一個基因有很多轉(zhuǎn)錄本，如何選擇合適的轉(zhuǎn)錄本?今天我們要給大家的內(nèi)容是我們該如何從基因的好幾個轉(zhuǎn)錄本中選出自己需要的那個呢？

想必大家也經(jīng)常遇到這個問題，我們在查找基因的mRNA序列時(shí)，常碰到這樣的情況：查詢到基因后，發(fā)現(xiàn)這個基因有不止一個轉(zhuǎn)錄本，各個轉(zhuǎn)錄本的序列都不完全一樣。在碰到這種情況，我們應(yīng)該怎么辦呢？要選取哪一個還是隨便選一個都可以呢？

首先我們先復(fù)習(xí)一下分子生物學(xué)知識：

一段基因的DNA序列，一般按從5’到3’的方向分別為：5’非編碼區(qū)（圖中黑色）、外顯子（Exon，圖中紅色）與內(nèi)含子（intron，圖中淺藍(lán)色）區(qū)、3’非編碼區(qū)（圖中黑色）等。而在從DNA轉(zhuǎn)錄到mRNA的過程中，其中的內(nèi)含子會被剪切掉、而外顯子區(qū)再次重新連接起來，最終形成的序列就是mRNA序列了。

但是要注意的是：剪切——重組合的方式并不是唯一的。有時(shí)所有的外顯子會按原來的次序依次連接，但有時(shí)也會跳過某幾段、余下的幾個連接，這樣最終得到的mRNA序列往往會有不同的版本。下圖中，由同一段DNA序列就得到了4個不同的mRNA序列。這種情況我們一般稱之為“不同剪切”，或者“不同轉(zhuǎn)錄本”，即transcript variant。每個轉(zhuǎn)錄本的序列可能不同，長度也不同。見下圖。

轉(zhuǎn)錄本的序列

一個基因的每個轉(zhuǎn)錄本都有唯一的編號。比如以人的insulin like growth factor 1（IGF1）基因?yàn)槔?，我們在NCBI中查找，會發(fā)現(xiàn)它有下面這么多的轉(zhuǎn)錄本。見下圖：

我們會發(fā)現(xiàn)有些編號是NM開頭，有些則是XM開頭。理論上每一個序列都可能存在。

但這里有個小竅門：一般研究得比較多的、資料比較成熟的轉(zhuǎn)錄本，往往是NM字頭，同時(shí)它所對應(yīng)的氨基酸序列是NP字頭（見上圖）。而另有些XM字頭的轉(zhuǎn)錄本，一般是僅在理論上存在、但實(shí)際上研究不多，而且其對應(yīng)的氨基酸序列也是XP字頭。如果你不確定到底選哪一個的話，選NM字頭的轉(zhuǎn)錄本一般不會錯。

如果你要繼續(xù)深入一步，“想設(shè)計(jì)一對引物能檢測到這個基因所有的轉(zhuǎn)錄本”，這時(shí)你就要把所有轉(zhuǎn)錄本的序列一個不落的都查到，放在一起做比對，找到所有序列的共有區(qū)域（同源性100%），在這個區(qū)域內(nèi)設(shè)計(jì)引物。這樣所有的轉(zhuǎn)錄本都能被這一對引物PCR檢測到。

或者你的目的是“想設(shè)計(jì)一對引物只檢測其中某一個轉(zhuǎn)錄本而不檢測到其他轉(zhuǎn)錄本”，這時(shí)你也要按上述方法，不同的是要選擇所有序列同源性最低的區(qū)域，針對你想要的那個轉(zhuǎn)錄本的序列設(shè)計(jì)引物，這樣能保證這對引物只能匹配到你想要的那個轉(zhuǎn)錄本，而不會匹配到其他任何一個轉(zhuǎn)錄本。