作者：翟天保Steven
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Elastix是什么？

       Elastix是一個廣泛使用的醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)庫，旨在幫助研究人員和臨床醫(yī)生處理和分析醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)。它基于強大的變形模型，支持多種配準(zhǔn)算法，包括剛性、非剛性和圖像特征配準(zhǔn)等，能夠應(yīng)對不同類型的醫(yī)學(xué)圖像，如CT、MRI和超聲等。

       Elastix的核心優(yōu)勢在于其靈活性和可擴展性，用戶可以通過配置文件自定義配準(zhǔn)過程，選擇適合的損失函數(shù)和優(yōu)化算法。此外，Elastix與ITK（Insight Segmentation and Registration Toolkit）緊密集成，提供了強大的工具鏈，方便用戶進(jìn)行更復(fù)雜的圖像處理任務(wù)。

       該庫支持多線程計算，能夠有效利用現(xiàn)代計算機的多核處理能力，加快配準(zhǔn)速度。其開源特性使得社區(qū)能夠不斷貢獻(xiàn)新算法和功能，使Elastix在醫(yī)學(xué)圖像處理領(lǐng)域保持領(lǐng)先地位。無論是在基礎(chǔ)研究還是臨床應(yīng)用中，Elastix都是醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)的理想選擇。

Elastix&ITK下載

       Elastix的版本與ITK的版本強相關(guān)，要想順利編譯最好閱讀下Elastix的日志，確保版本是匹配的。

       我在寫此博客時所用版本是Elastix5.2和ITK5.4.4，如果不追求最新版本，可從下方百度網(wǎng)盤下載。（建議不熟悉編譯操作的讀者先下載網(wǎng)盤版本，先跑起來再說）

       Elastix-github地址：

https://github.com/SuperElastix/elastix

       Elastix-百度網(wǎng)盤鏈接：
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1BnrsNxGPXhlQB1ic50envg 
提取碼：emz4 

       ITK下載地址：

Download ITK - ITK's documentation

       ITK-百度網(wǎng)盤鏈接：
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1jCtxOcWFhma3cUI2GpzA_g 
提取碼：jxaa 

 VS下載

       沒有VS是沒法編譯的，安裝2019。

       詳情參考：Visual Studio 2019 再分發(fā) | Microsoft Learn

ITK編譯

       下載完成后，先編譯ITK，再編譯Elastix，ITK具體編譯流程可參考下文。

Windows下用CMake編譯ITK及配置測試_itk配置-CSDN博客

       注意編譯的時候用MSVC2019，2017不太適配Elastix5.2。

Elastix編譯

       1）解壓。 Elastix包解壓不要使路徑太長，編譯時候會報錯，這是VS的機制。

       2）在路徑框輸入cmake-gui，打開CMake進(jìn)行編譯。在路徑下創(chuàng)建一個build文件夾。

       3）點擊下方configure，用2019編譯。64位輸入x64。

       4）CMAKE_INSTALL_PREFIX改一下，放在同級目錄下的bin文件夾里，這是后面編譯的庫所在位置。

       5）ITK_DIR提示not found，是因為沒配置ITK的路徑，這里輸入ITK編譯的build路徑。

       6）一直點擊configure，直到?jīng)]有紅色，點擊generate生成。出現(xiàn)如下字樣就ok了。

       7）去elastix的build中打開項目elastix.sln。

       8）要編譯release版本，就改為Release，點擊生成ALL_BUILD，等待完成，如果全部成功就可以了。

Elastix應(yīng)用

       Elastix本身可以以庫形式調(diào)用，也可以用exe形式調(diào)用，也可以把源碼融會貫通使用。演示我采用exe的方式，比較簡單方便。

       1）根目錄下dox中存放了測試用圖，我們將exampleinput和example.bat復(fù)制到build-bin-Release中，點擊example.bat，即可運行Elastix。

       2）很多人會提示缺少ITKXXXX.dll，這是因為ITK沒有配置環(huán)境變量，我們?yōu)榱朔奖憧梢灾苯影袸TKbin中所有的dll復(fù)制到elastix測試的bin目錄中。再次點擊example.bat即可。

       3）此時彈出一個黑窗運行程序執(zhí)行代碼，運行結(jié)束，exampleoutput中存放的就是配準(zhǔn)結(jié)果。

       4）result0是剛性配準(zhǔn)結(jié)果，result1是非剛性配準(zhǔn)結(jié)果。

       5）很多人看到這里可能懵懵的，打開example.bat看看里面的內(nèi)容就會清楚許多。這個腳本是通過調(diào)用elastix.exe實現(xiàn)配準(zhǔn)，輸入的fixed數(shù)據(jù)是固定圖像，moving數(shù)據(jù)是待配準(zhǔn)圖像，后面的txt存放的是elastix配準(zhǔn)相關(guān)的配置信息。后面transformix同理，完成了變換操作。