不曉得假基因是什么？

且聽小編細(xì)細(xì)道來:假基因，也稱偽基因，是基因進(jìn)化過程中的不具有編碼功能的殘留物。它是最早在研究非洲爪蟾過程中發(fā)現(xiàn)的。它與正?；蚍浅Ｏ嗨?，但不具有正常基因的功能。近年來研究發(fā)現(xiàn)，假基因的異常調(diào)節(jié)會導(dǎo)致多種疾病的發(fā)生和進(jìn)展，這其中就包括了惡性腫瘤。假基因轉(zhuǎn)錄形成的RNA也是非編碼RNA中的一種。非編碼RNA中其他成員（miRNA, lncRNA, circRNA）研究頗多，看樣子假基因接下來或許也要火，哈哈哈…

言歸正傳，今天給大家介紹一篇假基因方面的生信分析類的文章。

Title:

Journal: Epigenomics (IF=5.0, JCR2區(qū))

思路剖析：

1.先找到在肺癌、胃癌、肝癌中差異表達(dá)的假基因，并作交集分析。（為什么選這三種癌？答：在中國，這三種癌的發(fā)病率和死亡率都較高，因此先用這三種癌做初步篩選）。

找到42個上調(diào)和2個下調(diào)（tumor vs. normal）

2.接著作者又在其他29種癌癥進(jìn)一步驗證這些初步篩選的假基因的表達(dá)情況，

發(fā)現(xiàn)只有16個假基因是與之前三種癌癥的分析結(jié)果比較符合的，并做了相應(yīng)的熱圖。這16個假基因做進(jìn)一步分析

3.對16個假基因做生存分析（用了之前我推文種講的GEPIA數(shù)據(jù)庫，分析流暢便捷）

紅色代表預(yù)后差，綠色代表預(yù)后好，黃色（你懂的，中間）。每個框中的數(shù)字代表P值，P<>

4.構(gòu)建假基因-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

假基因也是非編碼RNA中的一種，它也可以和lncRNA和circRNA一樣改變miRNA豐度，從而參與下游基因的調(diào)節(jié)（ceRNA機制，大家可以去看看這篇文獻(xiàn)作進(jìn)一步了解

這里作者用starBase v2.0預(yù)測可以結(jié)合假基因RP11-564D11.3的miRNA,然后又用miRTarBase預(yù)測了miRNA下游的靶基因，然后在CytoScape軟件構(gòu)建了相應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)圖。

5.隨后，對miRNA的假基因作功能注釋和通路富集分析。

作者發(fā)現(xiàn)這些基因富集在肝癌、肺癌和腎細(xì)胞癌相關(guān)的通路上。有趣的是，之前對假基因RP11-564D11.3生存分析的結(jié)果顯示在這三種癌癥中它都提示不良預(yù)后并具有統(tǒng)計學(xué)意義。因此，假基因RP11-564D11.3的上調(diào)可能參與了肝癌、肺癌和腎細(xì)胞癌的發(fā)生和進(jìn)展。

6.進(jìn)一步對這些靶基因作蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析，并根據(jù)node degree篩選其中的樞紐基因。

7.對排在前十的樞紐基因做進(jìn)一步的分析。

根據(jù)ceRNA假說，假基因RP11-564D11.3與這些下游基因之間應(yīng)該是正相關(guān)的。因此，作者首先評估了假基因RP11-564D11.3和前十個樞紐基因在肝癌、肺癌和腎細(xì)胞癌中的相關(guān)性。如下：

發(fā)現(xiàn)在肝癌中，10個樞紐基因中的6個樞紐基因和假基因RP11-564D11.3都具有顯著正相關(guān)，肺癌中只有3個，而腎細(xì)胞癌中只有1個。因此，作者認(rèn)為，假基因RP11-564D11.3作為肝癌的預(yù)后指標(biāo)中可能具有更大的潛能。

那到底假基因RP11-564D11.3是通過調(diào)節(jié)哪個樞紐基因發(fā)揮作用的呢？同樣，正相關(guān)的兩個基因，在預(yù)后作用應(yīng)該也具有一致性。因此，接下來，作者又對這十個樞紐基因在肝癌中的預(yù)后作用做了相應(yīng)的分析，如下：

最后發(fā)現(xiàn)，只有VEGFA提示預(yù)后不良且具有統(tǒng)計學(xué)意義。并對VEGFA的mRNA水平（用了之前我推文中提及的UALCAN數(shù)據(jù)庫）和蛋白水平（HPA數(shù)據(jù)庫）的表達(dá)情況也做了分析，發(fā)現(xiàn)在腫瘤中顯著高表達(dá)。

截止到這，作者得出結(jié)論：VEGFA是假基因RP11-564D11.3下游的一個靶點。整篇文章到這，全部結(jié)束。

這篇文章的分析完全是零代碼的，并且零實驗，就是簡單地利用了一些在線數(shù)據(jù)庫，講了一個完整的故事，最后發(fā)表在5分的二區(qū)期刊中。除了這篇文章中所用的數(shù)據(jù)庫和分析方法，還有很多其他的在線分析數(shù)據(jù)庫和小工具，通過整合它們的分析結(jié)果，完全可以發(fā)表SCI文章。如果邏輯得當(dāng)?shù)脑挘?-5分的文章也不是不可能。