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【文獻(xiàn)解讀】人膀胱癌預(yù)后的EMT相關(guān)基因標(biāo)志,用生存分析發(fā)4.6分SCI~

 科研資料幫 2023-05-15 發(fā)布于廣東

大家好今天科研資料幫分享的文獻(xiàn)是An EMT‐related gene signature for the prognosis of human bladder cancer,2019年9月發(fā)表于J Cell Mol Med,涉及的分析點(diǎn)主要是模型建立、生存曲線、ROC曲線、DCA等。

背景

從非肌肉浸潤性膀胱癌(NMIBC)到肌肉浸潤性膀胱癌(MIBC)的過渡對膀胱癌(BLCA)患者是有害的。

在這里,我們旨在研究亞型轉(zhuǎn)變的潛在機(jī)制?;蚣儺惙治觯℅SVA)揭示了上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)信號(hào)通路在該轉(zhuǎn)變中具有最正相關(guān)的相關(guān)性。

然后,我們在BLCA中建立了EMT相關(guān)基因標(biāo)記的LASSO Cox回歸模型。高風(fēng)險(xiǎn)評分患者的總生存期(OS)和無病生存期(DFS)明顯低于低風(fēng)險(xiǎn)評分的患者。

EMT相關(guān)基因標(biāo)記在預(yù)后準(zhǔn)確性和亞型生存分析中也表現(xiàn)良好。單因素和多因素Cox回歸分析表明,EMT相關(guān)基因特征、病理性N分期和年齡是預(yù)測BLCA患者生存的獨(dú)立預(yù)后因素。

此外,預(yù)測列線圖模型能夠通過適當(dāng)?shù)胤謱语L(fēng)險(xiǎn)評分來有效預(yù)測BLCA患者的結(jié)局。

總之,我們開發(fā)了一種新型EMT相關(guān)基因標(biāo)記,具有腫瘤促進(jìn)作用,可作為陰性的獨(dú)立預(yù)后因素,并可能促進(jìn)BLCA的個(gè)性化咨詢和治療。

見圖一

EMT信號(hào)通路在從NMIBC到MIBC的亞型轉(zhuǎn)換中被顯著激活。

圖片

圖一

A、GSVA的GSE13507、GSE32548、GSE32894和GSE48075數(shù)據(jù)集。

B、所指示數(shù)據(jù)集中活化(a)和抑制(b)基因集的維恩圖。

C、GSE13507GSE32548GSE32894和E48075的"HALLMARK_TRANSITION"的GSEA圖。

D,GSE13507,GSE32548和GSE32894中NMIBC和MIBC患者的KM生存分析。

見圖二

KM生存分析,通過TCGA-BLCA訓(xùn)練集中的EMT相關(guān)基因標(biāo)記和時(shí)間依賴性ROC曲線進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評分評估

圖片

圖二

A,TCGA-BLCA數(shù)據(jù)集中高低風(fēng)險(xiǎn)樣本的KM存活分析。

B,生存狀態(tài)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級與生存時(shí)間(天)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級之間的關(guān)系。

C,TCGA-BLCA數(shù)據(jù)集OS的時(shí)間依賴性ROC曲線。AUC 評估為 1、3 和 5 年。

見圖三

KM生存分析,通過OS驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中的EMT相關(guān)基因

特征和時(shí)間依賴性ROC曲線進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評分評估。

圖片

圖三

A, GSE13507, B, GSE48075. 

a.高危和低風(fēng)險(xiǎn)樣本的KM存活分析。

b.生存狀態(tài)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級與生存時(shí)間(天)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級之間的關(guān)系。

c. 驗(yàn)證數(shù)據(jù)集總體生存的時(shí)間依賴性 ROC 曲線。AUC 評估為 1、3 和 5 年。

見圖四

KM生存分析,通過DFS驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中的EMT相關(guān)基因標(biāo)記和時(shí)間依賴性ROC曲線進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評分評估。

圖片

圖四

ATCGA-BLCA, B GSE13507, C GSE32894。

a.高危和低風(fēng)險(xiǎn)樣本的KM存活分析。

b.生存狀態(tài)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級與生存時(shí)間(天)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級之間的關(guān)系。

c. 驗(yàn)證數(shù)據(jù)集總體生存的時(shí)間依賴性 ROC 曲線。AUC 評估為 1、3 和 5 年。

見圖五

根據(jù)臨床特征分層的EMT相關(guān)基因標(biāo)記對所有BLCA患者進(jìn)行KM生存亞組分析。

圖片

圖五

A,年齡≤65歲

B,年齡>65歲

C,女性。

D,男。

E,早期階段(第一階段/第二階段)。

F,晚期(III/IV階段)。

G,非狀。

H,狀。我,N0。

J, N+.K,病理學(xué)T0-2。

L,病理學(xué)T3-4。

M,淋巴血管侵犯 ?.

 N,淋巴血管侵犯 +。

O,陽性淋巴結(jié)數(shù)由HE=0。

P, HE陽性淋巴結(jié)數(shù) > 0

見圖六

列線圖,用于預(yù)測 TCGA-BLCA 訓(xùn)練集中的 3 年或 5 年操作系統(tǒng)。

圖片

圖六

A,用于預(yù)測患者 3 年或 5 年 OS 時(shí)間的列線圖。

B,用于預(yù)測 3 年或 5 年總生存期的校準(zhǔn)曲線。

C、直流電弧曲線

結(jié)論

總之,基于EMT信號(hào)通路富集的結(jié)果,我們確定了與BLCA患者預(yù)后相關(guān)的新型EMT相關(guān)基因標(biāo)記。

EMT相關(guān)基因標(biāo)記具有腫瘤促進(jìn)作用,是BLCA的陰性獨(dú)立預(yù)后因素。此外,通過將EMT相關(guān)基因標(biāo)記與年齡和病理N分期相結(jié)合,我們構(gòu)建了一個(gè)預(yù)測模型,該模型可以通過適當(dāng)?shù)胤謱语L(fēng)險(xiǎn)評分來有效預(yù)測BLCA患者的預(yù)后。

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