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昨天給大家推薦了一本2區(qū)4分的生信友好型雜志Epigenomics（點擊查看），那么今天一起學(xué)習(xí)一篇2019年8月發(fā)表于Epigenomics的文章。標(biāo)題是Identification of long noncoding RNA RP11-169F17.1 and RP11-669N7.2 as novel prognostic biomarkers of stomach adenocarcinoma based on integrated bioinformatics analysis。文章利用多個網(wǎng)頁工具對STAD進行研究，找到作用ceRNA，借鑒之前的結(jié)果，落實了與幽門螺桿菌感染相關(guān)的靶基因的表達差異，對ceRNA感興趣但對R不熟悉的同學(xué)可以借鑒這篇文章的思路。 01 研究思路 · 確認差異表達lncRNA并進行生存曲線繪制，找出影響生存的2個lncRNA（circlncRNAnet+GEPIA） · 構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)，lncRNA->miRNA->mRNA（UCSC，LncBook，lncLocator，AnnoLnc，miRTarBase） · 對靶基因進行富集分析（Metascape） · 基于先前研究，確認與幽門螺桿菌感染相關(guān)的基因 · 對確認的靶基因進行表達差異的探索(GEPIA) 02 結(jié)果 2.1差異表達lncRNA生存分析 利用circlncRNAnet網(wǎng)頁工具探索TCGA-STAD，閾值設(shè)定為|Log2 fold change|>4 and p-adjusted<0.01，篩選出47個上調(diào)和5個下調(diào)的lncRNA；然后利用GEPIA對以上差異表達的lncRNA進行生存分析的研究，找到影響STAD生存的lncRNA，進行OS和DFS生存分析曲線繪制；  2.2構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò) ceRNA發(fā)揮作用一般是在細胞質(zhì)，因此需要對lncRNA亞細胞定位進行確認，先從UCSC和LncBook獲得lncRNA序列，在lncLocator得到對于亞細胞定位的得分；利用AnnoLnc獲取對lncRNA靶向的miRNA，并在GEO胃癌數(shù)據(jù)集GSE54397進行miRNA差異分析，最終確認了8個miRNA；利用miRTarBase獲取8個miRNA的靶基因，最終確認 RP11-169F17.1的78個靶基因和RP11-669N7.2的154個靶基因。    2.3富集分析 利用Metascape對確認的靶基因進行富集分析，以柱狀圖和網(wǎng)絡(luò)圖展示每個lncRNA的靶基因富集的前20個term；   2.4分析靶基因與幽門螺桿菌 這里利用了作者之前研究的內(nèi)容，將靶基因與先前結(jié)果進行對比繪制了維恩圖，并繪制相關(guān)的lncRNA、miRNA和mRNA網(wǎng)絡(luò)圖；  2.5驗證潛在靶基因的表達 對兩個lncRNA與幽門螺桿菌感染相關(guān)的靶基因取交集，作相關(guān)分析，確認出CDK6、CDK4、E2F3、CDC25A這4個基因并利用GEPIA研究其在TCGA-STAD中腫瘤和正常組的表達差異；  結(jié)語 文章研究TCGA-STAD從lncRNA入手，找到對應(yīng)靶向miRNA和靶基因，進行富集分析，結(jié)合先前的幽門螺桿菌研究，梳理出4個潛在靶基因；在TCGA-STAD中確認4個基因在正常和腫瘤樣本中具有表達差異 |
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