TRIzol法 試劑耗材準(zhǔn)備: RNase free的一次性帶蓋透明聚丙烯管(AXYGEN的EP管, RNase free的,拆包 即用) RNase free的槍頭(AXYGEN的RNase free的槍頭,有盒裝的和袋裝的,拆包即 用) RNase free玻璃瓶(玻璃瓶用錫箔紙包裹200°C烘烤2h,塑料瓶蓋浸泡10min的0.5 M NaOH溶液,然后用RNase free水徹底沖洗) RNase free金屬器材(200°C烘烤2h) 氯仿(國產(chǎn)分析純,比如國藥集團(tuán)產(chǎn)的) 異丙醇(國產(chǎn)分析純) RNase free水(DEPC treated水: 1) 溶解RNA及配置試劑用Invitrogen AM9916; 2) 沖洗用水自制,方法為: 把去離子水加入RNase-free玻璃瓶中,加入0.1% (v/v) DEPC用力搖勻, 37°C過夜,高溫高壓滅菌, 滅菌時(shí)瓶口需擰松, DEPC受 高溫會(huì)分解出大量CO2,注意安全! ) 75%乙醇(無水乙醇溶于RNase free水中) RNaseZap? RNase Decontamination Solution, Invitrogen AM9780
樣品準(zhǔn)備: 細(xì)胞樣品準(zhǔn)備: 1) 貼壁細(xì)胞:棄培養(yǎng)上清, 6 孔板 1 個(gè)孔(3.5mm)的細(xì)胞加 1ml TRIzol,室 溫裂解 10min,用槍吹打,轉(zhuǎn)移入 1.5ml RNase free EP 管。 2) 懸浮細(xì)胞:離心沉淀細(xì)胞棄培養(yǎng)基,每 5-10×106個(gè)細(xì)胞中加入 1ml TRIzol 吹打,室溫裂解 10min。 組織樣品準(zhǔn)備: 1) 50-100mg 新鮮組織,立即裝入 1.5ml EP 管,蓋緊蓋子,丟進(jìn)液氮急凍?;?br>者用 RNAlater (Invitrogen AM7020)處理。 2) 加 1ml TRIzol,冰上勻漿。 3) 室溫裂解 10min 注意:使用TRIzol試劑前避免洗滌組織和細(xì)胞,因?yàn)檫@增加了mRNA講解的可能性。全程戴手套、口罩,穿防護(hù)服!必要時(shí)戴防護(hù)眼鏡。 RNA抽提 1、 氯仿抽提: 每 1ml TRIzol 中加 200ul 氯仿,用手大力搖管 15s,室溫孵育 2-3min 4°C 離心 12000 g×15min P.S. 離心后,混合物分離為下層紅色的有機(jī)相、中間相以及上層無色水相,RNA 存在于水相。 2、 取水相: 轉(zhuǎn)移水相到新管 P.S. 轉(zhuǎn)移水相時(shí),槍尖隨著液面下移而下移,避免擾亂分層,慢慢吸取,避免吸到中間相和下層有機(jī)相,更不要貪心吸太多,吸大約 400ul 就好。 3、 異丙醇沉淀: 加入 600ul 異丙醇上下顛倒混勻,室溫孵育 10min 4°C 離心 12000 g×10min P.S. 往往離心前 RNA 不可見,離心后在管側(cè)面和底部形成白色沉淀 4、 乙醇清洗: 棄上清, 加入 1ml 75%乙醇洗滌一次, 4°C 離心 7500 g×5min P.S. 加入 75%乙醇時(shí)讓 RNA 沉淀輕輕漂起來,或者保持原位,因?yàn)橛袝r(shí)候RNA 太少,吹散了再離心下來時(shí) RNA 碎片不一定能聚集到一起形成肉眼可見的沉淀,導(dǎo)致后面的“盲操作”。 5、 晾干沉淀后溶解: 盡量吸除上清,室溫干燥 5-10min,以 DEPC treated 水溶解, -80°C 保存 P.S. 密切注意 RNA 沉淀的干燥程度,不要完全干燥,這將大大降低其溶解度。部分溶解的 RNA 其 A260/280 比值會(huì)偏低。最佳干燥度為 RNA 沉淀微微濕潤呈啫喱狀。 RNA質(zhì)量檢測 1、 分光光度計(jì)測定 RNA 在 260nm 處有最大吸收峰, 通過測定樣品的 OD260、 OD280,可以估計(jì)樣 品的含量和純度。 OD260 為 1 的溶液含有 40ug/ml。 純的 RNA 其 OD260/OD280 應(yīng)為 2.0,如果比值偏小,則有機(jī)溶劑或蛋白污染較 嚴(yán)重。如果比值偏大,則 RNA 可能已發(fā)生降解。 以吸光度值估計(jì) RNA 含量和純度并不十分可靠。需要結(jié)合其他方法綜合判斷。
2、 凝膠電泳法 配制 1.2%瓊脂糖凝膠。將樣品加上RNA loading buffer 后加入上樣孔電泳。電泳液用新鮮的 1×TAE 即可。 紫外下拍照可以看見 3 條帶,從上往下依次是 28s RNA、 18s RNA 和 5sRNA。其中 28s RNA 應(yīng)為 18s RNA的 2 倍且沒有涂抹狀條帶,這樣的 RNA 質(zhì)量是過關(guān)的。 吸光度測定法不能區(qū)分 DNA 和 RNA,而電泳法如果看到上樣孔內(nèi)亮亮的,那通常為污染的 DNA。如果 DNA 會(huì)干擾后續(xù)實(shí)驗(yàn),可以用 DNase 消化去除??梢酝ㄟ^與 marker 比較估計(jì) RNA 含量。
附RNA loading buffer 配方 好啦,今天的分享到這里就結(jié)束了!RNA抽提是一項(xiàng)非常重要且常用的實(shí)驗(yàn)技術(shù),充分了解,避免雷區(qū)還是很有必要的!
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