當古代思想家作出理解自然界的最初嘗試時，哲學(xué)與科學(xué)是一同發(fā)生、互相摻和在一起的。自然哲學(xué)既是當時的哲學(xué)，也是當時的科學(xué)。像現(xiàn)在這樣認為科學(xué)和哲學(xué)是各自獨立的學(xué)問、把兩者加以區(qū)別的流行看法，并不是太久的事。哲學(xué)這個詞源自希臘語中的“Philosophia”，意思是“追求”（Philem）和“智慧”（Sophia）。所以按詞源學(xué)的解釋，“哲學(xué)”這個詞是作為追求關(guān)于“世界的固有狀態(tài)”和“人類的生活方式”的智慧、知識的理論性和體系性的活動的整體。換言之，它把今日的諸種科學(xué)作為其部分，即作為學(xué)問整體的活動對象包含在自身。

但即使在古代，也不能說哲學(xué)等同于科學(xué)，只是兩者沒有分離罷了。在今天看來，那個時代的哲學(xué)方法與科學(xué)方法之間仍然存在著某些非常確定的界限。就個人而言，亞里士多德無疑是對具體科學(xué)發(fā)展作出過最重要貢獻的思想家，他涉獵了許多專門領(lǐng)域被稱為百科全書式的人物。但在閱讀他的論著時，總感到他首先是作為一個科學(xué)哲學(xué)家而不是一個科學(xué)家進行思考的。當然，人們絲毫不否認他在諸如動物分類學(xué)等方面所取得的實證科學(xué)成就。而對于歐幾里得的幾何、蓋倫的醫(yī)學(xué)、托勒密的天文學(xué)、阿基米德的力學(xué)，就很容易認出純粹數(shù)學(xué)或?qū)嵶C科學(xué)的特征，歷史也是把這些人劃在科學(xué)家圈子里的。

數(shù)學(xué)很早就成了專門的研究對象。實證科學(xué)在近代科學(xué)革命之后，成了人類知識活動的主角，并且最終脫離哲學(xué)而獨立出來，形成與哲學(xué)不同的學(xué)科門類。這以后，實證方法和形而上學(xué)的思辨，才逐漸被科學(xué)家和哲學(xué)家自覺地看成兩種在本質(zhì)上不同的方法。有了這種自覺性后，恰當處理這兩者之間的關(guān)系就成為科學(xué)方法論的重要課題。

19世紀進入了以牛頓力學(xué)為代表的近代科學(xué)向各個領(lǐng)域勝利進軍的時代。與此相適應(yīng)，針對當時流行的德國自然哲學(xué)，誕生了一種標榜與形而上學(xué)思辨方法徹底決裂的實證哲學(xué)。法國哲學(xué)家孔德是這一運動的先鋒。他主張用實證科學(xué)代替形而上學(xué)，首先明確地把科學(xué)方法規(guī)定為實證方法，把實證方法與形而上學(xué)的思辨方法對立起來?？椎抡J為，發(fā)現(xiàn)事物內(nèi)在本質(zhì)的企圖是徒勞無益的，應(yīng)代之以努力發(fā)現(xiàn)存在于現(xiàn)象之間的一致關(guān)系。他說，自然科學(xué)的顯著進步令人想到，科學(xué)方法是一切領(lǐng)域要遵循的方法。科學(xué)唯一的目的是發(fā)現(xiàn)自然規(guī)律或存在于事實中間的恒常關(guān)系，這只有依靠觀察和經(jīng)驗才能做到。用這種方法取得的知識是實證的知識，實踐證明，正是實證知識能夠成功地運用到人類實踐的各個領(lǐng)域。凡是沒有把握這種知識的地方，我們的重要任務(wù)之一就是模仿自然科學(xué)所采用的方法來取得這種知識。

作為自覺地排斥思辨的自然哲學(xué)，企圖把科學(xué)的實證方法與形而上學(xué)的思辨方法完全分離的嘗試，實證哲學(xué)有其深刻的背景。19世紀初，謝林、黑格爾的自然哲學(xué)曾經(jīng)風(fēng)行一時，而在實證科學(xué)已經(jīng)取得決定性進展之后，構(gòu)造新的自然哲學(xué)體系以囊括一切自然知識的做法顯然不合時宜了，它們只能成為強弩之末。歷史發(fā)展的趨勢表明，哲學(xué)最初是作為人類知識的總匯而出現(xiàn)的。到亞里士多德時已被區(qū)分為自然哲學(xué)（關(guān)于自然的知識）、倫理學(xué)（關(guān)于社會的知識）和邏輯學(xué)（關(guān)于思維的知識）。近代開始分門別類地研究各個自然領(lǐng)域，出現(xiàn)了各門實證科學(xué)，導(dǎo)致了自然哲學(xué)的貧困化。自然哲學(xué)所采取的研究自然的思辨方法已經(jīng)過時，不但不再能取得有意義的理論成果，而且還自覺不自覺地束縛實證科學(xué)的發(fā)展。自然科學(xué)家對自然哲學(xué)是反感的。德國博物學(xué)家洪堡直截了當?shù)匕旬敃r德國科學(xué)遠遠落后于英國和法國的原因，歸咎于謝林和黑格爾自然哲學(xué)的流行。著名德國化學(xué)家李比希年輕時曾熱烈擁護自然哲學(xué)，但在后來回顧這個階段時卻說：“我也經(jīng)歷過這個時期，它充滿空話和幻想，但就是缺乏真正的知識和切實可靠的研究；它浪費了我兩年寶貴的生命。當我從這個陶醉狀態(tài)清醒過來以后，我真無法形容我所感到的厭惡?！笨梢耘e一個當時討論得很熱烈的例子來說明自然哲學(xué)思辨方法的特點。在顏色理論問題上，黑格爾在《自然哲學(xué)》中用了很大篇幅，根據(jù)思辨的理由，竭力反對牛頓的物理光學(xué)。他認為，白光不是復(fù)合的，而是單純的，引起顏色的是光明與黑暗的結(jié)合，從這種結(jié)合關(guān)系中產(chǎn)生了黃、藍、紅三種基本顏色。他也反對牛頓用光學(xué)儀器分析光譜的實驗，指責(zé)這是把主觀因素從顏色視覺中排除出去的行徑，而顏色離不開主觀因素，顏色正是由眼睛變幻出來的，是為有感覺能力的生物而存在的。當然，黑格爾的顏色理論在牛頓物理光學(xué)面前，已經(jīng)是強弩之末，只能遭遇慘敗。

素樸形態(tài)的自然哲學(xué)的衰落是不可避免的，因為從總體上看，它是一個窒息科學(xué)的封閉體系。自然哲學(xué)對待它所容納不下的那些知識，乃是一種沒有伸縮余地的、獨斷獨行的體系。它沒有辦法加工科學(xué)研究所提供的經(jīng)驗材料，沒有辦法使經(jīng)驗順利地向概括運動。所以，自19世紀中葉以后，無論哲學(xué)還是自然科學(xué)知識的真正進展，都是在自然哲學(xué)之外取得的。

那么，與自然哲學(xué)體系曾經(jīng)緊密聯(lián)系在一起的形而上學(xué)思辨方法是否也應(yīng)該被拋棄呢？這是一個更為復(fù)雜的問題。讓我們換一個等價的提問方式：就近代以來科學(xué)的實際發(fā)展而言，科學(xué)方法與哲學(xué)方法之間，確切地說，實證方法與形而上學(xué)思辨方法之間，是否總是互相排斥的？經(jīng)過一番審視，可以概略地回答如下：每當科學(xué)的概念出現(xiàn)危機、科學(xué)面臨重大突破之際，哲學(xué)家和科學(xué)家常常是緊密合作的（這與另外一些哲學(xué)家竭力反對科學(xué)家的工作形成對照），科學(xué)的實證方法與哲學(xué)的思辨方法之間會出現(xiàn)難分難解的局面。同樣，在一門新近發(fā)展起來的科學(xué)的初始階段，如日心說誕生之時，量子力學(xué)確立之際，控制論問世之初，也顯示出這種情景。但在其他的情況下，在科學(xué)的常規(guī)發(fā)展階段，當一門科學(xué)的概念處于相對平穩(wěn)期間，科學(xué)家和哲學(xué)家之間的合作就減少像各干各的。這時，許多科學(xué)家安于在自己的實驗室或書齋里從事實證的研究。

盡管近代科學(xué)以獨立于自然哲學(xué)為標志，但它的產(chǎn)生卻是科學(xué)家和哲學(xué)家、實證方法和思辨方法共同作用的結(jié)果。正是從哥白尼、開普勒、伽利略開始覺醒，通過笛卡兒、萊布尼茨和牛頓這樣一些大科學(xué)家、大哲學(xué)家的多方面努力，近代科學(xué)和近代哲學(xué)才一起出現(xiàn)，互相促進，形成第一個成熟的、綜合的、科學(xué)的世界觀。那些科學(xué)和哲學(xué)的泰斗們大都相信，在人類知識的一般結(jié)構(gòu)中，盡管科學(xué)和哲學(xué)是不同性質(zhì)的學(xué)科，但它們具有不可分割的聯(lián)系。著名德國哲學(xué)家康德認為，給經(jīng)典物理學(xué)提供哲學(xué)基礎(chǔ)，同時把哲學(xué)放在經(jīng)典物理學(xué)成果的背景上，是他最有意義的任務(wù)。康德的思辨哲學(xué)，從原則上來說，作為科學(xué)的方法論基礎(chǔ)，其統(tǒng)治地位保持幾乎近一個世紀。

具有諷刺意味的是，導(dǎo)致一度流行的科學(xué)與哲學(xué)、實證方法與思辨方法分離的思潮，來源于一批科學(xué)家對物理學(xué)基礎(chǔ)進行哲學(xué)改革的努力。奧地利物理學(xué)家馬赫試圖完全剔除物理學(xué)中的形而上學(xué)，減削它的理論結(jié)構(gòu)，直到只剩下“實證科學(xué)”。為此，1886年，馬赫提出了“意義的經(jīng)驗主義標準”。這條標準拒絕承認那些沒有經(jīng)驗基礎(chǔ)的、其術(shù)語中包含不可觀察的客體或事件的命題。他要把所有這樣的術(shù)語和命題都逐出正統(tǒng)的科學(xué)殿堂。按照他的意見，“絕對空間”這個詞并不代表物理世界（經(jīng)驗世界）中可觀察的客體或事件，因此絕不能允許“絕對空間”作為正統(tǒng)科學(xué)的一個概念。顯然，馬赫是要從科學(xué)中消除對任何不可觀察客體的參照，從而使科學(xué)與形而上學(xué)完全分家。雖然，馬赫的工作澄清了許多物理概念，但卻是不可能貫徹到底的。它的邏輯結(jié)果之一必然使數(shù)學(xué)在科學(xué)中無容身之地。因為純粹數(shù)學(xué)概念并沒有可觀察的對照物，如果理論術(shù)語當且僅當它們具有可觀察的對照物才有意義，那就不得不把數(shù)學(xué)從科學(xué)中驅(qū)逐出去。不過，盡管有許多嚴重的問題，馬赫在科學(xué)的更深層次反對形而上學(xué)思辨方法的思想，曾經(jīng)影響科學(xué)哲學(xué)達半個世紀之久。

無論如何，科學(xué)與哲學(xué)的分化是近現(xiàn)代的主流。實證性的、具體的諸種科學(xué)一個接一個地從作為其母胎的“哲學(xué)”中獨立出來。這種分化雖然首先是從所謂關(guān)于自然現(xiàn)象的研究領(lǐng)域開始的，但因為實證方法滲入到人類主體活動和內(nèi)在精神活動的研究中，后來連社會和人類精神現(xiàn)象的研究領(lǐng)域也逐漸被“科學(xué)化”了。

在這樣的情況下，應(yīng)當怎樣看待科學(xué)與哲學(xué)的關(guān)系呢？當前大致有下述三種立場；

第一種立場是，在承認科學(xué)所作出的成果及其意義的同時，認為在哲學(xué)中還存在著科學(xué)無能為力的獨特的問題領(lǐng)域，因而仍然存在著與科學(xué)不同的、獨特的方法。具體地說，他們把追求“世界的固有狀態(tài)”劃歸科學(xué)，把關(guān)于“人類的生活方式”乃至“世界、人生的意義”這種智慧留給哲學(xué)去探討。這類觀點認為哲學(xué)是與主體和價值問題相關(guān)的，是用基于感性知覺這種通常的科學(xué)方法不能處理的問題，只有它們才是哲學(xué)的中心課題。許多人文主義思想家，例如存在主義哲學(xué)家們特別熱衷于這種思考方式。他們的思考主要基于個別性的和主體性的體驗、直觀和信念，傾向于所謂非理性主義和反科學(xué)主義。

第二種立場是，主張哲學(xué)本身也“科學(xué)化”，從過去的獨斷性形而上學(xué)中脫胎出來，成為“元科學(xué)”（metascience）或“思維科學(xué)”（邏輯學(xué)、認識論）。持這種立場的激進派是構(gòu)成當代分析哲學(xué)主流的邏輯實證主義學(xué)派，他們認為應(yīng)當把哲學(xué)還原為“科學(xué)邏輯學(xué)”。有一些馬克思主義哲學(xué)家也主張，哲學(xué)的中心課題和任務(wù)應(yīng)是確立和形成“思維科學(xué)”。但這種立場在排斥獨斷性形而上學(xué)的同時，也隱含著放棄歷來作為哲學(xué)重要課題的“世界觀、人生觀”領(lǐng)域，造成它們反而成為獨斷性、非理性主義的禁臠這樣的尷尬局面。

第三種立場是，一方面批判地考察諸科學(xué)所建立起來的前提和基礎(chǔ)，把握科學(xué)“系統(tǒng)發(fā)育”和“個體發(fā)育”的規(guī)律；另一方面，不單單限于探討諸種科學(xué)的邏輯性和認識論性的基礎(chǔ)本身，而且進一步超越這點，要對科學(xué)的存在論和價值論基礎(chǔ)進行考察。通過這種努力，使哲學(xué)恰當?shù)爻袚?dān)現(xiàn)代科學(xué)和文明所提出的各種哲學(xué)問題，成為名副其實的、本來意義上的“哲學(xué)”。

第二種立場曾經(jīng)作為一種哲學(xué)運動盛行了百余年，并且為正統(tǒng)的科學(xué)哲學(xué)打下了基礎(chǔ)。但從20世紀50年代以來，它受到了激烈的批評。就是在分析哲學(xué)營壘中，最近也超越了將哲學(xué)局限于邏輯學(xué)—認識論方面的立場，以“語言分析”作為方法，在存在論和價值論問題方面不斷地顯示出了積極的姿態(tài)。事實上，在科學(xué)哲學(xué)作為一個成熟的哲學(xué)分支為人們所關(guān)注的同時，第一種和第三種立場愈來愈被認同。