“美國紐約東北部的撒拉納克湖畔，鐫刻著西方一位醫(yī)生特魯多的銘言：有時(shí)去治愈，常常去幫助，總是去安慰。

而中國醫(yī)生的墓志銘是什么呢：

兩個(gè)段子，是過去中西方醫(yī)生截然不同的理念，而現(xiàn)在醫(yī)學(xué)理念也越來越融貫中西。這是施毅教授近日在2019年中華醫(yī)學(xué)會(huì)呼吸病學(xué)年會(huì)暨第二十次全國呼吸病學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議上精彩演講的開篇，本次會(huì)議在江城武漢舉行，匯聚了全國各地呼吸病學(xué)專家，為大家?guī)韺W(xué)術(shù)盛宴。而施教授一席有趣生動(dòng)又“有料”的演講更是贏得觀眾的喝彩，我們一起來看看吧！

老齡化社會(huì)帶來嚴(yán)峻的感染現(xiàn)狀

隨著時(shí)代的變化，我們的社會(huì)也正在步入老齡化，過去我們對(duì)老人的標(biāo)準(zhǔn)是大于等于60歲，現(xiàn)在是大于等于65歲。而隨著老齡化社會(huì)的變遷，變化的還有疾病譜。拿日本為例，日本老齡化帶來的是老年人肺炎死亡率急速增加的后果，而在歐美國家，老年人死亡率第一的疾病是心腦血管疾病。那么感染性疾病的現(xiàn)狀如何呢？

感染性疾病是人類頭號(hào)殺手，是導(dǎo)致兒童死亡第一位的原因。抗生素的使用，使疾病得以控制，也使病原產(chǎn)生耐藥性，甚至形成超級(jí)細(xì)菌。

在感染性疾病診斷中，診斷、治療和預(yù)防是三個(gè)關(guān)鍵環(huán)節(jié)。然而眾多危重感染無法準(zhǔn)確診斷，例如：30%-50%的肺炎致病原因不明， 40%-60%的關(guān)節(jié)炎致病原因不明。

感染性疾病也給患者帶來沉重的疾病負(fù)擔(dān)，那么在如此嚴(yán)峻的現(xiàn)狀下，有兩個(gè)問題擺在臨床醫(yī)生面前：能確認(rèn)是感染嗎？能找到病原體嗎？問題擺在眼前，促進(jìn)感染性疾病的診療也成了眾多專家努力的方向，宏基因組二代測序（mNGS）應(yīng)運(yùn)而生。

什么是宏基因組二代測序

所謂宏基因組二代測序，是不基于培養(yǎng)，直接從環(huán)境/臨床樣品中提取全部微生物的DNA，利用基因組學(xué)的研究策略研究環(huán)境樣品中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能，可廣泛分析臨床樣本微生物組（細(xì)菌、真菌、病毒）的高通量測序方法。

傳統(tǒng)的檢測方法在敏感性，特異性，時(shí)效性，信息量等方面存在局限，而且對(duì)于未知或者罕見的病原微生物，無法快速識(shí)別。而mNGS從取樣，核酸提取及建庫到測序、生信分析及報(bào)告，整個(gè)過程約24小時(shí)。

目前該技術(shù)已經(jīng)納入的病原體有8000多種，其中包括3000余種細(xì)菌，4000余種病毒，200 余種真菌和140種寄生蟲，為疑難危重癥及罕見病原微生物感染的診斷提供了有效的技術(shù)手段。

2014年，mNGS走入大眾視野，新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志（NEJM）刊登了一則病例：

• 14歲聯(lián)合免疫缺陷綜合征男孩，2013年波多黎各旅行回國后因腦膜炎住院，發(fā)展為腦積水和癲癇狀態(tài)。6周內(nèi)進(jìn)行38項(xiàng)感染病原檢測，先后聯(lián)用5種抗菌藥物，未查出病因，嘗試按照自免腦引起的昏迷狀態(tài)治療。48小時(shí)腦脊液宏基因組測序，檢出圣地羅西鉤端螺旋體序列475條，改用青霉素治療，32天后男孩痊愈出院。

NEJM主編評(píng)論該報(bào)告的標(biāo)題為“NGS，一個(gè)病例如何改變世界”，可見NGS的重要意義。

隨后，mNGS迅速被臨床認(rèn)可，2016年美國FDA NGS感染性疾病診斷策略提出，mNGS可以用于微生物鑒定，檢測是否耐藥，是否是毒力標(biāo)志物。

目前，病原體高通量測序的臨床適應(yīng)癥包括：

mNGS的技術(shù)正隨著社會(huì)的發(fā)展，在不斷進(jìn)步、完善。

可適用的感染類型和可送檢的標(biāo)本（圖）

正確認(rèn)識(shí)mNGS技術(shù)的局限和挑戰(zhàn)

與傳統(tǒng)病原微生物檢測相比，mNGS 敏感性高，信息量大，但也存在一定的局限性。因此，施教授也通過幾個(gè)問題，為大家?guī)硇碌恼J(rèn)識(shí)。

最重要的參數(shù)需謹(jǐn)記：病原體，序列數(shù)。

reads指的是匹配到該病原體的序列數(shù)目，reads高不一定意味著致病，reads數(shù)低不一定意味著不致病，數(shù)的多少與標(biāo)本中病原體含量多少、標(biāo)本中核酸提取量及標(biāo)本中人源序列比例有關(guān)。

不同的病原體，具有不同的reads數(shù)特點(diǎn)，單個(gè)病原體逐個(gè)分析至關(guān)重要。結(jié)合reads數(shù)目、病原體排位，臨床才能更好的進(jìn)行分析。

老年男性，因“流感”1周入住呼吸ICU，PCR確診重癥甲流肺炎，治療好轉(zhuǎn)，第5天再次發(fā)熱，病情加重，考慮繼發(fā)曲霉感染，經(jīng)驗(yàn)性抗曲霉治療。診斷是否成立？經(jīng)驗(yàn)性治療合理嗎？

檢查GM試驗(yàn)，血清GM 3.81，BALF GM4.34，高度擬診，但所有標(biāo)本培養(yǎng)無真菌生長。此時(shí)BALF mNGS結(jié)果匯報(bào)，檢測到煙曲霉，診斷成立，繼續(xù)治療痊愈。

因此，mNGS報(bào)告時(shí)要注意以下三個(gè)要點(diǎn)：是否是致病病原體或條件致病病原體；人體正常存在微生物，在免疫缺陷等特殊患者中值得關(guān)注；由檢測試劑和序列對(duì)比噪音引入的微生物不應(yīng)出現(xiàn)在報(bào)告中。

不結(jié)合臨床，NGS報(bào)告就是廢紙一張。

檢測陽性≠致病病因。

• 多病原體列表展示的優(yōu)勢作用在于提供可能的有效線索；

• 開發(fā)特征基因數(shù)據(jù)庫和大樣本背景菌數(shù)據(jù)積累，將會(huì)進(jìn)一步明確檢出病原與疾病的關(guān)聯(lián)性。

陰性報(bào)告也并非全無價(jià)值。

• 治療前：結(jié)合病人情況排除感染或病原體本身含量很低；

• 治療后：用藥后取樣導(dǎo)致病原體含量降低。

有些樣本培養(yǎng)、核酸檢測陽性，而mNGS卻什么都沒有檢測出來，技術(shù)不行？

看到上圖，你第一眼是否看成是”一個(gè)坐著的小人“，但換種角度看，它其實(shí)是-4°。會(huì)上，施教授通過這一張簡單的圖片，告訴我們“看待事物的角度不同，結(jié)論就不同”。臨床任何事情也是一樣，需要全方面考慮，平衡得失，選出最優(yōu)的方案。

mNGS 具有比傳統(tǒng)病原微生物檢測技術(shù)更強(qiáng)大的效能，但目前在應(yīng)用方面還存在一些需要改進(jìn)的地方，不能完全取代常規(guī)的檢測技術(shù)，未來的感染性疾病診療過程將會(huì)聯(lián)合多個(gè)學(xué)科，使用多種技術(shù)方法輔助診斷，進(jìn)而實(shí)現(xiàn)感染性疾病的精準(zhǔn)診治。

參考文獻(xiàn)：

1. 佚名. 宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應(yīng)用的專家共識(shí)[J]. 中華急診醫(yī)學(xué)雜志, 2019.

本文首發(fā)：醫(yī)學(xué)界呼吸頻道

本文講者：南京大學(xué)附屬金陵醫(yī)院 施毅教授