太平軍自桂林撤圍后，毫不費(fèi)力地占領(lǐng)了興安，然后分水陸兩路兵馬大張旗鼓殺奔全州，約在四月十五日抵達(dá)全州。此時(shí)，守城的全州知州曹燮培、參將楊映河帶領(lǐng)著500人鎮(zhèn)守城池，湖南寶慶的協(xié)都司武昌顯也率有兵丁400人奉調(diào)入桂，兩者共計(jì)約900人，兵力異?？仗?。為固守城防，曹燮培招募有民團(tuán)，并強(qiáng)征婦女上城熬粥，釋放出城里的囚犯來(lái)與太平軍對(duì)戰(zhàn)，總兵力有1000余人。

實(shí)際上，當(dāng)時(shí)太平軍并沒(méi)有要攻打全州的打算，打算和平過(guò)境，迅速擺脫追兵，陸路軍只繞城而過(guò)，水軍前鋒已經(jīng)到達(dá)了全州鎮(zhèn)的蓑衣渡。全州守軍也不敢出城挑釁。太平軍前隊(duì)已過(guò)多時(shí)，可是偏偏有一個(gè)守城的清軍不識(shí)時(shí)務(wù)，自恃有從桂林跟隨而來(lái)的援軍，因而挑起戰(zhàn)端。

其時(shí)，南王馮云山正坐在部屬抬著的一乘黃轎上路過(guò)全州城外，全州一炮兵看見(jiàn)后隊(duì)有一黃轎，知道是太平天國(guó)的巨頭，忍不住向黃轎放了一炮。這個(gè)炮兵確實(shí)是一個(gè)神炮手，僅一炮即命中了黃轎，轎內(nèi)的南王馮云山被清軍開(kāi)炮打成了重傷，這炮打得太過(guò)犀利了，這還了得，天王洪秀全也被這一炮極大地激怒了，致使太平軍全軍都悲憤不已，洪秀全、楊秀清決定命令回師攻城復(fù)仇，已過(guò)境的前隊(duì)紛紛開(kāi)回，定要血洗全州，于是楊秀清下令所有太平軍人馬回師攻打全州城。

太平軍在全州城先是從東、西、南三面對(duì)城池進(jìn)行圍攻，全州城的守軍雖不多，但城墻堅(jiān)固，西面城墻高有一丈五六，東面城墻也高達(dá)丈二三，城墻上每隔二、三十步遠(yuǎn)就有一個(gè)可住十人的小房，城門(mén)是用石頭筑成的，加上守軍準(zhǔn)備充足，又釋放有囚犯出來(lái)作戰(zhàn)，在城上又有強(qiáng)征的婦女幫煮粥熬桐油，桐油中和上松脂或大糞，以至太平軍多次使用呂公車(chē)、云梯攻城都被清軍擊退，守城的清軍將滾燙的桐油稀粥往下潑，或浸泡竹筒將滾熱的桐油射到攻城的太平軍身上，受傷的太平軍皮肉腐爛不堪，卻無(wú)藥可醫(yī)，因此死傷非常之多，太平軍圍攻了10日，仍沒(méi)有將全州城攻破，太平軍為此發(fā)誓，破城之后要蕩平全州城，不留任何一個(gè)戰(zhàn)俘。

其時(shí)，從桂林一直尾隨太平軍的清軍提督余萬(wàn)清、劉長(zhǎng)清則率領(lǐng)著萬(wàn)余清兵，因懼怕太平軍聲勢(shì)，駐扎在全州城西門(mén)外，為保住自身性命，一直在城西的魯板橋和城北的太平鋪兩地觀戰(zhàn)，始終不敢和太平軍接仗。曹燮培見(jiàn)孤城危在旦夕，先后三次用血書(shū)向余萬(wàn)清和劉長(zhǎng)清救援，但余萬(wàn)清和劉長(zhǎng)清一直都置之不理。因城里的清軍的守城人數(shù)有限，隨著太平軍不斷的加緊攻勢(shì)，已感到無(wú)力支撐了。這時(shí)，駐扎在全州江西會(huì)館的太平軍，利用門(mén)前的戲臺(tái)窗眼，架設(shè)炮位將炮彈打進(jìn)全州城里，守城清軍見(jiàn)有炮彈飛來(lái)，一直不敢抬頭，太平軍開(kāi)始趁清軍顧不上這里看守的時(shí)候，開(kāi)始組織人馬挖掘地道。

1852年4月16日地道得以掘成，太平軍即用棺材裝滿16擔(dān)火藥埋入城墻底下，隨著“轟隆”一聲巨響，城墻被炸開(kāi)二丈有余，太平軍乘著硝煙彌漫之際，發(fā)起了沖鋒，一舉攻入了全州城內(nèi)，入城后馬上開(kāi)始四處搜索敵人，大開(kāi)殺戒，當(dāng)場(chǎng)就擊斃了千總?cè)~永林，把總張之福、前州牧瑞麟。知州曹燮培在城還沒(méi)有破時(shí)就蜷縮在城東義倉(cāng)底之下，被太平軍搜出后當(dāng)場(chǎng)殺死，太平軍入到全州城后這一通斬殺，到第二天中午才收手，破城之后，1000多名守軍無(wú)一生還。

攻克全州城后，太平軍在城內(nèi)休整了三天，然后分水陸兩路大軍繼續(xù)向湖南永州進(jìn)發(fā)。

對(duì)于“太平軍血洗全州城”一說(shuō)，流傳甚為廣泛，在民間也有不同的說(shuō)法。

據(jù)清人的記載，太平軍曾經(jīng)在全州進(jìn)行屠城：“全州破，賊屠之，男女死者六千四百余人”，“積尸塞途，三日不盡”。

據(jù)考證，全州之戰(zhàn)前，清軍已經(jīng)開(kāi)城讓百姓從小南門(mén)逃出，城內(nèi)的老百姓也只剩下1000多人。先前出城的老百姓肯定都已平安地從太平軍嚴(yán)密設(shè)防的陣地穿行離開(kāi)，不可能會(huì)有6000人遭到屠殺。

清軍在戰(zhàn)后點(diǎn)齊共有1000多具尸體，其中有七八百具尸體是清軍士兵留下來(lái)的，可見(jiàn)當(dāng)時(shí)并沒(méi)有多少非戰(zhàn)斗人員被太平軍所殺，從守軍的人數(shù)就可以看出全州并無(wú)屠城事件。

據(jù)《全州縣志》載，當(dāng)時(shí)，城內(nèi)有兵丁約500人，湖南寶慶協(xié)都司武昌顯奉調(diào)入桂，所率兵丁有400人，兩者相加約900人。為固守城防，曹燮培急忙招募民團(tuán)，并強(qiáng)征婦女上城熬粥，釋放出監(jiān)獄中的囚犯一并出來(lái)助戰(zhàn)，總兵力達(dá)1000余人，與太平軍殺死的守城人數(shù)相當(dāng)。

“屠城”一說(shuō)是清軍丑化太平軍的說(shuō)法，或者是針對(duì)守城的清軍文武官員和助守城池之人而言。

所以當(dāng)?shù)氐睦先苏J(rèn)為，那些守城的清軍被殺，是罪有應(yīng)得的。事實(shí)上，為避免傷及老百姓，大戰(zhàn)前太平軍就放出了風(fēng)聲，凡是老百姓從小南門(mén)出逃的人，都不殺，所以，戰(zhàn)時(shí)城內(nèi)基本上沒(méi)有什么老百姓了，以致如今的當(dāng)?shù)乩习傩眨€有將全州小南門(mén)稱為“生門(mén)”的說(shuō)法。而太平軍入城之后，雖燒盡了豪強(qiáng)地主的住宅和當(dāng)鋪，但并沒(méi)有燒毀民房住宅，甚至連衙門(mén)也沒(méi)有燒。由此可以看出，太平軍“屠城”的真相并非清人所言有6400人之說(shuō)。