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手把手教你設計引物(圖文并茂)

 Sj0824 2016-07-29
 不知不覺幾年下來自己也快畢業(yè)了,感謝丁香園這些年來的幫助。沒有什么可回報的東西,就發(fā)個帖教教新人如何設計引物吧,盡量做到手把手的教,圖文并茂。
 
引物設計的帖子不少,以前很多戰(zhàn)友會推薦Oligo、PrimerPremier、DNA man等等軟件。這些軟件設計完最后還是要去BLAST比對下,所以我教大家一種易懂實用的在線設計方法,覺得好的話請投個票。
 
就以人的PTEN基因為例,首先你要找到他的基因序列,如果你要用的是cDNA,就找它的mRNA序列。如果你要做的是DNA,就找DNA的序列。
 
以cDNA為例,普遍的一種方法是上PUBMED中GENE欄搜索找到cDNA那欄,但PUBMED導出序列不太方便,我介紹個網(wǎng)站 http://asia./index.html
 
1. 輸入目的基因,進入


 
2.在左側(cè)欄選擇TRANSCRIPT,選擇后進入


 
3. 選擇PTEN-001中的TRANSCRIPT進入,點擊左側(cè)cDNA


 
4. 然后點擊CONFIGURE THIS PAGE進入設置你要顯示的內(nèi)容


 
5. 除了第一欄SHOWEXONS選擇YES外,其他的都選擇NO,然后取個名字保存SAVE CONFIGURATION AS


 
6. 然后在左側(cè)欄點擊DOWNLOADVIEW AS RTF可下載你要的cDNA序列,這個文件可以用WORD打開,不同的顏色代表一個外顯子間斷


 
下載后打開的WORD


 
7. 然后根據(jù)可以根據(jù)你感興趣的序列設計引物了,比如我在分別在第6和第7外顯子分別設計上下游引物。選取并復制第6和第7外顯子序列


 
8. 登陸 http://www.ncbi.nlm./tools/primer-blast/,粘貼這段序列,設置好RANGE和PCR產(chǎn)物的大小,然后在下面點擊GET PRIMERS,可以在線設計并比對引物


 
9.最后選擇一個比較特異性的引物,條帶大小要盡量單一,其他的基因序列盡量不要比對到

編輯: viviank
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