2021年01月01日 11:10
環(huán)球科學(xué)
透射電子顯微鏡下的新冠病毒。 自12月中旬起,英國(guó)、南非和尼日利亞出現(xiàn)了三種重要的新冠變異毒株。截至今日,已有二十多個(gè)國(guó)家對(duì)英國(guó)航班和旅客采取停飛、強(qiáng)制隔離等措施,南非的航班也面臨著多國(guó)的封鎖。但是,這三種新毒株的出現(xiàn),對(duì)各國(guó)的防疫措施和疫苗開發(fā)究竟意味著什么? 撰文 | 羅丁豪 12月14日,英國(guó)健康大臣馬特·漢考克(Matt Hancock)稱英國(guó)境內(nèi)出現(xiàn)了傳染率更高的新冠變異毒株B.1.1.7;英國(guó)首相鮑里斯·約翰森(Boris Johnson)緊急宣布部分地區(qū)進(jìn)入最高防控級(jí)別,全球多國(guó)對(duì)英國(guó)航班也采取了停飛和強(qiáng)制隔離措施。 12月23日,英國(guó)政府宣布發(fā)現(xiàn)了另一種新冠變異毒株B1.351(也稱為“501Y.V2”),與從南非入境英國(guó)的旅客有關(guān)。此后的分析發(fā)現(xiàn),B1.351在南非近期新增確診病例中占比極高,且主要在南非南部和東南部傳播。 12月24日,非洲疾病控制預(yù)防中心宣布,尼日利亞出現(xiàn)了第三種新冠變異毒株。尼日利亞是非洲人口最多的國(guó)家,其新冠確診病例在過(guò)去的一個(gè)月中增加了52%。該毒株與英國(guó)、南非的兩種毒株有相似之處,但這些相似之處可能是由獨(dú)立演化產(chǎn)生的。 在這些新冠變異毒株的籠罩下,各國(guó)政府推進(jìn)了不同的防疫措施。例如近日,法國(guó)政府宣布將動(dòng)員10萬(wàn)警察和憲兵,在元旦前夕負(fù)責(zé)“防止地下聚集”、“對(duì)參與者罰款”并“標(biāo)記聚集的組織者”。英國(guó)也逐漸將更多地區(qū)的防控等級(jí)提升至最高級(jí),意圖阻止人們出戶聚集。 當(dāng)前正值許多國(guó)家的疫苗注射期,許多人對(duì)此表示擔(dān)憂:這些新的變異毒株究竟意味著什么?它們是否會(huì)影響到新冠疫苗的效果呢? 變異毒株:傳播速度加快 新冠病毒(SARS-CoV-2)屬于冠狀病毒(coronavirus),與2003年的非典病毒一樣是一種RNA病毒。顧名思義,RNA病毒以RNA(核糖核酸)作為遺傳物質(zhì),由于RNA比DNA具有更多的不穩(wěn)定性,RNA病毒的突變速率比DNA病毒更快,比人類細(xì)胞的突變速度更是快上100萬(wàn)倍??紤]到這一點(diǎn),新冠病毒出現(xiàn)變異毒株并不奇怪。 通常情況下,病毒經(jīng)歷的單位點(diǎn)突變不會(huì)對(duì)其造成任何影響,這些變異因而稱為“中性突變”(neutral mutation);時(shí)常出現(xiàn)的有害突變(deleterious mutation)甚至?xí)蝹€(gè)毒株引向演化“死胡同”,致使其滅絕。一般來(lái)說(shuō),一個(gè)新的變異毒株能受到廣泛關(guān)注,說(shuō)明其經(jīng)歷了少見(jiàn)的有益突變(beneficial mutation),讓這種毒株更適合“生存”。這可以通過(guò)多條途徑達(dá)成:本次英國(guó)境內(nèi)發(fā)現(xiàn)的B.1.1.7毒株就表現(xiàn)出了更高的傳播率,倫敦新增的確診病例中,約70%都攜帶了這種新的變異毒株。 據(jù)英國(guó)大型流行病學(xué)組織ARTIC Network發(fā)表的一篇研究,B.1.1.7毒株的突變位點(diǎn)積累異常之多。如下圖所示,相比于大多數(shù)變異毒株,該毒株積累了至少23個(gè)突變: 右上角為英國(guó)境內(nèi)出現(xiàn)的B.1.1.7毒株。圖片來(lái)源:ARTIC Network,翻譯制圖:羅丁豪 在這篇論文中,研究人員推測(cè),該毒株在經(jīng)歷如此多突變后表現(xiàn)出更高的傳播率,說(shuō)明其很有可能是在慢性感染患者體內(nèi),在患者血漿中的抗體和瑞德西韋(remdesivir)等藥物提供的演化壓力下產(chǎn)生的;換言之,如果感染患者的免疫系統(tǒng)和攝入藥物無(wú)法完全消滅體內(nèi)的新冠病毒,自然選擇就可能引導(dǎo)病毒演化成更具抵抗力和傳染性的毒株。 無(wú)獨(dú)有偶,南非科學(xué)家報(bào)告的B1.351毒株和非洲疾控中心報(bào)告的變異毒株也表現(xiàn)出了更高的傳播率。南非在10月的第一波疫情高峰結(jié)束后,就迎來(lái)了第二波疫情。第二波疫情迅速擴(kuò)大;12月初,南非南部和東南部的病例數(shù)已重回第一波的水平。在發(fā)布會(huì)上,南非政府咨詢委員會(huì)主席薩林·卡林(Salim Karim)表示,主導(dǎo)第二波疫情的毒株,比第一波中的傳播速度更快。 南非四個(gè)地區(qū)的當(dāng)日確診病例數(shù)、Re(單個(gè)患者的平均傳染人數(shù))和每周超量死亡人數(shù)。圖片來(lái)源:Tegally et al。, medRxiv,翻譯制圖:羅丁豪 變異毒株:究竟“變”了什么? 任何病毒都需要在宿主細(xì)胞內(nèi)復(fù)制,而新冠病毒的主要宿主細(xì)胞是人類細(xì)胞。新冠病毒的表面具有突刺蛋白(spike protein,簡(jiǎn)稱S蛋白)。人類細(xì)胞表達(dá)TMPRSS2酶,能將S蛋白“切開”,露出一段能與人類細(xì)胞表面的ACE2受體結(jié)合的蛋白。在成功與ACE2受體結(jié)合后,新冠病毒就能進(jìn)入人類細(xì)胞。因?yàn)樾鹿诓《維蛋白負(fù)責(zé)入侵人類細(xì)胞的任務(wù),所以在S蛋白序列中發(fā)生的任何變化,都有潛力為病毒的傳播推波助瀾。 新冠病毒超精細(xì)結(jié)構(gòu)模型,表面具有“紅色”S蛋白。圖片來(lái)源:Alissa Eckert, Dan Higgins/美國(guó)CDC 第一個(gè)引起廣泛關(guān)注的新冠病毒突變,早在多個(gè)月前就已浮現(xiàn)。這個(gè)名為“D614G”的突變,將新冠病毒S蛋白上的第614個(gè)氨基酸天冬氨酸(aspartic acid,簡(jiǎn)稱D),變異為谷氨酸(glycine,簡(jiǎn)稱G)。發(fā)表在知名期刊上的多篇論文表示,該突變使新冠病毒更容易進(jìn)入人類細(xì)胞,極大地增加了新冠病毒的傳播率。 在英國(guó)和南非出現(xiàn)的B.1.1.7、B1.351毒株中,最令人擔(dān)心的突變也出現(xiàn)在S蛋白上。在病毒學(xué)中,與受體結(jié)合的病毒蛋白序列稱為“受體結(jié)合域”(receptor-binding domain,簡(jiǎn)稱RBD);RBD的氨基酸序列決定了病毒入侵細(xì)胞的效率,而這2個(gè)新毒株則剛好表現(xiàn)出了N501Y突變,即將S蛋白上第501個(gè)氨基酸從天冬酰胺(asparagine,簡(jiǎn)稱N)替換成了酪氨酸(tyrosine,簡(jiǎn)稱Y)。N501Y突變能提升RBD與ACE2受體的親和力(affinity),也就讓新冠病毒更容易感染人類細(xì)胞。這有可能是B.1.1.7在新冠肺炎患者的呼吸道內(nèi)表現(xiàn)出異常高水平的原因。 ACE2受體(綠色)和新冠病毒RBD(紅、黃、青)。圖片來(lái)源:Lan et al。, Nature 其次,尼日利亞報(bào)告的毒株在S蛋白上有P681H突變,這一突變?cè)贐.1.1.7中也存在。P681H突變將S蛋白上的一個(gè)脯氨酸(proline,簡(jiǎn)稱P)替換為組氨酸(histidine,簡(jiǎn)稱H),而替換位點(diǎn)剛好處于TMPRSS2酶“切開”S蛋白的位置,因此也有潛力提升病毒的感染能力。然而限于目前極少的數(shù)據(jù),科學(xué)家還無(wú)法作出可靠推斷。 除此之外,英國(guó)B.1.1.7毒株在N端結(jié)構(gòu)域(N-Terminal Domain,簡(jiǎn)稱NTD)還含有一個(gè)缺失突變Δ69-70(即刪除了第69和70個(gè)氨基酸)。據(jù)ARTIC Network報(bào)告,該突變?cè)霈F(xiàn)于7月中,也出現(xiàn)于后來(lái)感染丹麥水貂的新冠病毒毒株內(nèi)。ARTIC Network發(fā)表于bioRxiv的預(yù)印本研究表示,該缺失突變使病毒能逃逸一些單克隆抗體的中和作用,因此可能影響抗體和疫苗的有效率,但其具體影響尚待分析。 幸運(yùn)的是,雖然三種毒株中出現(xiàn)的突變都可能讓病毒更容易入侵人類細(xì)胞,但尚未有證據(jù)表明新出現(xiàn)的毒株會(huì)增加重癥率。隨著各國(guó)政府提高防疫能力,加強(qiáng)防疫措施,抓緊注射疫苗,這些病毒或許不會(huì)造成嚴(yán)重危害。 變異毒株:疫苗會(huì)無(wú)效嗎? 12月2日,英國(guó)藥監(jiān)機(jī)構(gòu)(MHRA)批準(zhǔn)了輝瑞(Pfizer)/BioNTech生產(chǎn)的新冠病毒mRNA疫苗,使其成為了第一款通過(guò)審批的mRNA疫苗。該類疫苗利用載體向人類細(xì)胞中直接注射mRNA,細(xì)胞則進(jìn)一步將mRNA翻譯成抗原,從而引起免疫反應(yīng)。輝瑞/BioNTech生產(chǎn)的mRNA疫苗編碼的是新冠病毒的S蛋白,因此在理想情況下,注射疫苗后,免疫反應(yīng)會(huì)生產(chǎn)針對(duì)S蛋白的抗體,中和入侵人體的新冠病毒。 幾天之后,英國(guó)啟動(dòng)了全民接種,美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)也批準(zhǔn)了輝瑞/BioNTech疫苗的緊急使用。今天,國(guó)藥集團(tuán)中國(guó)生物新冠滅活疫苗也于國(guó)內(nèi)附條件上市;在該疫苗中,新冠病毒由β-丙內(nèi)酯(β-propiolactone)的水解溶液滅活,滅活后的病毒無(wú)法再?gòu)?fù)制,但表面的S蛋白仍完好無(wú)損,因此能與mRNA疫苗一樣,誘導(dǎo)人體免疫反應(yīng)產(chǎn)生針對(duì)S蛋白的抗體。 12月22日,面對(duì)世界各地陸續(xù)出現(xiàn)的新冠病毒變異毒株,BioNTech的CEO烏爾·薩欣(U?ur ?ahin)表示他對(duì)輝瑞/BioNTech疫苗很有信心,認(rèn)為既然“新毒株與此前的毒株序列99%相同”,該疫苗應(yīng)該能有效抵御新出現(xiàn)的變異毒株。英國(guó)健康大臣漢考克也指出,目前的疫苗針對(duì)的是病毒S蛋白上的多個(gè)位點(diǎn),因此少數(shù)突變“非常、非常不可能讓病毒產(chǎn)生免疫逃逸”。 許多知名科學(xué)家贊同薩欣和漢考克的觀點(diǎn)。例如牛津大學(xué)的演化和傳染病學(xué)家蘇內(nèi)特拉·古普塔(Sunetra Gupta)教授就表示,目前出現(xiàn)的新冠病毒變異毒株不足為慮。 但與此同時(shí),一些科學(xué)家也表示了擔(dān)憂。格拉斯哥大學(xué)的病毒學(xué)家戴維·羅伯遜(David Robertson)教授認(rèn)為,新冠病毒“大概會(huì)(最終演化出)能逃逸疫苗效果的變異毒株”。這就意味著,新冠病毒或許會(huì)造成類似流感的情況,每年都需要開發(fā)出新的疫苗以抵抗其流行。漢考克也表示,如果新冠病毒演化出了這樣的變異毒株,“我們(就需要)修改我們的疫苗,來(lái)應(yīng)對(duì)新的毒株。” 但正如福瑞德·哈金森癌癥研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center)的病毒演化學(xué)家杰西·布盧姆(Jesse Bloom)博士所說(shuō),積累出足夠產(chǎn)生疫苗逃逸的突變“不是一朝一夕的事”,需要很多年的時(shí)間。因此目前來(lái)看,注射疫苗、注意防護(hù)和密接溯源,仍然是各國(guó)防疫的最佳手段。 |
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