魯哀公十六年（前479），孔子卒?？鬃由砗?，孔廟始設(shè)于何時、又由何人而始建，先秦文獻(xiàn)并無記載。《孔子家語》的說法是孔子去世后的第二年、即魯哀公十七年立廟于孔子舊宅，并設(shè)守陵廟百戶?？鬃铀氖叽鷮O孔傳所撰《東家雜記》和五十一代孫孔元措的《孔氏祖庭廣記》亦均據(jù)此為孔子立廟之始。但最早見諸正史的孔廟原始記載，則是司馬遷的《史記》?！妒酚洝た鬃邮兰摇吩疲骸肮仕犹玫茏觾?nèi)，后世因廟藏孔子衣冠琴車書，至于漢二百年余年不絕?！碧饭H謁闕里，自為其所親見，這就是說孔廟是因孔子舊宅而設(shè)之。但此處關(guān)于孔廟始建之年，史公并未詳及。另按《史記》所說，漢高祖十二年冬十一月，“高皇帝過魯，以太牢祠焉。諸侯卿相至,常先謁然后從政”,則其時當(dāng)已有廟可知，以此推之，則最早的孔廟當(dāng)在秦漢前即已有之應(yīng)屬無疑。除《史記》之外，關(guān)于早期孔廟的原始說法，在《禮記》、《水經(jīng)注》中也有類似記載。而這其中又尤以酈道元《水經(jīng)注》所述為詳：“廟屋三間，夫子在西間東向，顏母在中間南向，夫人隔東一間東向。夫人床前有石硯一枚，作甚樸，云平生時物也?！本C考史乘諸說，蓋當(dāng)以孔子六十九代孫孔繼汾所撰《闕里文獻(xiàn)考》所說為允：“先圣之沒也，弟子葬于魯城北泗上。既葬，后世子孫即所居之堂為廟，世世祀之。然塋不過百畝，封不過三版，祠宇不過三間，歷代嗣加恢?jǐn)U，日就宏麗?！?/p>

綜上，這種“依廟為宅，廟宅合一”的情況，就是最早的原始孔廟情況，而這原始孔廟的情況則又關(guān)乎“闕里”的具體位置?！妒酚洝た鬃邮兰摇吩疲骸翱鬃由敳洁l(xiāng)陬邑?！碧扑抉R貞《史記索隱》：“孔子居魯之鄒邑昌平鄉(xiāng)之闕里也?！薄瓣I里”，為古魯城西南隅的一個小街巷，街北端即為孔子故宅。班固《漢書·梅福傳》：“今仲尼之廟不出闕里。”范曄《后漢書·郡國志》說：“魯國，古奄國?！嘘I里，孔子所居?！北蔽横B道元《水經(jīng)注·泗水》云：“夫子教于洙泗之間，今于城北二水之中，即夫子領(lǐng)徒之所也?！稄恼饔洝吩弧ㄣ舳?，交于魯城東北十七里。闕里背洙面泗，南北百二十步，東西六十步，四門各有石閫。北門去洙水百步余?！洞呵铩范ü?，公山不狃帥費(fèi)人攻魯，公入季氏之宮，登武子之臺也。臺之西北二里，有周公臺，高五丈，周五十步。臺南四里許，則孔廟，即夫子之故宅也。宅大一頃，所居之堂，后世以為廟?！碧评钐独ǖ刂尽吩疲骸皟贾萸房h城西南三里有闕里，中有孔子宅，宅中有廟?！敝钡筋櫻孜洹杜f知錄》亦云：“《水經(jīng)注》‘孔廟東南五百步有雙石闕，故名闕里?！妒酚涺斨芄兰摇贰疅╆I門。蓋闕門之下，其里即名闕里，而夫子之宅在焉?！嘀^之闕黨，《魯論》有闕黨童子，《荀子》仲尼居于闕黨，是也?！倍魅岁愭€所纂《闕里志》卷十一則云：

漢晉春秋曰闕里者，夫子之故宅也，在魯城中。又云魯城有二石闕，曰闕里，蓋里門也。按闕里辯云，古今稱闕里者其說各異，所言二石闕曰闕里其謬遠(yuǎn)矣。自先圣作春秋成，號稱素王，闕里者，素王之庭除也。不曰鄉(xiāng)里而曰闕里，蓋謂圣人講道之庭除，諸弟子尊稱也。歷代帝王之庭曰帝闕、曰金闕、曰玉闕、曰鳳闕，皆庭，帝之稱也。圣人之庭曰闕里，以別郡祠之稱耳。

文獻(xiàn)記載上對“闕里”的說法，雖有爭論，但仍以此一系為主。清初著名考據(jù)學(xué)大家閻若璩則反對這一說法，他認(rèn)為“孔子始教學(xué)于閭里，……乃是閭字非闕字?！焙笫浪^的“闕”字是因魯恭王之治宮室，建有雙闕，后世因以名之。且附錄于此，可備一說。

按，魯國故城在今曲阜城的東北方向，今城位于魯故城的西南一帶。今天的曲阜城乃明嘉靖元年“移城衛(wèi)廟”所定，城東六里許有舊城村，為宋大中祥符年間仙源故城所在。宋金之時的孔子五十一代孫孔元措所撰《孔氏祖庭廣記》云“廟在舊曲阜縣西南二里”，則可知漢唐時的曲阜城當(dāng)在今曲阜城偏東南位置。又以北宋《太平寰宇記》所言闕里在曲阜縣西南三里徵之，漢唐舊城故址則約略可知。漢景帝時，魯恭王“好治宮室，壞孔子舊宅以廣其宮，聞鐘磬琴瑟之聲，遂不敢復(fù)壞，于其壁中得古文經(jīng)傳?！庇?，漢王延壽《魯靈光殿賦》序云：“初，恭王始都下國好治宮室，遂因魯僖基兆而營焉?！睍x張載注：“昔魯僖公使大夫公子奚斯，上新姜嫄之廟，下治文公之宮，故曰遂因魯僖兆基而營焉?！逼漪斕珡R舊址為漢魯恭王靈光殿所奪亦可知。魯太廟舊址，即今城東南隅古泮池之北，清乾隆行宮之遺址。據(jù)此，蓋“闕里”的大致情況，酈道元《水經(jīng)注》所云“孔廟東南五百步有雙石闕，即靈光之南闕，北百余步即靈光殿基”，當(dāng)為中肯。

通過歷史來看，闕里孔子廟在建制規(guī)格上經(jīng)歷了由簡至繁、從樸素到尊貴的逐步變化趨勢。自漢高祖十二年劉邦過魯以太牢祀孔子，平帝元始元年（西元1年）又追謚孔子“褒成宣尼公”，此后，闕里圣廟備受尊崇和重視。東漢建武五年（29），光武帝過闕里致祭孔子，此后漢明帝、章帝、安帝也均曾先后至闕里祭祀孔子。帝王尊崇孔子，地方有司就會刻意保護(hù)孔廟。明帝永平中，魯相鐘離意曾出私錢萬三千，付戶曹孔?治夫子車，但在漢獻(xiàn)帝時遇火被焚?；傅墼稳辏?53），因魯相乙瑛所請，“財出王家錢”，為孔廟設(shè)百石卒吏一人，專門負(fù)責(zé)主持守廟?；傅塾缐鄱辏?56），魯相韓勅“修飾宅廟”，“造立禮器?！膘`帝建寧元年（168），魯相史晨甫就任即行謁廟之禮，禮孔子宅，拜謁神座。禮畢則“補(bǔ)完里中道之周左墻垣壞決，作屋涂色，修通大溝”，又命仇誧劉耽等補(bǔ)治闕里墻垣，修飾屋宇，疏通里中水溝，使之西流向南注入城池。但儒術(shù)之式微，自漢末即已開始。漢末喪亂，百制陵夷，孔子舊宅在漢獻(xiàn)帝時又“遇火被焚”，是以造成“天下大亂，百祀墮壞。舊居之廟，毀而不修”。這種局面，要到魏文帝曹丕之時才被改變。魏文帝黃初元年（220），曹丕“令魯郡修起舊廟，置百石吏卒以守衛(wèi)之。又于其外廣為屋宇，以居學(xué)者”。不過當(dāng)時對孔廟的規(guī)模并未擴(kuò)大，所以酈道元在《水經(jīng)注》中明言仍是“廟屋三間”。魏文帝修復(fù)闕里孔子廟，距漢末不過三十余年，闕里已廢絕如此，但隨之而來的西晉之亂使闕里再度被寇，廟貌荒殘，幾近百年。東晉孝武帝太元十年（385）清河人李遼“路經(jīng)闕里，過覲孔廟，庭宇傾頓，軌式頹弛，萬世宗匠，忽焉淪廢，仰瞻俯慨，不覺涕流?！惫侍哪辏?89）十一月，應(yīng)李遼之請，司馬曜“興復(fù)圣祀，修建講學(xué)”，于是勅下兗州魯郡，準(zhǔn)舊營飾，修復(fù)孔子廟，并頒《六經(jīng)》。劉宋文帝元嘉十九年（442）冬十二月，再詔修先圣廟，給祠置令，以便四時饗祀，“并下魯郡修復(fù)學(xué)舍，采召生徒”。東魏孝靜帝興和三年（541），兗州刺史李珽命工雕素圣容，旁侍十子。北齊文宣帝天保元年（550）夏六月，“詔魯郡以時治修孔子廟宇，務(wù)盡崇煥”。魏晉南北朝時期，鼎祚迭移，戰(zhàn)亂頻仍，民生困窮，有司自顧不暇，此時的闕里孔廟雖不乏時有修繕之舉，但于廟制實(shí)無改觀。闕里孔廟廟制的煥然而變，要到隋唐以后。隋煬帝大業(yè)七年（611），曲阜縣令陳叔毅修闕里孔子廟后，廟況為之而變：“粉壁椒涂，丹楹刻桷，可謂神之所至，無所不為?！瓕嫃R孔碩，靈祠赫奕。圓淵方井，綺窗畫壁?！碧聘咦嫖涞戮拍辏?26），詔令經(jīng)營孔廟舊址，虞世南記曰：“萬雉斯建，百堵皆興。揆日占星，式規(guī)大壯。鳳甍騫其特起，龍桷儼以臨空。霞入綺寮，日暉丹檻。窅窅崇邃，悠悠虛白。圖真寫狀，妙絕人功。象設(shè)已陳，肅焉如在。握文履度，復(fù)見儀形?！碧铺谪懹^十一年（637）秋七月，尊孔子為尼父，又詔兗州作闕里孔子廟。但僅僅二十九年之后，至高宗乾封元年（666）東封泰山時，遣司稼正卿扶馀隆致祭先圣孔宣父，卻是堂宇卑陋，于是乾封二年（667），兗州都督霍王李元軌遂承制再修闕里孔子廟。此次修葺，是為闕里孔廟有史以來第一次大規(guī)模改建，時吏部郎中崔行功撰《贈太師魯國孔宣公碑》以記之。玄宗開元六年（718），兗州牧韋元圭和孔子三十五代孫褒圣侯孔燧之、及縣令田思昭修闕里孔子廟，“樹繚垣以設(shè)防”。開元十三年（725）玄宗泰山封禪后幸孔子宅，“遣使以太牢祭其墓，復(fù)給近墓五戶。令天下州縣立廟。賜百戶充春秋享奠，因廣大本廟?！贝撕?，唐代宗大歷八年（773）、懿宗咸通十年（869），又?jǐn)?shù)修闕里孔廟。經(jīng)過隋唐之時的擴(kuò)建，闕里孔廟已頗具規(guī)模。孔子第六十六代孫孔毓圻等撰《幸魯盛典》總結(jié)云：“至唐，擴(kuò)正廟為五間，兩廡二十余間，后為寢廟，前為廟門，規(guī)制大薦。”孔尚任《闕里（新）志》亦云：“正廟五間，祀文宣王，南向坐，顏?zhàn)用嫖?，配閔子以下十哲及曾子，東西列坐，皆為塑像。兩廡二十余間，祀七十二賢，圖繪于壁上。廟后為寢廟，祀亓官夫人。前為廟門三間，甚壯麗?！?/p>

經(jīng)過唐末至五代長時期的社會動蕩，有宋之興，重文之風(fēng)乃盛，宋太祖獎勵儒學(xué)，《宋史紀(jì)事本末》載太祖曾謂侍臣之言：“朕欲盡令武臣讀書，知為治之道?！壁w宋一朝推崇儒學(xué)倫理綱常，尊孔崇儒是宋代國家文教政策的核心。在這種思想和審視下，表現(xiàn)在對孔子的尊崇上就更為顯著，是以宋代為孔廟建制大為完備的時期。宋太祖建隆元年（960），太祖謁國子監(jiān)孔子廟，詔增修祠宇，繪先圣先賢先儒像，釋奠用《永安》之樂。建隆三年，“賜御制贊曰：王澤下衰，文武將墜。尼父挺生，河海標(biāo)異。祖述堯舜，有德無位。哲人其萎，鳳鳥不至。”又“詔文宣王廟定儀制令，立戟十六枚?！苯癜?，門前列戟乃遠(yuǎn)承古車宮之遺意，《周禮·天官·掌舍》職：“掌王之會同之舍，設(shè)梐枑再重。設(shè)車宮，轅門。為壇壝宮，棘門?！睏a枑，是古代木制的警戒設(shè)施，置于宮舍門外，攔阻人馬。亦稱互，或稱閑。漢時稱行馬。車宮，則是駐車排列以為屏藩。轅門是兩車仰起，車轅相向搭在一起，構(gòu)成門的形狀。在先秦時期，王者有會同之禮，這種規(guī)制乃古之王者軍旅、會同之時，于駐蹕之處的一種安全措施和威儀制度。后世遂引為制度，以彰威儀。如《隋書》記載隋朝時候“時制三品以上，門皆列戟?！薄短屏洹穭t記載了唐代的制度：“凡太廟、太社、及諸宮殿門，東宮及一品以下、諸州門，施戟有差：凡太廟、太社及諸宮殿門，各二十四戟；東宮諸門，施十八戟；正一品門，十六戟。”又，《資治通鑒·唐僖宗光啟三年》胡三省注亦云：“唐設(shè)戟之制，廟社宮殿之門二十有四，東宮之門一十有八，一品之門十六。”孔廟立戟十六枚，此乃唐宋一品之禮，宋太祖時期的這個改變，是為孔廟建制史上一個重要里程碑。而后來再至徽宗大觀四年（1110）則又提高至立戟二十四枚，則又直接提升為王者制度。太宗太平興國八年（983），“帝御便殿，顧廷臣曰，朕嗣位以來，咸秩無文遍修群祀，惟魯之夫子廟堂未加營葺，闕孰甚焉。乃詔大將作庀材鳩工，復(fù)命內(nèi)侍二人董其役。”此次修繕，呂蒙正為文記之：“乃鼎修規(guī)，革舊制”，“繚垣云矗，飛檐翼張”，“回廊復(fù)殿，一變維新”。真宗承祖制提倡尊孔崇儒，并規(guī)定科舉考試要考儒學(xué)經(jīng)典，大中祥符元年（1008），真宗過曲阜謁孔廟，“賜孔子廟經(jīng)史，又賜太宗御制御書一百五十卷，藏于廟中書樓?！辏憾?，詔立孔子廟學(xué)舍。三月頒孔子廟桓圭一，加冕九旒，服九章，從上公制。夏五月，詔追封孔子弟子，秋七月加左丘明等十九人封爵?！辏?010年）頒釋奠儀注及祭器圖，建廟學(xué)”。雖然由唐訖宋朝廷對闕里孔廟尊崇優(yōu)渥，但根據(jù)文獻(xiàn)記載來看，真宗大中祥符元年已加謚孔子為“玄圣文宣王”爵號，顯然此時的闕里廟制于禮不合、與爵不稱。于是遂有天禧二年（1018），時大理寺丞兼知仙源縣、孔子四十五代孫孔道輔上奏稱“曲阜祖廟，卑陋不稱，請加修崇”，這一請求獲得批準(zhǔn)，真宗命道輔主其事，詔轉(zhuǎn)運(yùn)使以官錢葺之。天禧五年（1021），孔道輔“又請得封禪行殿余材”修圣廟，孔道輔所請得的封禪行殿余材，皆橡、樟、楩、梓之屬，乃大擴(kuò)舊制，增廣殿庭。乾興元年（1022），移大殿于后，講堂舊基不欲毀拆，即以磚為壇，環(huán)植以杏，名曰杏壇，又于壇前建御贊殿以容真宗贊孔子碑。經(jīng)過這次擴(kuò)建，闕里孔廟煥然改觀：

廟門三重，次書樓，次唐宋碑亭各一，次儀門，次御贊殿，次杏壇。壇后乃正殿，又后鄆國夫人殿。殿東廡為泗水侯殿，西廡為沂水侯殿。正殿西廡門外為齊國公殿，其后為魯國太夫人殿。正殿東廡門外曰燕申門，其內(nèi)曰齋廳，廳后曰金絲堂。堂后則家廟，左則神廚。由齋廳而東南為客館，直北曰襲封視事廳，廳后為恩慶堂。其東北隅曰雙桂堂。凡增廣殿庭廊廡三百六十間。（《闕里文獻(xiàn)考·卷十二》）

經(jīng)過此次擴(kuò)大舊制的闕里孔廟廟制已頗具規(guī)模，共前后四進(jìn)院落，東、中、西三路并行，今之格局已初步底定，后世的擴(kuò)建格局也均基本定位于此。仁宗景祐四年（1037）修建講學(xué)堂；次年，孔道輔又于正殿之西建五賢堂，祀孟子、荀卿、揚(yáng)雄、王通、韓愈五人。嘉祐六年（1061），仁宗又頒御書金字篆書“宣圣廟”和飛帛書“大成殿”匾額。此后，神宗元豐元年（1078），詔兗州以省錢修葺闕里宣圣廟，五年冬十一月，又賜度牒三十本，差本路兵士、工匠，令四十七代孫新泰令若升監(jiān)修之。哲宗紹圣三年（1096），勅令轉(zhuǎn)運(yùn)使省錢三千貫修葺闕里孔子廟。自趙宋開國以來，經(jīng)過幾代人相繼的興修的闕里孔子廟，卻旋即再遭兵燹?？鬃拥谒氖糯鷮O、金代孔璋在《續(xù)編祖庭廣記跋》中說：“值建炎之事，廟宇與書籍俱為灰燼?！?/p>

金國上層之士畢竟有遠(yuǎn)見者，深知欲立足中原，必須依靠孔子思想，于是旋即調(diào)整思路，于天會五年（1127），金睿宗完顏?zhàn)趫蜻M(jìn)駐燕京后，戎馬未息即建太學(xué)，修建國子監(jiān)。天會七年（1129），“大軍入山東，兗州堅壁而守。是時睿宗為都元帥，次城下諭以禍福，戒軍士以夫子所生之地，不得剽奪。十八日撫定退師，十九日命曲阜知縣衡雄與縣吏等引詣宣圣廟。既至廟庭，以建炎群寇之火皆為灰燼，而殿火猶未熄。元帥乃登杏壇，望殿火奠拜”。金皇統(tǒng)二年（1142），勅行臺支撥錢四萬千貫，委曲阜縣主簿孔環(huán)監(jiān)督工役。禁官私侵占先圣廟地者，載于制條，為不刊之典，并免去孔氏賦役。四年（1144），令于行省再撥錢一萬四千五百貫、發(fā)南京八作司見材以助工役。九年（1149），修正殿。金廢帝正隆二年（1157），又以羨錢修廟廊及齊國公殿，但此次維修規(guī)模不大，被毀建筑也未得到完全復(fù)建。宋金對峙，時局的動蕩必然又造成林廟的頹敝，世宗大定十九年（1179），孔子第五十代孫孔摠其看到林廟殘破而深感不安，遂親率佃戶東之蒙山，伐材取木，增修寢殿及尼防殿宇廊廡五十余楹。金代名臣黨懷英在孔摠去世后，所撰《金故贈正奉大夫襲封衍圣公孔公墓表》云：“起西廟、尼山兩處鄆國夫人殿及大中門、家廟、齋廳、祭祀庫計五十余楹，彩飾圖繪畢備?！闭伦诿鞑辏?190），以“夫子設(shè)教洙泗，有天下者所當(dāng)取法。今遺祠久不加葺，且隘陋不足以稱圣師之居”，乃撥錢七萬六千四百多緡，命干臣領(lǐng)其役，大修闕里圣廟，于明昌二年春興工，至明昌五年秋告竣。此次擴(kuò)建后的闕里孔廟“凡為殿堂、廊廡、門亭、齋廚、黌舍，合三百六十余楹。位序有次，像設(shè)有儀。表以杰閣，周以崇垣。至于楃座欄楯、簾櫎罘罳之屬，隨所宜設(shè)，莫不嚴(yán)具。三分其役，因舊以完葺者才居其一，而增創(chuàng)者倍之”，并以捏塑易兩廡群弟子及先儒畫像，并增置祭田六十五頃，又始賜奎文閣之名。明昌二年的修繕，是為宋天禧二年之后，闕里孔廟再次大規(guī)模擴(kuò)建。金代從熙宗皇統(tǒng)二年（1142）至章宗明昌五年（1194）的五十余年間，修闕里孔廟凡八次。此時的闕里孔廟基本保持了宋代的格局，但部分建筑規(guī)模卻有所擴(kuò)大，新建大中門、欞星門，且始用琉璃瓦，殿廡均以綠琉璃瓦剪邊，青綠彩畫，朱漆欄檻，檐柱亦改為石質(zhì)，并雕龍為飾，使闕里廟制大為提高。可惜的是，此一耗費(fèi)巨大人力物力的工程，在旋即南下的蒙古鐵蹄下，廟貌又復(fù)殘毀，率多化為灰燼。“闕里祠宇，毀于金季之亂，閣號奎文，若大中門闥，存者無幾。”

金貞祐二年（1214），蒙古兵南下中原至曲阜，圣廟再遭兵燹，“殿堂廊廡灰燼什五”。元太宗窩闊臺九年（1237），詔令孔子第五十一代孫、衍圣公孔元措修闕里孔子廟，“官給其費(fèi)”，但這次維修僅復(fù)建寢殿，暫寓先圣及十哲像而已。元世祖中統(tǒng)二年（1261）六月，詔“宣圣廟及管內(nèi)書院，有司歲時致祭，月朔釋奠，禁諸官員使臣軍馬，毋得侵?jǐn)_褻瀆，違者加罪”。至元四年（1267），因孔子第五十三代孫、曲阜縣尹孔治不忍廟貌殘缺，上奏請求修廟。獲撥白金五十兩，恢復(fù)奎文閣。創(chuàng)環(huán)廊，易木柱為石柱，重修廟墻、杏壇、齋廳、學(xué)校等。但這次維修也僅僅是“即其舊而新之，禮殿則未遑也”。大德元年（1297），濟(jì)寧路達(dá)魯花赤按檀不花“行部至曲阜，睹祠宇荒涼，上言愿自出資修葺。御史臺言，曲阜林廟非他處比，修理盛事當(dāng)出自朝廷，不可使臣下獨(dú)專其美。不許所請”。四年，工部再上言請修，遂于秋八月興工，冬十二月又以“不急之役”而詔罷，因而中止。明年，濟(jì)寧路達(dá)魯花赤按檀不花以奉詔書停工時工役已及八分，仍請修建。這一頗具周折的修繕工程，終于在元成宗大德六年九月而告竣。同時，這也是元代規(guī)模最大的一次維修。閻復(fù)撰碑文記之曰：“締構(gòu)堅貞，規(guī)模壯麗，大小以楹計者百二十有六，貲用以緡計者十萬有奇。”元文宗天歷二年（1329），又因“圣廟歲久漸壞，勅濟(jì)寧路出官錢五萬二千余緡修葺”。至順二年（1331），孔子第五十四代孫、衍圣公孔思晦奏請因前朝故事，四隅建角樓，仿王宮制度。詔從之。文宗賜給山東鹽課及江西、浙江兩省學(xué)田歲入中統(tǒng)楮幣三十一萬四千四百緡，詔濟(jì)寧路督修孔子廟，于順帝至元二年（1336）落成，至正元年（1341）樹碑以記其事。

有元一代，闕里孔廟修葺者凡十三次，而圣廟之興，實(shí)則孔思晦之功?！对贰た姿蓟迋鳌吩疲骸俺酰瑥R毀于兵，后雖茍完，而角樓圍墻未備，思晦竭力營度以復(fù)其舊。金絲堂壞，又一新之。祭器禮服，悉加整飭。又以尼山乃毓圣之地，故有廟，已毀，民冒耕祭田且百年，思晦復(fù)其田，且請置尼山書院，以列于學(xué)官，朝廷從之。”但元代的廟制詳情未見文獻(xiàn)記載，孔尚任《闕里（新）志》記有明洪武十一年重新修復(fù)的廟制情況，通過洪武十一年的廟貌則基本可以看到元代孔廟形制：

大門三間，門內(nèi)大中門三間，大中門內(nèi)宋時舊廟門三間，謂之三門，左右具有回廊。門北為奎文閣，閣左便門內(nèi)唐元碑亭二座。

宋碑亭東為毓粹門，門內(nèi)北為燕申門。燕申門內(nèi)左曰廟庫，右曰松亭，正北曰詩禮堂，后曰金絲堂，又后為中興家廟，廟后為燕申堂。

唐碑亭西為觀德門，門內(nèi)北為啟圣門。啟圣門內(nèi)右曰廟庫，左曰筠亭，正北曰五賢堂，又后為啟圣王殿，殿后啟圣王夫人顏氏殿。

奎文閣后正中曰大成門，門內(nèi)為御贊殿，殿北為杏壇，左為東廡，右為西廡，正中曰大成殿，即正廟也。殿后為寢殿，祀夫人亓官氏。寢殿東為泗水侯殿，西為沂水侯殿。寢殿后左右便門內(nèi)為神廚、牲房、焚帛所。

四直崇垣，四隅角樓，備王宮之制也。

較之金代廟制，元代孔廟增建了大門，東路添建燕申堂，西路則省去了毓圣侯殿，并移五賢堂面南。廟制更趨規(guī)整。

闕里孔廟建制大發(fā)展的重要時期，非明代莫屬，現(xiàn)存闕里孔廟建筑群大體輪廓即底定于此時。有明一代修葺闕里圣廟計二十三次，其間又尤以明孝宗弘治十二年之修為最，闕里孔廟今之規(guī)模即此時所底定。

帝王之務(wù)，莫重于禮。有明之興，首開禮局。明太祖虔禮重祀之誠實(shí)度越前代，洪武元年二月丁未，即詔以太牢祀先師孔子于國學(xué)，并遣使詣闕里致祭。使行，太祖謂之曰：

仲尼之道，廣大悠久，與天地相并，故后世有天下者，莫不致敬盡禮，修其祀事。朕今為天下主，期在明教化，以行先圣之道。今既釋奠國學(xué)，仍遣爾修祀事于闕里，爾其敬之。（《明太祖實(shí)錄·卷三十》）

元末戰(zhàn)亂，闕里圣廟隳壞頹敝。洪武七年（1374）春，孔子第五十六代孫、衍圣公孔希學(xué)奏請修治，太祖詔從之，后因水患，遲至洪武十年鳩工，于次年落成。此次修葺，計補(bǔ)塑圣像、重建正殿左右回廊十八間、東廡三十三間、三氏學(xué)生員房舍二十二間。明太祖也殊為重視闕里孔廟的廟貌情況，于洪武二十年（1387）春，詔工部派遣千余名工匠再修圣廟，《闕里文獻(xiàn)考》記載了時太祖對工部侍郎秦逵的一席談：

春秋時，人紀(jì)廢壞。孔子以至圣之資，刪述六經(jīng)，使先王之道晦而復(fù)明，萬世永賴，功莫大焉。夫食粟則思樹藝之先，衣帛則思蠶繅之始，皆重其所從出也?？鬃又εc天地并立，故朕命天下通祀，以致崇報之意。而闕里先師降神之地，廟宇廢而不修，將何以妥神靈昭來世？爾工部其即為修理以副朕懷?！保ā蛾I里文獻(xiàn)考·卷十二》）

明太祖尊崇孔子之意非但度越前代，也更為其后繼者視為成憲亦步亦趨。永樂九年（1411），孔子第五十九代嫡孫、衍圣公孔彥縉咨文工部，請修闕里孔廟。成祖很快就批準(zhǔn)了這個請求，“往命有司，撤其舊而新之?！泵腥怂径铰是敉骄S修闕里孔子廟，后來又感覺囚徒維修孔廟不妥，遂諭工部說：“孔廟至敬之處，囚徒作踐不便，令山東布政司官一員率民三千人往修，務(wù)期堅固。”這次修葺于永樂十年開工，計修廊廡樓閣二百七十余楹，將闕里孔廟向南擴(kuò)展，增建欞星門及德侔天地、道貫古今二坊，大門（今圣時門）三洞，石橋（今碧水橋）三座，迨十五年夏五月工竣，御制碑文以紀(jì)成。維修后的闕里孔廟，咸若一新，“宏邃壯觀”。永樂九年的這次修繕非但奠定了今日闕里孔廟之規(guī)模，也是自宋天禧二年之后第三次大規(guī)模擴(kuò)建。此后，宣宗宣德九年（1434），工部侍郎周忱及蘇州知府況鐘損貲成美，捐資重建金絲堂。憲宗即位后亦命重修闕里圣廟，“去故易新”，規(guī)模“視舊有加”，工竣后于成化四年（1468），在大成門之南，洪武、永樂碑之東，樹碑建亭以記其事。成化十六年（1480）春二月，詔過孔廟者毋騎。又因孔子六十一代孫、代襲衍圣公孔弘泰之請，憲宗“命有司作新，凡殿堂廊廡門庭齋廚黌宮等三百五十八楹，規(guī)制一新?！痹鰪V廟制，擴(kuò)正殿為九間，計耗公帑貨財十余萬金，至二十三年乃成。維修后的闕里圣廟“柱石鏤以龍鳳之形，輪奐繪以金碧之色?！边@次維修是明興以來，闕里圣廟規(guī)模最大、質(zhì)量最高的一次修建，也是自宋代以來的第四次大規(guī)模擴(kuò)建。其最突出的改觀是廟制的擴(kuò)大，大成殿由面闊七間變?yōu)榫砰g。據(jù)孔尚任《闕里（新）志》的記載，維修后的孔廟規(guī)模是：

大成殿九間，重檐石柱。寢殿七間。寢殿之左轉(zhuǎn)角便門后為望瘞所，稍東為神廚；寢殿之右轉(zhuǎn)角便門后為望燎所，稍西為神皰；寢殿前改泗水侯殿為左廂，貯禮器幾案等；改沂國公殿為右?guī)?，貯樂器懸架等。東連便門一間通述圣廟，西連便門一間通啟圣廟。東廡五十間祀澹臺滅明以下諸賢，西廡五十間祀宓不齊以下諸賢。前為杏壇，重檐八角，朱檻兩層。壇前為拜位。又前御贊殿，前為大成門五間，左為金聲門三間與東廡連檐，右為玉振門三間與西廡連檐。門前左有元至正碑亭、宋金碑亭，右有元大德碑亭、唐碑亭。

碑亭東為居仁門三間，又東毓粹門三間。兩門之中南向?yàn)槭鍪ラT，門左右有榜棚。門內(nèi)東有禮器庫九間，西有松亭一座，北為詩禮堂。堂后有一照墻，后為述圣廟門，左右均有便門，門內(nèi)述圣殿七間，祀泗水侯、沂國述圣公及中興祖等。殿后燕申堂五間，后有高垣與神廚隔。

碑亭西為由義門三間，又西觀德門三間。兩門之中南向?yàn)閱⑹ラT，門左右建有榜棚。門內(nèi)西有樂器庫九間，東有筠亭一座，北為金絲堂，由五賢堂改建。堂后照墻一堵，后為啟圣廟門，左右俱有便門。門內(nèi)啟圣殿七間，祀啟圣王等。殿后寢殿五間，祀啟圣王夫人，后有高垣與神庖隔。

大成門直前為奎文閣，三層七間。閣左掖門三間，東連直房十五間，為學(xué)生族人齋宿之所；閣右掖門三間，西連直房十五間，為禮樂生戶丁齋宿之所。

閣前舊廟門三間，東西有洪武、永樂碑亭。其左為家廟，正門一間，南向。正廟五間，東西二廂謂之別室，其后為寢廟；其右為神祠，正門一間，南向，正祠五間，東西二廂謂之別室，其后為寢廟。家廟神祠門外有東西二門，通廟外。

其前為大中門三間，大中門之外有典籍、司樂、管勾、百戶辦事廳，各有外門一間，東向，正廳三間，左右?guī)扛魅g、后房三間。

大中門前又三門三間，碧水一曲，石橋三座。又前大門三間，均為圓洞。東西牌坊各三間，前為欞星門，左右立下馬碑。

但剛維修一新的闕里孔廟卻于孝宗弘治十二年（1499）夏六月甲辰，遭到一次毀滅性的火災(zāi)，是夜子時，雷雨交作，火自宣圣家廟東北角起，延燒大成殿、寢殿、兩廡等凡一百二十三間，“比遭回祿，煨燼糜遺”，這次火災(zāi)使闕里圣廟主要建筑幾乎全部被毀，大成門內(nèi)僅杏壇幸免。災(zāi)報到京，憲宗震駭，在唏噓“斯文在茲，胡天弗吊”的同時，急發(fā)帑銀十五萬二千六百兩有奇，重建正殿九間、寢殿七間、大成門家廟啟圣殿金絲堂詩禮堂各五間，移金絲堂于啟圣殿前，改奎文閣為七間，改大門及大中門為五間，增快睹、仰高二門。此次修葺，經(jīng)始于弘治十三年春二月，落成于十七年夏五月，帝親制碑文以紀(jì)成功。時人黃繡作《重修闕里廟圖》，李東陽序其耑：

廟之制：中為大成殿十楹，崇八丈，邃有奇，廣倍其半。為左右廡百余楹，后為寢殿八楹。前為杏壇，又前為奎文閣，楹視寢數(shù)，崇略與殿等。又前為門四重，中為橋三。殿之左為家廟，后為神廚，前為詩禮堂，為神庫，又前為燕申門。殿之右，為啟圣王殿，后為寢，前為金絲堂，又前為啟圣門。前左右為齋室，室之外為快睹仰高二門，與觀德毓粹二門而四。又左右為鐘鼓樓，與角樓而六。閣之前后，為碑亭各四，前四亭則本朝御制，而祝勅諸文皆附焉。惟壇及樓及中門仍舊，自余或創(chuàng)或益，并從新制。（《懷麓堂集·卷九六》）

此時的廟貌情況，也可見于時山東巡撫徐源在工竣后上奏朝廷的奏折之說：

臣等欽依事理，委官專修孔子廟，照依原議規(guī)制間數(shù)，逐一修建完備。改造奎文舊閣七間，三檐。再，廟傍原有毓粹、觀德二門以通出入，因逼進(jìn)廟基，街路短促，不稱趨謁。今于前門少北各建東、西門一座，三間，匾曰快睹、仰高。又，前門并二門原止三間，今改建大門、大中門各五間，與廟前宇后掩映相稱。橋梁階級煥然鼎新，杏壇碑額亦皆彩繪俱完。其大成殿九間、寢殿七間，俱兩檐。大成門、家廟、啟圣廟、啟圣殿、金絲、詩禮堂各五間，兩廡連廊共一百間，啟圣寢殿三間，神廚二十四間，庫房九間，碑亭二座。衍圣公齋宿房十二間，奎文閣大門、中門、左右門、下至街道坊牌，無不完整，規(guī)模壯麗，工藝精致，足稱瞻仰。（乾隆《曲阜縣志·卷二十九》）

觀此，其制已與今廟幾同。從宋天禧二年以來，闕里孔廟經(jīng)過至此的五次大規(guī)模擴(kuò)建，方形成今廟之規(guī)模。武宗正德六年（1511），賊犯闕里，“秣馬于庭，污書于池”，廟為時劉六、劉七寇亂所壞，有司出罰鍰并募輸助得銀三萬五千八百余兩，于七年七月興工修之，并“即廟為城，移縣附之”，開始建設(shè)曲阜新城，至世宗嘉靖元年（1522），與新遷縣城同竣工。嘉靖十七年（1538），巡撫胡纘宗于欞星門外增建金聲玉振坊。二十三年（1544），巡撫曾銑又添建太和元?dú)夥弧Ｄ伦诼c三年（1569），巡撫姜廷頤修葺孔廟，更新杏壇，增置石楹重檐。神宗萬歷二十年（1592），巡按御史何出光創(chuàng)建圣跡殿，立石刻圣跡圖百有二十幅。其后，萬歷二十二年、二十九年、三十六年，或以個人捐資或以香稅罰鍰，又曾三次小范圍修葺。明代末期、尤其是萬歷后期的荒怠朝政，物事無問，闕里孔廟又日漸傾危?！蛾I里文獻(xiàn)考》記曰：

闕里廟堂自弘治鼎建后歷代間有營葺，而工大力微僅支罅漏。遭萬歷荒祲，益就傾圮，四十四年，四氏學(xué)學(xué)生孔尚孝等言于巡按御史畢懋康。懋康遂疏于朝，且言：“向來估計僅需十萬五千兩有奇，后此日甚一日所費(fèi)將至巨萬。竊見胡良巨馬梵宇神宮無不莊嚴(yán)而金碧之，今議修孔廟，視佞佛而施檀越利涉而成輿梁者，其輕重緩急何如？昔漢高過魯以太牢祀孔子，識者謂劉氏四百年基業(yè)其精神命脈蓋在于此。然則皇上何惜此區(qū)區(qū)者？倘慨渙德音亟發(fā)帑金而一新之，則皇上之所以培千萬世精神命脈者在此舉矣?！笔枞雸舐?，而事竟不行。（《闕里文獻(xiàn)考·卷十二》）

入清后，清廷以“崇圣學(xué)”作為平定山東的要策。順治十二年（1655）、十三年、十四年，王秉乾、華承恩、施閏章等分別捐資重修奎文閣。康熙二年（1663），分守東兗道參議張弘俊倡募重修奎文閣、圣跡殿、宋元碑亭、大中門、角樓等建筑。十六年（1663），孔子第六十七代嫡孫、衍圣公孔毓圻以祭田盈余維修詩禮堂、金絲堂及大成門等十余座門坊。康熙二十三年（1684），清圣祖親謁闕里，行三跪九叩大禮，“御書萬世師表四字”，并諭“歷代帝王致祀闕里，或留金銀器皿。朕今親詣行禮，務(wù)極尊崇，異與前代。所有曲柄黃蓋，留之廟中，以示朕尊圣之意”。二十八年（1689）六月，衍圣公孔毓圻以孔廟漸就毀蔽，疏請修廟，以光大典。禮部議復(fù)工部，以事務(wù)繁多暫行停止。清圣祖玄燁則認(rèn)為闕里圣廟崇奉先師萬代瞻仰，理宜修葺，遂詔修闕里孔子廟，并立孔廟下馬碑。此次維修于康熙三十年夏四月興工，至三十二年秋八月告竣?！胺残薮蟪傻鹊钗迨拈g，大成門等門六十一間，兩廡八十八間，欞星門一，牌坊二，用帑銀八萬六千五百兩有奇?！庇星逡淮I里孔廟凡修建者十四次，而尤以清世宗雍正一朝為最。雍正二年（1764）六月初九日，廟災(zāi)。時疾風(fēng)驟雨，雷電交作，雷擊大成殿，火自殿脊螭吻間出，并延燒寢殿、大成門、御碑亭東西二亭、啟圣王殿、金絲堂等處，計燒毀前后殿廡凡一百三十三間。世宗引咎自責(zé)，素服齋居，減膳撤樂，不設(shè)鹵簿，親往國子監(jiān)孔廟致祭，并遣禮部侍郎王景曾慰祭闕里。旋遣署理工部侍郎馬臘、巡撫陳世倌相度修廟。于次年秋八月興工，至八年乃竣。雍正七年春二月，諭令要求圣廟修理工程，“務(wù)期巍煥崇閎，堅致壯麗，纖悉完備，燦然一新。……倘舊制之外有應(yīng)行添設(shè)者，有應(yīng)加修整者，俱著估計奏聞，添發(fā)帑銀葺理。丹雘總明，經(jīng)理周密，毫發(fā)無憾。工成之日，朕當(dāng)親往瞻謁以展遵禮先師至誠至敬之意。又諭闕里圣廟正殿正門用黃琉璃瓦，兩廡則用綠琉璃瓦，而以黃瓦鑲砌屋脊。供奉塑像選用內(nèi)務(wù)府匠人到東，用脫胎之法敬謹(jǐn)裝塑?！卑四辏謿J定孔廟大門曰圣時，二門曰弘道。十月遣皇五子詣曲阜祭告孔子，又遣多羅淳郡王弘暻祭告崇圣祠五王。此次修繕提高了孔廟規(guī)格，大成殿改用黃色琉璃瓦，大成門及兩廡、寢殿改以黃色琉璃瓦剪邊，并用金龍和璽彩畫，“是役也，凡用帑金十五萬七千六百兩有奇”。重建清圣祖玄燁御書碑亭，增添樂器庫，頒御書“大成殿”匾額，御書、御制對聯(lián)懸之廟堂，改欞星門石坊，宣圣廟為至圣廟，奎文閣前之參同門曰同文門，詩禮堂前之燕申門曰承圣門，頒內(nèi)府新制大成殿祭器，頒鎮(zhèn)圭及新曲柄寶蓋各一，戟二十有四，修繕后的闕里廟制略同明弘治時但輝煌則過之。至此，被毀的大成殿、大成門、金聲門、玉振門、東西兩廡、寢殿、啟圣殿、金絲堂等十九處建筑全部鼎新完備。清高宗乾隆十九年（1754），令衍圣公孔昭煥重修欞星門，易木為石。清仁宗嘉慶后期，又對闕里孔廟進(jìn)行了一次全面維修。嘉慶十三年（1808）監(jiān)察御史孔昭虔奏請維修顏廟，清仁宗由此而想到孔廟“自雍正年間估修以后，迄今歷有歲時，恐垣墉棟宇間有滲汜之處，亦速為繕治以肅觀瞻。……以副朕崇儒重道至意”。山東巡撫吉綸編造了用銀十五萬九千三百余兩的維修預(yù)算，此次修繕于二十一年（1816）八月開工，二十四年三月告竣。歷時三年，將闕里圣廟幾乎全部維修一新。厥后，清穆宗同治八年（1869）、清德宗光緒二十三年（1897）又有修葺。光緒三十二年（1906），孔子祀典升為大祀，清廷擬將闕里孔廟全部改為黃瓦。但彼時的清廷已是日薄西山、國力不在，遂囿于“物力維艱，良材難得，若從新工程改造，鞏固恐不如前，不如擇要修理，以示尊崇?！贝文旮鼡Q毓粹門、觀德門、德侔天地坊、道貫古今坊等建筑的木構(gòu)件并改換黃瓦。這次維修至宣統(tǒng)二年（1910）告竣，耗銀五萬四千兩。

民國期間，計修孔廟三次，將寢殿、同文門等易為黃瓦。1935年梁思成奉命勘察闕里孔廟，曾編制了七十九萬七千元的修葺計劃，但隨著日寇的侵華，未能付諸實(shí)施。

由漢魏訖民國，千百年來，孔廟總共經(jīng)歷大修15次，中修31次，小修數(shù)百次，最終形成今日庭院九進(jìn)、占地9.6公頃、建筑物104座、碑刻1172通的宏大規(guī)模。闕里孔廟大成殿，更與北京故宮太和殿、泰山岱廟天貺殿鼎足而三，是為東方三大殿之一，其尊崇之隆，海內(nèi)無企及者。綜上，闕里圣廟今之建制，由三個重要修建時期而底定：宋真宗天禧五年、明弘治十三年、清雍正三年。而闕里孔廟的建筑禮制，如門戟制度、大成殿之重檐廡殿頂（重檐九脊）、黃瓦歇山頂、金龍和璽彩畫、蟠龍石柱，且其斗拱大于故宮太和殿斗口九厘米，及孔廟建筑群之四隅角樓、正殿正門之黃琉璃瓦等，均為天子等級、乃至超越天子規(guī)格之體現(xiàn)。

孔子云“為國以禮”，《禮記·哀公問》說“為政先禮，禮為政本”，《荀子·大略》亦云“禮之于國家也，如權(quán)衡之于輕重也，如繩墨之于曲直也。故，人無禮不生，事無禮不成，國家無禮不寧”。“禮”，是中國文化所獨(dú)有的內(nèi)容和精義。中國古代的“禮”實(shí)則是一個包羅萬象的文化范疇，舉凡大到國家典章制度，小到民生日用，幾乎無所不具、無所不包。揆諸史籍，歷史上中國人的精神世界和社會生活莫不以“禮”為支撐，在國家社會的總體發(fā)展中體現(xiàn)出其倫理價值與核心作用，這個特點(diǎn)可謂是一以貫之、極其清晰。而歷史上“禮”的重要特點(diǎn)之一就是制度化，它以典章制度的形式把“禮”之本義及表現(xiàn)形式規(guī)定成明確條文。在中國古代禮儀制度中，有著關(guān)于宮室、車馬、服飾、器物諸方面的明確規(guī)定，這種規(guī)定體現(xiàn)在建筑上，則直接制約和決定著中國古代建筑的布局、規(guī)模和式樣等諸多方面?！蹲髠鳌でf十八年》云“因名數(shù)不同，禮亦異數(shù)”，古代建筑的開間最高等級是九間（清代發(fā)展至十一間），其次則依次為七間、五間、三間。而大成殿則面闊九間、進(jìn)深五間，其尊貴自不言而喻。又，《禮記·明堂位》云“天子五門”，三朝五門是傳統(tǒng)宮室禮制中天子之制，闕里孔廟則從前到后依次有圣時門、弘道門、大中門、同文門、大成門，并設(shè)九進(jìn)院落以彰其大者。此外，再如建筑物斗拱的踩數(shù)、臺基的高度和級數(shù)、屋脊配飾的尊數(shù)也都是區(qū)分等級高低的原則標(biāo)準(zhǔn)。清雍正時期頒布的《工程做法則例》（亦稱“工部律”）又以斗拱的斗口寬度為標(biāo)準(zhǔn)，分為十一等。凡此等等，這種禮制建筑、或建筑禮制，正是中國古代國家制度、禮儀政教的象征和標(biāo)準(zhǔn)，更是中國文化的重要組成部分。而這其間，闕里孔廟可謂殊為代表。孔廟的建筑寓意正是彰顯孔子之道的博大高深和先師德侔天地至尊地位，同時，還是中國文化集中體現(xiàn)的載體，其特點(diǎn)就在于它與中國文化的高度統(tǒng)一。要之，闕里孔廟的建筑禮制，無不彰顯著天下文宗、斯文在茲的最高禮制等級之尊。

自東漢桓帝元嘉三年（153）為闕里孔廟設(shè)百石卒史以守衛(wèi)之，由是而降，闕里孔廟一再修繕擴(kuò)建，逐漸變成一座皇宮規(guī)格的巨型祠宇。同時，隨著東晉孝武帝太元九年（384）詔令“選公卿二千石子弟為生，增造廟屋一百五十五間”，于京城建設(shè)孔子廟，作為國家文教制度具體載體和象征的孔子廟庭亦走出闕里，直至最終遍布全國。同樣，和闕里孔廟一樣，地方文廟的建筑等級也都以盡可能高的禮制規(guī)格建造，一般也都是重檐歇山宮殿造型、紅墻黃瓦皇家色彩?？傊?，其等級是超過地方上官府衙署的，成為當(dāng)?shù)刈罡呒墑e的建筑。

作為奉祀先師孔子的闕里祖庭孔子廟，在長期的歷史發(fā)展過程中形成了后世的固定形制，這也成為全國其他地方文廟的成規(guī)。一般來說，根據(jù)闕里廟制，地方文廟也都分為前部、主體建筑和附屬建筑三部分：前部主要有萬仞宮墻、泮池、欞星門等；主體建筑部分則是大成門、大成殿、崇圣祠、東西兩廡等；附屬建筑則如奎文閣、鐘鼓樓、鄉(xiāng)賢祠等等。附屬建筑是根據(jù)建筑規(guī)模的等級和各地習(xí)俗不同而設(shè)，在各地也并不盡相同，但其前部和主體建筑則是全國地方文廟所共同和必備的。其主要建筑的形式和名稱均師法和遵照闕里廟制，并有著明確的規(guī)定和固定的意義：泮池，為一半圓形水池。古禮，天子之學(xué)曰辟雍，諸侯之學(xué)曰泮宮，辟雍環(huán)水，泮宮則半之，乃“半天子之學(xué)”意。泮池之上設(shè)橋，名曰泮橋。欞星門，亦作“靈星門”。古天子祭祀天地先祭靈星，宋理宗景定年間，始設(shè)欞星門于孔廟以尊崇孔子，寓尊孔如尊天之意。孟子贊頌“孔子之謂集大成”，是以后世孔子被尊為“大成至圣先師”，宋徽宗崇寧三年（1104）“詔名文宣王殿曰大成”，自此，大成殿名稱得以確定。此外，萬仞宮墻（地方文廟亦有曰照壁者）、崇圣祠、奎文閣等亦均有其固定和明確的意義及內(nèi)容，這也為全國各地文廟所共同之處。