由于金稅工程稽核系統(tǒng)發(fā)票存根聯(lián)數(shù)據(jù)與認(rèn)證系統(tǒng)發(fā)票抵扣聯(lián)之間的比對，不能夠完全一一對應(yīng)，在稽核系統(tǒng)中長期滯留著得不到認(rèn)證系統(tǒng)抵扣聯(lián)數(shù)據(jù)比對的存根聯(lián)數(shù)據(jù)，這樣就形成了存根聯(lián)滯留發(fā)票。通俗些說，存根聯(lián)滯留發(fā)票就是指金稅工程系統(tǒng)中缺少抵扣聯(lián)的專用發(fā)票。存根聯(lián)滯留發(fā)票形成的原因是多方面的。

一是按照政策規(guī)定不允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條規(guī)定，納稅人取得的購進(jìn)貨物的進(jìn)項(xiàng)稅不允許抵扣，如最常見的有一是非增值稅納稅人企業(yè)，

因購買貨物而可能取得電腦版專用發(fā)票。小規(guī)模納稅人在購進(jìn)貨物時取得了專用發(fā)票。增值稅納稅人一般購進(jìn)固定資產(chǎn)不允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。這都是沒有通過認(rèn)證系統(tǒng)認(rèn)證，形成的滯留票。

二是發(fā)生退貨或銷售折讓銷貨方開具紅字專用發(fā)票。購貨方將抵扣聯(lián)、存根聯(lián)退還給銷貨方，

而銷貨方已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，同時開具了相同內(nèi)容的紅字專用發(fā)票。在這種情形下，銷貨方已報稅，抵扣聯(lián)已退回銷貨方，也形成滯留票。

三是部分一般納稅人企業(yè)為了達(dá)到賬外經(jīng)營偷稅的目的，根據(jù)其偷稅的需要來調(diào)控進(jìn)項(xiàng)稅抵扣聯(lián)，對部分購進(jìn)貨物取得的專用發(fā)票，不入賬、不認(rèn)證申報抵扣進(jìn)項(xiàng)稅。

前二種因素造成稽核系統(tǒng)發(fā)票存根聯(lián)數(shù)據(jù)滯留，對稅收沒有影響，第三種因素造成稽核系統(tǒng)發(fā)票存根聯(lián)滯留，正是有待我們發(fā)掘的重要偷稅線索。部分企業(yè)為了少繳稅，經(jīng)常采取銷售商品不記賬的方式隱匿銷售收入，而如果將進(jìn)項(xiàng)稅額全部抵扣，會出現(xiàn)零負(fù)低申報，就可能被各級稅源管理部門列為重點(diǎn)評估對象；還有，如果將購進(jìn)貨物全部入帳，而銷售不記賬，

帳面上存貨等科目余額將非常大，必然為稅務(wù)人員留下查賬的線索。

因此，企業(yè)采取“體外循環(huán)”，也就是帳外經(jīng)營，將銷售時不需開具增值稅專用發(fā)票的購銷業(yè)務(wù)，均不進(jìn)行核算或另設(shè)一套帳核算，主動放棄一部分進(jìn)項(xiàng)稅抵扣權(quán)達(dá)到偷稅的目的。

除以上三個方面的主要原因外，還有由于某些客觀因素造成抵扣聯(lián)超過90日認(rèn)證期限未認(rèn)證，納稅人在已取消一般納稅人資格或停止抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額期間取得專用發(fā)票等情況，

也會形成滯留票。

在金稅工程運(yùn)行之前，這類以抵扣聯(lián)不認(rèn)證、不抵扣進(jìn)項(xiàng)稅的賬外經(jīng)營偷稅案，因其偷稅動機(jī)的故意和作案手法的隱蔽，使得稅務(wù)機(jī)關(guān)在對其作案證據(jù)進(jìn)行收集時，不僅困難而且時間滯后、手段有限，完全處于被動的局面。隨著金稅工程各子系統(tǒng)對發(fā)票數(shù)據(jù)的全面采集，那些企圖通過調(diào)控發(fā)票抵扣聯(lián)的認(rèn)證與否，進(jìn)而達(dá)到賬外經(jīng)營偷稅目的的不法經(jīng)營者，在稽核系統(tǒng)所采集的發(fā)票存根聯(lián)數(shù)據(jù)庫中，都留下了作案的痕跡；如果我們能對稽核系統(tǒng)滯留的發(fā)票存根聯(lián)數(shù)據(jù)加以分析，并對一些現(xiàn)有的數(shù)據(jù)輔之必要的改進(jìn)，那么揭開這類賬外經(jīng)營偷稅的黑幕，其前景是可以預(yù)期的。

根據(jù)導(dǎo)致存根聯(lián)發(fā)票滯留的原因是否與賬外經(jīng)營有關(guān)，我們將存根聯(lián)滯留票分為正常滯留和非正常滯留兩類。政策規(guī)定不允許抵扣的抵扣聯(lián)對應(yīng)的滯留存根聯(lián)，以及紅字發(fā)票對應(yīng)的滯留存根聯(lián)，為正常滯留票。納稅人主動放棄抵扣聯(lián)認(rèn)證進(jìn)行賬外經(jīng)營形成的滯留存根聯(lián)，為非正常滯留票。在目前防偽稅控系統(tǒng)覆蓋所有增值稅一般納稅人，稽核、協(xié)查系統(tǒng)高效運(yùn)行的情況下，與通過“假票抵扣”、“真票虛開”多抵扣稅款的偷稅手段相比，主動放棄進(jìn)項(xiàng)發(fā)票抵扣權(quán)的新的偷稅方式，更具有隱蔽性，更容易造成稅款流失。

滯留票的正常原因：第一，大型零售企業(yè)的滯留票主要是物流與票據(jù)流不一致造成。在購銷交易中，購貨方進(jìn)行專用發(fā)票進(jìn)項(xiàng)稅認(rèn)證抵扣，就可以在認(rèn)證期限內(nèi)予以抵扣稅款，減輕其稅收負(fù)擔(dān)。但實(shí)際情況并不完全如此。對于大型零售企業(yè)來說，每批進(jìn)貨都可能因質(zhì)量問題存在退貨或享受銷售折讓的可能，而辦理退貨或者享受銷售折讓，既不方便又耽誤時間，企業(yè)往往用不收進(jìn)項(xiàng)稅發(fā)票或收取發(fā)票后不予認(rèn)證抵扣的方式，日后讓開票單位換票或作廢發(fā)票。企業(yè)經(jīng)營時間越長產(chǎn)生的滯留票就越多，這是產(chǎn)生滯留票的主要原因。

第二，增值稅專用發(fā)票的認(rèn)證抵扣需要滿足一定的條件。企業(yè)要進(jìn)行進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣，首先必須由納稅方在收到其銷貨方發(fā)票的開票日起180日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行認(rèn)證，否則不得抵扣。造成企業(yè)超過時間未進(jìn)行認(rèn)證的原因很多，或企業(yè)在購進(jìn)產(chǎn)品收到發(fā)票后又進(jìn)行了退貨等，都可能造成增值稅專用發(fā)票沒有抵扣。

滯留票的非正常原因：

企業(yè)存在隱瞞收入或偷逃稅款行為。如果家電巨頭玩起“空手道”招法，隱瞞銷售收入不報，同時不去認(rèn)定進(jìn)項(xiàng)稅額，這就可能存在偷逃稅款情況。如果零售企業(yè)銷貨不計銷售收入，也不去抵扣購進(jìn)貨物的進(jìn)項(xiàng)稅，那么就會造成在該環(huán)節(jié)增值稅的流失。當(dāng)然，商業(yè)零售巨頭做大了，可能會欺負(fù)供貨商，不認(rèn)證抵扣進(jìn)項(xiàng)發(fā)票是為了要挾供應(yīng)商退貨或者換票。當(dāng)然，也可能是為了利用抵扣時間差尋找稅收空間，因?yàn)檫M(jìn)貨速度和銷貨速度是否匹配直接影響著當(dāng)

期的增值稅負(fù)擔(dān)。