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SnapGene使用教程 一、SnapGene中的幾個(gè)View介紹 View1:Map 1. 打開一個(gè)質(zhì)粒圖譜文件，在Topology option處選擇circular。得如下界面：
等一些信息。顯示片段名稱。 △給非編碼序列命名：如多克隆位點(diǎn)。先找到質(zhì)粒圖譜中的多克隆位點(diǎn)的第一個(gè)酶切位點(diǎn)和最后一個(gè)酶切位點(diǎn)。點(diǎn)擊左側(cè)sequence，找到兩個(gè)酶切位點(diǎn)之間的序列。
View2:Sequence 點(diǎn)擊Sequence，得到如下界面：
顯示編碼的氨基酸序列，有縮寫和全寫兩種。 View3：Enzymes 點(diǎn)擊Enzymes，得到如下界面：
View4：Features 點(diǎn)擊Features，得到如下界面：
顯示各個(gè)已命名片段的一些特點(diǎn)。 二、 對(duì)片段進(jìn)行注釋 1.給編碼序列命名： 點(diǎn)擊其中一個(gè)箭頭，按Feature→Add Translated Feature，彈出以下窗口：
Feature：給該片段命名。 Type：選擇該片段的類型，右側(cè)箭頭代表閱讀方向。 Color：選擇顏色。 2. 給非編碼序列命名：
3. 給質(zhì)粒圖譜增加引物序列： 按Edit→Find，輸入引物序列，找到質(zhì)粒序列對(duì)應(yīng)位置，點(diǎn)擊Primers→Add primer，彈出該界面：
按上下游引物選擇Top Strand還是Bottom Strand，在Primer處可給該引物命名，隨后即可顯示該引物在圖譜Map中的位置。 三、 創(chuàng)建新DNA文件 1. 打開SnapGene，點(diǎn)擊New DNA File，彈出以下窗口：
在Create the following sequence窗口下輸入DNA序列，并對(duì)該文件命名，點(diǎn)擊OK?；蚴屈c(diǎn)擊Import from Genebank，輸入NCBI中某序列的access number，點(diǎn)擊OK。 2．此時(shí)彈出如下窗口：
3.對(duì)該序列進(jìn)行注釋：點(diǎn)擊Features→Add Feature，對(duì)該序列進(jìn)行命名注釋。 △創(chuàng)建質(zhì)粒圖譜文件方法相同。 四、處理序列翻譯信息 1.創(chuàng)建一個(gè)DNA序列文件，點(diǎn)擊 2.顯示如下箭頭：
黃色箭頭代表的是上面一條鏈編碼序列，綠色箭頭代表的是下面一條鏈編碼序列。 3.點(diǎn)擊Sequence，點(diǎn)擊 4.添加內(nèi)含子：根據(jù)內(nèi)含子的位置，點(diǎn)擊Edit→Select Range，輸入內(nèi)含子堿基位置。點(diǎn)擊Features→Delete Feature Segment，得到如下圖：
紫色粗帶為外顯子，虛線為內(nèi)含子部分。 五、引物、PCR和突變繪制 1.PCR引物繪制：在多克隆位點(diǎn)處找到合適的兩個(gè)酶切位點(diǎn)。如BamHI和XbaI，在目的基因兩側(cè)截取15-30bp序列，點(diǎn)擊Primers→Add primers，選擇top strand或bottom strand，如圖：
給該引物命名，然后點(diǎn)擊Insertion，在該引物上添加之前選擇好的酶切位點(diǎn)序列，如圖選擇了BamHI，點(diǎn)解Insert：
然后在該序列5’端上添加數(shù)個(gè)堿基作為保護(hù)堿基。點(diǎn)擊完成。 △下游引物設(shè)計(jì)相同，不再贅述。 2.突變引物繪制：在目的基因上截取一小段包含要突變位點(diǎn)的序列，點(diǎn)擊Primers→Add primers，為該引物命名，在5’序列突變位點(diǎn)的三個(gè)堿基畫黑，如圖：
點(diǎn)擊Insertions，選擇突變成的氨基酸，點(diǎn)擊Insert。即可獲得該突變引物，點(diǎn)擊Reverse Complement，可獲得反向引物。 六、模擬標(biāo)準(zhǔn)限制性克隆 1.打開被插入片段的質(zhì)粒圖譜，選擇合適的兩個(gè)酶切位點(diǎn)，如HindIII和ApaI，如圖：
點(diǎn)擊Actions→Insert Fragment，點(diǎn)擊HindIII+鍵盤Shift鍵+ApaI，點(diǎn)擊Insert，在source of fragment處選擇插入的目的片段來(lái)源。點(diǎn)擊上述同樣的酶，給該重組質(zhì)粒命名，點(diǎn)擊clone。 七、 模擬融合克隆 1. 打開一個(gè)需要插入片段質(zhì)粒圖譜，點(diǎn)擊Actions→Insert One Fragments，彈出以下窗口：
2. 點(diǎn)擊sequence，找到想要發(fā)生替換的位點(diǎn)。 3. 點(diǎn)擊Fragment，在Source of Fragment處選擇替換片段的另外一個(gè)質(zhì)粒圖譜。此時(shí)彈出另外一個(gè)質(zhì)粒圖譜圖樣。 4. 點(diǎn)擊用于替換的片段，觀察該片段閱讀方向與被替換質(zhì)粒位點(diǎn)的方向是否一致，如不一致，點(diǎn)擊 5. 選擇后，點(diǎn)擊Product，點(diǎn)擊Choose Overlapping PCR Primers，此時(shí)即形成融合后的質(zhì)粒圖譜。 6.若想獲得引物的序列，點(diǎn)擊Primers→Export Selected Primers，選擇保存。 |
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