商本山名，故以縣名。

秦始皇二十六年(前221)統(tǒng)一天下，推行郡縣制，改商邑為商縣，司內(nèi)史，縣治設(shè)今古城村。西漢商縣屬弘農(nóng)郡，縣治今古城村。東漢商縣屬京兆尹。三國(guó)屬魏之京兆郡，縣治今古城村。西晉商縣屬司州洛郡。北魏初年，商縣屬荊州上洛郡;皇興四年(470)，商縣屬荊州東上洛郡;太和十一年(487)，屬洛州東上洛郡;永平四年(511)東上洛郡改名上庸郡，商縣仍隸之;西魏廢上庸郡，商縣隸洛州上洛郡;北周改洛州為商州(商州之名始此)?？h治仍在今古城村。隋開(kāi)皇四年(584)改商縣為商洛縣，大業(yè)三年商洛縣屬上洛郡。唐武德元年(618)上洛郡為商州，次年移商洛縣治于今商鎮(zhèn)(陜西丹鳳縣城以西7.5公里處)。商洛縣屬關(guān)內(nèi)道商州。天寶年間，曾改商州為上洛郡，尋復(fù)舊稱。至唐末，商洛縣屬山南東道商州。金皇統(tǒng)六年(1146)，南宋割商洛縣于金，屬京兆府路商州，縣治今商鎮(zhèn)。貞元二年(1154)，金廢商洛縣為商洛鎮(zhèn)，轄地并入商州上洛縣)。祟幀十六年(公元1643年)十月，闖王軍攻占了商州，第二年在西安建立大順朝，稱永昌元年，派魯大儒為商州牧，給山陽(yáng)也派了縣令(其它各縣不詳)。永昌二年正月，闖王政權(quán)結(jié)束。清雍正三年(公元1725年)升為直隸商州，直屬陜西省，領(lǐng)商南;雒南、山陽(yáng)、鎮(zhèn)安4縣。乾隆四十七年(公元1782年)，析咸寧、藍(lán)田、鎮(zhèn)安3縣之地置孝義廳，屬西安府。

民國(guó)二年(公元1913年)廢州改設(shè)商縣，轄今區(qū)、丹風(fēng)縣西南部，屬關(guān)中道。民國(guó)二十二年(公元1933年)，撤銷道制，以省直接領(lǐng)縣。民國(guó)二十四年(公元1935年)在商縣城設(shè)第四行政督察專員公署，轄商縣、雒南、商南、山陽(yáng)、鎮(zhèn)安、柞水6縣，一度還管過(guò)藍(lán)田縣。是年在龍駒寨成立設(shè)置局。1949年7月13日，商縣人民政府成立。1988年6月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，改商縣為商州市。2001年12月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤消商洛地區(qū)行政公署，設(shè)立商洛市人民政府。商州市更名為商州區(qū)。區(qū)人民政府駐南大街。