五運(yùn)六氣理論在《素問(wèn)》陰陽(yáng)五行、臟腑經(jīng)脈理論，以及“五苦欲補(bǔ)瀉”論述的基礎(chǔ)上，加上寒溫，結(jié)合六淫、六經(jīng)與五行加相火，五味加淡味，促成了內(nèi)治法理論的再一次重新融合。

運(yùn)氣諸篇與《素問(wèn)》原有內(nèi)容的不同在于，保留了淡味。運(yùn)氣篇提到的“五味陰陽(yáng)”實(shí)際是六味，辛散酸收、咸軟苦堅(jiān)、甘滋淡滲，兩兩對(duì)治，使用五行理論循環(huán)生克、勝?gòu)?fù)、合化等解釋六味之間的相互作用。五行理論刪除淡味解釋《本草》，一直無(wú)法妥善處理的問(wèn)題，與四時(shí)脈變?yōu)槲鍟r(shí)脈的問(wèn)題幾乎雷同，即本來(lái)是寒熱、溫涼兩兩相對(duì)的四時(shí)脈關(guān)系，變成五時(shí)脈的循環(huán)生克。六味變五味，也是兩兩相對(duì)的辛酸、咸苦、甘淡互制，變成五味五行的關(guān)系，從而出現(xiàn)雙重標(biāo)準(zhǔn)。

六五關(guān)系源于先秦即依托的數(shù)理“天六地五”，本為空間之道六合六虛，平面之道（古人認(rèn)為地是平面）四方與中央故為五，本質(zhì)是數(shù)學(xué)幾何的發(fā)端。持續(xù)到漢代有了五行家，便被重新解釋為“天有六氣，地有五行（五材）”。黃帝醫(yī)經(jīng)雖然標(biāo)榜言陰陽(yáng)五行，但卻直接繼承了扁鵲醫(yī)學(xué)體系的天六地五理論，如六腑五臟、六腑六輸、五臟五腧，六陽(yáng)脈五陰脈等等，基于天六地五的“經(jīng)數(shù)”常數(shù)，對(duì)陰陽(yáng)五行理一直隱含著潛在的不利，即五六不對(duì)稱造成的三焦孤府，以及六氣與五行如何相對(duì)應(yīng)的問(wèn)題，困擾一直伴隨著黃帝醫(yī)經(jīng)的整個(gè)理論過(guò)程。

董仲舒陰陽(yáng)五行合流的范式，土據(jù)中央、土不主時(shí)再到寄王四季，五行被統(tǒng)攝于陰陽(yáng)四時(shí)的框架內(nèi)。漢代五行雖然和五常倫理合為一體，但依然屬于“地有五行（五材）”的地道，已不能滿足黃帝醫(yī)經(jīng)日益增長(zhǎng)的理論需求。五行上升為天道的必然性是黃帝醫(yī)經(jīng)的強(qiáng)烈訴求，體現(xiàn)在五時(shí)理論的出現(xiàn)，替代了陰陽(yáng)家一直的天下綱紀(jì)“四時(shí)大順”，因而出現(xiàn)了與四時(shí)并列的“仲夏”。

《禮記》中“六氣扶成五性”，到了隋代《五行大義》中顛覆為“六氣因五行生”，五行理論已經(jīng)變成天道根本，而不再局限于地道。因而“象地”的五臟，也地位提高到“五臟為紀(jì)”。但這依然存在著五六關(guān)系不對(duì)稱的問(wèn)題，無(wú)法實(shí)現(xiàn)“一一對(duì)應(yīng)”，不能令運(yùn)氣學(xué)說(shuō)滿意。

運(yùn)氣學(xué)說(shuō)是對(duì)《素問(wèn)》原有以五行為核心“五臟為紀(jì)”腑體華竅液體系，以五味為核心的“五苦欲補(bǔ)瀉”理論的進(jìn)一步修正，將五變成六：五行加相火，五味加淡味。后五臟加包絡(luò)成為六，也是運(yùn)氣理論的必然。這種修正，實(shí)質(zhì)是陰陽(yáng)理論再次“翻盤”高于五行，除了體現(xiàn)出再次把陰陽(yáng)地位提高作為基點(diǎn)，即“天有陰陽(yáng)，地亦有陰陽(yáng)”作為綱領(lǐng)，將五行加相火變成與六氣相等，以便與三陰三陽(yáng)六經(jīng)陰陽(yáng)“一一對(duì)應(yīng)”。相火概念的出現(xiàn)，耦合了經(jīng)脈理論的變化，它不是孤立的事件。從三焦孤府到“心包絡(luò)”的出現(xiàn)實(shí)現(xiàn)表里關(guān)系，從而相應(yīng)了君火與相火的對(duì)舉。運(yùn)氣學(xué)說(shuō)解決六五關(guān)系，則三焦孤府的名號(hào)必然不能獨(dú)立，必然促成十一脈轉(zhuǎn)化為十二經(jīng)脈理論。

在陰陽(yáng)大論四時(shí)外感理論的推動(dòng)下，運(yùn)氣學(xué)說(shuō)擴(kuò)展為六淫配六經(jīng)外感理論，本著重于氣候溫度相關(guān)的“流行病”的概率而非一切病，內(nèi)傷飲食、起居無(wú)常、情志不節(jié)而生病，并不能全歸為天氣或“運(yùn)氣”，因此運(yùn)氣學(xué)說(shuō)并不能成為完整的醫(yī)學(xué)理論。運(yùn)氣大論中“不治王五味屬”也明確承認(rèn)這一點(diǎn)?！胺礋?，服熱而反寒，其故何也？治其王氣是以反也。”“諸寒之而熱者，取之陰；熱之而寒者，取之陽(yáng)；所謂求其屬也?！币虼恕安恢瓮酢敝傅氖遣粦?yīng)寒熱對(duì)治祛邪，而應(yīng)補(bǔ)虛?！叭≈?yáng)、取之陰”的用詞，更像是講經(jīng)脈針刺，并沒(méi)有明說(shuō)是“五臟陰陽(yáng)”，因?yàn)檫\(yùn)氣大論主體還是六經(jīng)。

《圣濟(jì)總錄》進(jìn)一步解釋了七篇運(yùn)氣大論語(yǔ)焉不詳?shù)膯?wèn)題：“治寒以熱，治熱以寒，工所共知也，治寒以熱而寒彌甚，治熱以寒而熱彌熾，殆未察五臟有陰陽(yáng)之性，各因其類而取之耳。經(jīng)不云乎，寒之而熱者取之陰，熱之而寒者取之陽(yáng)。假有病熱，施以寒劑，其熱甚者，當(dāng)益其腎，腎水既滋，熱將自除，人有病寒，施以熱劑，其寒甚者，當(dāng)益其心，心火既壯，寒將自已?！迸e例為滋腎陰清熱與“益心火”驅(qū)寒，補(bǔ)心火不是熱劑嗎？虛證的寒熱只對(duì)應(yīng)心腎兩臟嗎？將虛證“不治王”的陳述也弄到寒熱概念下，只講臟腑寒熱，反而不提五味。結(jié)果是虛實(shí)關(guān)系、兩個(gè)不同寒熱的概念混亂。

寒熱對(duì)治為漢代經(jīng)方祛邪法，而虛證不用寒熱對(duì)治法，用補(bǔ)法，比如熱厥的表寒不可以用溫法祛邪對(duì)治，虛而有寒也不可以辛溫苦溫，因?yàn)殪钚皶?huì)損失津液導(dǎo)致更虛，當(dāng)補(bǔ)虛而祛邪，并不是五臟陰陽(yáng)的關(guān)系?！爸纹渫鯕馐且苑匆病?，王氣即四時(shí)之氣寒熱溫涼，寒熱對(duì)治是錯(cuò)的，而應(yīng)用補(bǔ)虛法，不屬于六淫六經(jīng)。因?yàn)榱?jīng)正好是“王氣”，而“五味屬”在運(yùn)氣篇中實(shí)際是六味，也即是“五苦欲補(bǔ)瀉”食療法不論寒熱，只論急食某味而有補(bǔ)瀉，六味補(bǔ)瀉并不能嚴(yán)格對(duì)應(yīng)五臟虛證的寒熱?！拔蹇嘤a(bǔ)瀉”的食治法中，五臟各有補(bǔ)瀉，以辛散酸收、咸軟苦堅(jiān)、甘滋淡滲兩兩相對(duì)，不只是心腎兩臟，“不治王氣”更不是針對(duì)寒熱的治療。

漢代經(jīng)方寒熱祛邪，與和劑以味補(bǔ)虛的對(duì)立方法，早已被張仲景整合完畢，再來(lái)一次五臟陰陽(yáng)語(yǔ)焉不詳?shù)母膶?，既不屬于“治王氣”但卻還在運(yùn)氣六淫對(duì)六經(jīng)的體系中。寒之而熱與熱之而寒，不是虛證的定則，虛證誤用寒熱祛邪法只會(huì)加重癥狀，但未必一定會(huì)“寒之而熱”“熱之而寒”，可以其他癥狀加重，比如攻邪以后更虛，而非寒熱問(wèn)題。

劉完素《內(nèi)經(jīng)運(yùn)氣要旨論》（即《素問(wèn)要旨論》）云“所謂心包絡(luò)亦是一臟”，但卻是指“右腎命門”。張?jiān)亍夺t(yī)學(xué)啟源》中有五臟六腑十一經(jīng)的辨證體系，不論心包絡(luò)。張?jiān)刂酵鹾霉胖洞耸码y知》中“包絡(luò)”指“命門”，王好古依據(jù)《素問(wèn)》中“胞”的概念增加一臟為十三臟腑，是不知“胞”即“包絡(luò)”，即三焦決瀆。元末明初滑壽《十四經(jīng)發(fā)揮》：“心包一名手心主。以臟象校之，在心下橫膜之上，豎膜之下，其與橫膜相粘而黃脂裹者，心也；脂漫之外，有細(xì)筋膜如絲，與心肺相連者，心包也?！薄端貑?wèn)》新校正中，王冰注《素問(wèn)》《診要經(jīng)終論》《藏氣法時(shí)論》《厥論》《刺要論》《四時(shí)刺逆從論》，均作“心包”而無(wú)絡(luò)字。這是比較奇怪的，劉完素等人似都未見(jiàn)王冰注，“自說(shuō)自話”。

金元以后醫(yī)家對(duì)于“心包絡(luò)”到“心包”的理論擴(kuò)展，以及王冰注《素問(wèn)》中仍出現(xiàn)孤府概念，說(shuō)明宋以后的十二經(jīng)脈理論的出現(xiàn)不會(huì)早于運(yùn)氣學(xué)說(shuō)，否則哪還有“孤府”。十二經(jīng)脈理論的定型，除了運(yùn)氣學(xué)說(shuō)“天六地六”，更是因?yàn)樗我院髮?duì)《素問(wèn)》中三焦與“胞”“包絡(luò)”概念的誤解，對(duì)漢代《白虎通》三焦即包絡(luò)的關(guān)系誤解。也就是說(shuō)，十一經(jīng)脈的三焦摘掉孤府帽子變?yōu)槭?jīng)脈，是多種合力的結(jié)果。包括陰陽(yáng)理論不允許孤立無(wú)合，運(yùn)氣學(xué)說(shuō)的“相火”新概念，以及從唐代或宋代“輯復(fù)本”《難經(jīng)》對(duì)三焦、包絡(luò)概念誤為“俱有名無(wú)形”的延續(xù)，直到元末明初滑壽對(duì)“心包”的重新定義。

運(yùn)氣學(xué)說(shuō)與《太素》一樣，都提出了淡味的使用。淡味使用本是歷史的事實(shí)，只是被五行理論“為綱”以五統(tǒng)六，合并成了“甘味”。如果甘淡可以合并，則意味著“脾土”有二法，隱含著對(duì)五行加相火潛在的不利，即土、火均有二法，而其余三行則不然。五行理論已經(jīng)不是原來(lái)的五行，而是“六行”，或者說(shuō)“既是五又是六”，不同于唐以前的理論。

在運(yùn)氣七篇的《至真要大論》中有三個(gè)重要的亮點(diǎn)，首先是前面提到的“不治王氣，五味屬”不是寒熱祛邪的經(jīng)方范疇，而是食治法為基礎(chǔ)，二是提出了六味“兩兩對(duì)治”的使用原則，“辛甘發(fā)散為陽(yáng)，酸苦涌泄為陰，咸味涌泄為陰，淡味滲泄為陽(yáng)。六者或收或散，或緩或急，或燥或潤(rùn)，或軟或堅(jiān)，以所利而行之，調(diào)其氣使其平也?！钡谌?，這里的陰陽(yáng)并不是表里含義，因?yàn)榈兜臐B利是里??；也不是寒熱，因?yàn)樗峥嘞痰挠啃篂殛幉⒉欢际呛。膊欢际抢锊?，因此只能解釋為虛?shí)。如，辛甘發(fā)散是汗法祛邪的實(shí)證治療，淡滲也是針對(duì)里位的水飲實(shí)邪；而酸苦咸的涌泄，是可以用于虛而有邪、以虛為主的，這是本草的藥法。漢代經(jīng)方水火之劑，本寒溫而以苦辛為表里祛邪的主要方式。辛散祛表邪，苦燥或清熱祛里邪，通常搭配甘草，故曰“辛甘發(fā)散”、苦甘燥瀉，本質(zhì)還是祛邪瀉法。而酸咸涌泄主要用于以虛為主、虛而有邪的情況，苦味的涌泄，如一物瓜蒂湯、瓜蒂散等，苦寒升散的涌泄作用是偏實(shí)邪的。這三點(diǎn)保存了漢唐時(shí)期內(nèi)治法重要的信息。

漢代經(jīng)方的寒熱對(duì)治祛邪，與醫(yī)經(jīng)的調(diào)百藥劑和重六味使用的方法的描述。避開(kāi)寒溫偏性，而注重平性補(bǔ)益。而食品正好大多是平性補(bǔ)益的，因此這類以味治病的方法，多采用“湯液”“醪醴”。采取“急食”不同之“味”的食物，是南北朝《養(yǎng)生經(jīng)》強(qiáng)調(diào)的，即后來(lái)名為“五苦欲補(bǔ)瀉”，本屬于食療法。頻繁使用食物，醫(yī)經(jīng)的調(diào)百藥劑和或和劑湯法，都是基于食療法。

張仲景《傷寒論》即是對(duì)漢代經(jīng)方祛邪與醫(yī)經(jīng)補(bǔ)虛兩套方法的結(jié)合，把經(jīng)方水火之劑升華為表里之治，進(jìn)而以虛實(shí)對(duì)稱遞歸定義虛證補(bǔ)虛，即少陰本病，進(jìn)而遞歸為虛實(shí)同治。因此在少陰篇可以看到較多的食品入藥。

四時(shí)寒熱溫涼的“王氣”在漢以來(lái)的長(zhǎng)時(shí)期中，以風(fēng)寒暑濕為代表。如《素問(wèn)·生氣通天論》中“春傷于風(fēng)”“夏傷于暑”“秋傷于濕”“冬傷于寒”，發(fā)展為六淫“風(fēng)寒暑濕燥火”，歸為外感一類。其中“燥火”二者屬于外感還是內(nèi)生，還需斟酌。但問(wèn)題更在于與季節(jié)時(shí)令的結(jié)合對(duì)應(yīng)，是缺乏必然性的。另外還存在著“秋濕”與“秋燥”以及“長(zhǎng)夏濕”之間的抵牾。

運(yùn)氣學(xué)說(shuō)在六味應(yīng)用，寒熱與五味的內(nèi)治法不同用法的問(wèn)題上，延續(xù)了漢代古法，雖然被五臟陰陽(yáng)六經(jīng)所迷惑，在唐末或五代，無(wú)疑仍然是巨大的亮點(diǎn)。但同時(shí)也存在顯著的理論缺陷，即六淫六經(jīng)仍然是外感理論，局限于氣候的相關(guān)性，不成為完整醫(yī)學(xué)理論。運(yùn)氣學(xué)說(shuō)基于六淫、六經(jīng)與時(shí)間對(duì)應(yīng)的理論，尤其是干支60周期年月日時(shí)大小不同周期的同構(gòu)，沒(méi)有先驗(yàn)的合理性。大小不同周期相互之間也不具有可類比性，缺乏相應(yīng)的“公理”般的基礎(chǔ)，這種理論的問(wèn)題，不是臨床“有效”能夠輕易回避。尤其運(yùn)氣術(shù)有效的核心基礎(chǔ)，是診斷與藥法的鏈接仍基于四時(shí)寒溫及疾病的概率，不在于用何種計(jì)算方式，反而因?yàn)橛?jì)算而忽略四診，是大概率出現(xiàn)誤診誤治的。

正是因?yàn)槿绱?，宋徽宗極其崇拜的運(yùn)氣學(xué)術(shù)，在大力推廣計(jì)算表格照方抓藥的臨床實(shí)踐中，遭到完敗而被金元四大家棄之不顧成為“遺跡”，整體上與張仲景無(wú)法相提并論。