吉林河流列表列舉了《河湖大典·黑龍江、遼河卷》中收錄的（有條目的）全部或部分在吉林省境內的河流，并依照流域排列；支流則由河口至源頭排序。^[1]

吉林河流水系示意圖。

遼河水系

• 遼河

• 新開河：跨省區(qū)河流，下游最末段為內蒙古、吉林界河，其余位于內蒙古境內。

• 文牛格尺河

• 興開河

• 小遼河

• 卡倫河

• 烏龍半截河

• 半截河

• 大梨樹河

• 渭津河

• 燈桿河

• 二道河

• 條子河

• 招蘇臺河

• 東遼河：跨省區(qū)河流，上、中游各有一小段為吉林、遼寧界河，下游位于內蒙古、遼寧境內。

• 西遼河：跨省區(qū)河流，下游分屬遼寧、內蒙古、吉林，中、上游位于內蒙古境內。

鴨綠江水系

• 鴨綠江：跨國、跨省河流，、朝鮮界河。

• 富爾江：跨省河流，中游位于遼寧境內。

• 小新開河

• 葦沙河

• 蝲蛄河

• 哈泥河

• 大羅圈河

• 紅土崖河

• 渾江：跨省河流，下游位于遼寧境內。

• 三道溝河

• 五道溝河

• 八道溝河

• 十三道溝河

• 十九道溝河

圖們江水系

• 圖們江：跨國河流，、朝鮮界河。

• 大馬鹿河

• 布爾哈通河

• 汪清河

• 前河

• 春陽河

• 樺皮甸子河

• 長仁河

• 蜂蜜河

• 海蘭河

• 朝陽河

• 福興河

• 蘭家趟子河

• 琿春河

• 密江

• 嘎呀河

• 紅旗河

綏芬河水系

• 綏芬河

• 瑚布圖河

• 大綏芬河

黑龍江水系

• 黑龍江：跨國河流

• 牡丹江：跨省河流，下游位于黑龍江省境內。

• 拉林河：跨省河流，下游為吉林、黑龍江界河，上游位于黑龍江省境內。

• 嫩江：跨省區(qū)河流，源流位于內蒙古境內，上游為吉林、內蒙古界河，中、下游位于吉林境內，但有一小段為吉林、內蒙古界河。

• 飲馬河

• 沐石河

• 團山子河

• 鰲龍河

• 牤牛河

• 溫德河

• 蛟河

• 漂河

• 輝發(fā)河

• 山麻河

• 頭道松花江

• 露水河

• 頭道白河

• 古洞河

• 五道白河

• 海浪河

• 珠爾多河

• 沙河

• 黃泥河

• 小石河

• 霍倫河

• 桃源河

• 二道河

• 大荒溝

• 卡岔河

• 溪浪河：跨省河流，下游位于黑龍江省境內。

• 蛟流河：跨省區(qū)河流，上游位于內蒙古境內。

• 那金河：跨省區(qū)河流，上游位于內蒙古境內。

• 霍林河：跨省區(qū)河流，上游位于內蒙古境內。（下游為季節(jié)性河流）

• 洮兒河：跨省區(qū)河流，上游位于內蒙古境內。

• 新凱河

• 寶泉河

• 伊通河

• 霧開河

• 岔路河

• 雙陽河

• 大綏河

• 拉法河

• 金沙河

• 呼蘭河

• 富太河

• 擋石河

• 三統(tǒng)河

• 一統(tǒng)河

• 大沙河

• 蓮河

• 大橫道河

• 那爾轟河

• 珠子河

• 松江河

• 錦江

• 富爾河

• 松花江：跨省河流。