腫瘤的發(fā)生往往伴隨著多種基因發(fā)生突變，一個典型的腫瘤細胞通常攜帶2-8種基因突變。不同類型的基因突變腫瘤患者往往對不同的藥物敏感性有所差異，因此在腫瘤治療過程中，對基因突變類型的檢測對于個體化精準醫(yī)療尤為重要。

在學習各種基因突變檢測之前，有必要對基因突變的命名規(guī)則進行系統(tǒng)的學習。目前，對于基因突變的命名規(guī)則主要依據(jù)HGVS（HumanGenome Variation Society）上的規(guī)定。遺傳信息的流動遵循中心法則，即從DNA傳遞給轉錄后的RNA，后者進一步修飾后再翻譯成蛋白質（圖一）。因此，基因突變包括DNA、RNA和蛋白質水平，此外還有線粒體DNA等。我們在描述基因突變時，要注意標明是哪個水平上發(fā)生了突變。

圖一 真核生物的基因結構示意圖

參考序列

在描述基因突變前，我們首先要了解基因的參考序列。這些參考序列可以是DNA、RNA或者蛋白質參考序列，也可以是cDNA、非編碼DNA或者線粒體參考序列。其中g表示的是基因組參考序列，c表示的是編碼DNA參考序列（即cDNA序列），m表示線粒體DNA參考序列，n表示非編碼DNA參考序列，r表示RNA參考序列，p表示蛋白參考序列。所有的參考序列均為已發(fā)表或者描述清楚的序列，如：NC_000023.10, LRG_199, NG_012232.1, NM_004006.2, LRG-199t1,NR_002196.1, NP_003997.1等。

對于參考序列的編號規(guī)則具體見表一。

表一 參考序列的編號規(guī)則

突變描述中常見的表示符號和縮寫

在描述基因突變的過程中，需要對不同類型突變的表示符號和縮寫進一步了解，以下對一些常見的突變表示符號和縮寫進行匯總。

“>”表示替換（substitution）

“del”表示缺失（deletion）

“dup”表示重復（duplication）

“ins”表示插入（insertion）

“inv”表示倒置（inversion）

“con”表示轉換（conversion）

“fs”表示移碼突變（frame shift）

“ext”表示延伸（extension）

“add”表示額外的染色體（an additionalchromosome (marker chromosome)）

“cen”表示染色體的著絲點（the centromereof a chromosome）

“chr”表示染色體（a chromosome）

“pter”表示染色體的第一個核苷酸（the first nucleotideof a chromosome）

“qter”表示染色體的最后一個核苷酸（the last nucleotideof a chromosome）

“gom”表示甲基化的獲得（a gain of methylation）

“l(fā)om”表示甲基化的丟失（a loss of methylation）

常見的突變類型

替換（substitution）：一條序列中某一個核苷被另外一個核苷替代，分為轉換（transition：嘌呤與嘌呤之間的替換，或者嘧啶與嘧啶之間的替換）和顛換(transversions：嘌呤與嘧啶之間的替換)，也叫作點突變。命名：“參考序列前綴.核苷位置原來的核苷>替換后的核苷”，如NC_000023.10:g.123A>G表示基因組序列NC_000023.10的第123位核苷由A突變成G。

缺失（deletion）：一條序列中某一個或者多個核苷缺失。命名：“參考序列前綴.核苷位置del”，如NG_012232.1:g.19del表示基因組序列NG_012232.1的第19位核苷缺失；NG_012232.1:g.19_21del表示基因組序列NG_012232.1的第19至21位核苷缺失。

重復（duplication）：一條序列中某一個或者多個核苷重復。命名：“參考序列前綴.核苷位置dup”,如NM_004006.2:c.20dup表示cDNA序列NM_004006.2的第20位核苷重復一次；NM_004006.2:c.20_23dup表示cDNA序列NM_004006.2的第20至23位核苷重復一次。

插入（insertion）：一條序列中某一個或者多個核苷插入。命名：“參考序列前綴.核苷位置ins”,如LRG_199t1:c.240_241insAGG表示cDNA序列LRG_199t1的第240和241位核苷之間插入三個核苷AGG；NC_000023.10:g.32867907_32867908insL37425.1:23_361表示基因組序列NC_000023.10的第32867907和32867908位核苷之間插入序列L37425.1的23-361位核苷；LRG_199t1:c.419_420ins[T;450_470;AGGG]表示序列LRG_199t1的第419和420位核苷之間插入核苷T和450-470的序列以及AGGG；NM_004006.2:c.849_850ins850_900inv表示cDNA序列NM_004006.2的第849和850位核苷之間插入850-900的倒置序列。

倒置（inversion）：替換后的序列是原始序列的反向互補序列。命名：“參考序列前綴.核苷位置inv”。如g.1077_1080inv表示基因組序列的第1077-1080位核苷序列發(fā)生反向互補，即由..AGGCTGATT.. 轉變?yōu)?.AGGTCAGTT..；g.122_123ins213_234invinsAins123_211inv表示基因組序列的第122-123位插入了123-213的反向互補序列（其中212位G突變成A）；g.122_123ins212_234inv123_199inv表示基因組序列的122-123位插入了123-234序列的反向互補序列（其中的200-211缺失）。

轉換（conversion）：原有序列的一段核苷被基因組其它位置的核苷替代。命名：“參考序列前綴.核苷位置con替換的序列”。如NC_000022.10:g.42522624_42522669con42536337_42536382表示基因組的第42522624_42522669位被該序列上的42536337_42536382替換；NC_000012.11:g.6128892_6128954conNC_000022.10:17179029_17179091表示基因組NC_000012.11的第6128892_6128954位被序列NC_000022.10的第17179029_17179091位替換。

缺失-插入（deletion-insertion）:序列原有的一個或多個核苷被新的一個或多個核苷取代，且不是替換（substitution）、倒置（inversion）和轉換（conversion）。命名：“參考序列前綴.核苷位置delins新的核苷”。如：c.142_144delinsTGG(p.Arg48Trp)表示cDNA上的142-144位缺失，并插入TGG。

等位基因（alleles）:一條序列上一個基因的多個突變位點。命名：一個基因在其中一個等位基因（染色體）上：“參考序列前綴.[突變1；突變2;...]”；一個基因在兩個等位基因（染色體）上：“參考序列前綴.[突變1]；[突變2]；...”。如果一個基因發(fā)現(xiàn)有兩種突變，但是不確定實在同一條染色體還是兩條不同的染色體上，則命名方式為“參考序列前綴.突變1（；）突變2（；）...”。如：LRG_199t1:c.[2376G>C;3103del]表示cDNA序列LRG_199t1上一個等位基因發(fā)生了兩種突變即2376位G替換成C、3103位缺失；LRG_199t1:c.[2376G>C];[2376G>C]表示cDNA序列LRG_199t1上兩個等位基因分別發(fā)生2376位G替換成C和2376G替換成C的突變；LRG_199t1:c.2376G>C(;)3103del表示cDNA序列LRG_199t1上發(fā)生兩種突變即2376位G替換成C、3103位缺失，但是不知道兩種突變是否在同一條染色體上；LRG_199t1:c.[2376G>C];[(2376G>C)]表示cDNA序列LRG_199t1上檢測到第2376位替換成C，但是可能是其中一條或者兩條染色體都出現(xiàn)該位點突變；LRG_199t1:c.[2376G>C];[2376=]表示cDNA序列上一條染色體的2376位G變成C，另一條染色體正常；LRG_199t1:c.[2376G>C];[?]表示cDNA序列上第2376位G變成C，但是另外一種預期的突變未檢測到；NM_004006.2:c.[296T>G;476T>C];[476T>C](;)1083A>C表示cDNA序列的兩條染色體上均出現(xiàn)476T>C的突變，其中一條染色體出現(xiàn)296T>G和1083A>C的突變，但是不知道是在哪一條染色體上。

重復序列（Repeat sequences）：原有序列出現(xiàn)了一個或多個核苷，且重復出現(xiàn)。命名：單一的重復序列：“參考序列前綴.核苷位置（重復序列的第一個核苷位置）重復的序列[重復的次數(shù)]”；混合的重復序列：“參考序列前綴.核苷位置（重復序列的第一個核苷位置）重復的序列1[重復的次數(shù)]重復的序列2[重復的次數(shù)]...”。如：NC_000014.8:g.101179660TG[14]表示在基因組序列的第10117966位開始出現(xiàn)14次的TG重復；NC_000014.8:g.101179660TG[14];[18]表示在基因組序列中一條染色體的第101179660位開始出現(xiàn)14次的TG重復，在另一條染色體的同一個位置出現(xiàn)18次的TG重復。特殊的FMR1repeat（實際上是CGG重復，但一般寫成GGC重復）和HDrepeat（實際上是CAG重復，但一般寫成GCA重復），例如FMR1 repeat中的NM_002024.5:c.-128(GGC)[(600_800)]表示cDNA序列-128位開始出現(xiàn)GGC重復，具體重復次數(shù)未知，大約是600-800次重復。

復雜突變（complex variant）：原始序列發(fā)生了一系列不同類型的突變，不能用一般的突變命名方法表示。包括鑲嵌現(xiàn)象（mosaicism）、嵌合現(xiàn)象（chimerism）和易位（translocation）。這些命名規(guī)則通常比較復雜，需要在進一步地學習。