大家好今天科研資料幫分享的文獻(xiàn)是An EMT‐related gene signature for the prognosis of human bladder cancer,2019年9月發(fā)表于J Cell Mol Med,涉及的分析點(diǎn)主要是模型建立、生存曲線、ROC曲線、DCA等。 背景 從非肌肉浸潤性膀胱癌(NMIBC)到肌肉浸潤性膀胱癌(MIBC)的過渡對膀胱癌(BLCA)患者是有害的。 在這里,我們旨在研究亞型轉(zhuǎn)變的潛在機(jī)制?;蚣儺惙治觯℅SVA)揭示了上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)信號(hào)通路在該轉(zhuǎn)變中具有最正相關(guān)的相關(guān)性。 然后,我們在BLCA中建立了EMT相關(guān)基因標(biāo)記的LASSO Cox回歸模型。高風(fēng)險(xiǎn)評分患者的總生存期(OS)和無病生存期(DFS)明顯低于低風(fēng)險(xiǎn)評分的患者。 EMT相關(guān)基因標(biāo)記在預(yù)后準(zhǔn)確性和亞型生存分析中也表現(xiàn)良好。單因素和多因素Cox回歸分析表明,EMT相關(guān)基因特征、病理性N分期和年齡是預(yù)測BLCA患者生存的獨(dú)立預(yù)后因素。 此外,預(yù)測列線圖模型能夠通過適當(dāng)?shù)胤謱语L(fēng)險(xiǎn)評分來有效預(yù)測BLCA患者的結(jié)局。 總之,我們開發(fā)了一種新型EMT相關(guān)基因標(biāo)記,具有腫瘤促進(jìn)作用,可作為陰性的獨(dú)立預(yù)后因素,并可能促進(jìn)BLCA的個(gè)性化咨詢和治療。 見圖一 EMT信號(hào)通路在從NMIBC到MIBC的亞型轉(zhuǎn)換中被顯著激活。 圖一 A、GSVA的GSE13507、GSE32548、GSE32894和GSE48075數(shù)據(jù)集。 B、所指示數(shù)據(jù)集中活化(a)和抑制(b)基因集的維恩圖。 C、GSE13507GSE32548GSE32894和E48075的"HALLMARK_TRANSITION"的GSEA圖。 D,GSE13507,GSE32548和GSE32894中NMIBC和MIBC患者的KM生存分析。 見圖二 KM生存分析,通過TCGA-BLCA訓(xùn)練集中的EMT相關(guān)基因標(biāo)記和時(shí)間依賴性ROC曲線進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評分評估 圖二 A,TCGA-BLCA數(shù)據(jù)集中高低風(fēng)險(xiǎn)樣本的KM存活分析。 B,生存狀態(tài)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級與生存時(shí)間(天)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級之間的關(guān)系。 C,TCGA-BLCA數(shù)據(jù)集OS的時(shí)間依賴性ROC曲線。AUC 評估為 1、3 和 5 年。 見圖三 KM生存分析,通過OS驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中的EMT相關(guān)基因 特征和時(shí)間依賴性ROC曲線進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評分評估。 圖三 A, GSE13507, B, GSE48075. a.高危和低風(fēng)險(xiǎn)樣本的KM存活分析。 b.生存狀態(tài)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級與生存時(shí)間(天)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級之間的關(guān)系。 c. 驗(yàn)證數(shù)據(jù)集總體生存的時(shí)間依賴性 ROC 曲線。AUC 評估為 1、3 和 5 年。 見圖四 KM生存分析,通過DFS驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中的EMT相關(guān)基因標(biāo)記和時(shí)間依賴性ROC曲線進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評分評估。 圖四 ATCGA-BLCA, B GSE13507, C GSE32894。 a.高危和低風(fēng)險(xiǎn)樣本的KM存活分析。 b.生存狀態(tài)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級與生存時(shí)間(天)/風(fēng)險(xiǎn)評分等級之間的關(guān)系。 c. 驗(yàn)證數(shù)據(jù)集總體生存的時(shí)間依賴性 ROC 曲線。AUC 評估為 1、3 和 5 年。 見圖五 根據(jù)臨床特征分層的EMT相關(guān)基因標(biāo)記對所有BLCA患者進(jìn)行KM生存亞組分析。 圖五 A,年齡≤65歲 B,年齡>65歲 C,女性。 D,男。 E,早期階段(第一階段/第二階段)。 F,晚期(III/IV階段)。 G,非狀。 H,狀。我,N0。 J, N+.K,病理學(xué)T0-2。 L,病理學(xué)T3-4。 M,淋巴血管侵犯 ?. N,淋巴血管侵犯 +。 O,陽性淋巴結(jié)數(shù)由HE=0。 P, HE陽性淋巴結(jié)數(shù) > 0 見圖六 列線圖,用于預(yù)測 TCGA-BLCA 訓(xùn)練集中的 3 年或 5 年操作系統(tǒng)。 圖六 A,用于預(yù)測患者 3 年或 5 年 OS 時(shí)間的列線圖。 B,用于預(yù)測 3 年或 5 年總生存期的校準(zhǔn)曲線。 C、直流電弧曲線 結(jié)論 總之,基于EMT信號(hào)通路富集的結(jié)果,我們確定了與BLCA患者預(yù)后相關(guān)的新型EMT相關(guān)基因標(biāo)記。 EMT相關(guān)基因標(biāo)記具有腫瘤促進(jìn)作用,是BLCA的陰性獨(dú)立預(yù)后因素。此外,通過將EMT相關(guān)基因標(biāo)記與年齡和病理N分期相結(jié)合,我們構(gòu)建了一個(gè)預(yù)測模型,該模型可以通過適當(dāng)?shù)胤謱语L(fēng)險(xiǎn)評分來有效預(yù)測BLCA患者的預(yù)后。 |
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