì)于fastq文件所在目錄，結(jié)構(gòu)如下所示 ├── dixon_2M
│ ├── SRR400264_00_R1.fastq.gz
│ └── SRR400264_00_R2.fastq.gz
└── dixon_2M_2
├── SRR400264_01_R1.fastq.gz
└── SRR400264_01_R2.fastq.gz每個(gè)樣本一個(gè)子文件夾，下面是對(duì)應(yīng)的雙端測(cè)序的fastq文件。輸出結(jié)果目錄如下 |-- bowtie_results
|-- config_test_latest.txt
|-- hic_results
|-- logs
|-- rawdata -> /HiC-Pro-2.11.1/test_data/
`-- tmp其中hic_results目錄下是最終結(jié)果，包含了不同分辨率下的hi-c圖譜和質(zhì)控的圖表。
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