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解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2089天
隨著組學(xué)研究日趨成熟與完善，生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化顯得尤為重要！不會R語言的小白該如何繪制炫目多彩的生信相關(guān)圖片呢？今天半夏給大家分享一些免費、實用的生信數(shù)據(jù)可視化與模式圖、流程圖繪圖神器給大家！
1. 免費且不依賴電腦操作系統(tǒng)、無需安裝，一個瀏覽器即可實現(xiàn)高質(zhì)量的繪圖；微生信在線生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化
微生信目前能做文獻中常見的50多種生信相關(guān)矢量圖，其網(wǎng)址為：http://www./ 。微生信可以繪制多種圖形，界面左側(cè)顯示能作的圖形種類，右側(cè)是具體圖形：微生信能夠作的生信圖形種類實在太多，我給大家舉幾個例子拋磚引玉！輸入數(shù)據(jù)，首行為group名字，第二行為樣品名字，其余為數(shù)據(jù)（其中第一列是基因名），設(shè)置圖像大小、字體大?。?/span>設(shè)置聚類熱圖的其他參數(shù)，點擊提交即可得到漂亮的聚類熱圖：得到的熱圖如下，保存圖片時默認svg矢量圖，在生成的圖上點擊鼠標(biāo)右鍵，在彈出的窗口中選擇另存為（直接是svg格式文件，文件后綴不用改）：GO富集弦圖是富集分析結(jié)果的一種常見展示圖形，R GOplot包可繪制GO富集弦圖。打開GO富集弦圖繪圖模塊，輸入數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)包括3部分，第一列是基因，最后一列是logFC，即基因的變化倍數(shù)，用于排序及基因塊顏色（若沒有l(wèi)ogFC，程序會自動添加，基因色塊用灰色），其余列是GO term，其中1表示該基因在這個GO term中，0表示不在。火山圖（Volcano plot）是經(jīng)常出現(xiàn)在芯片、測序等組學(xué)結(jié)果中用來展示差異表達的基因或蛋白的一種圖片類型，常與熱圖、韋恩圖（Venn diagram）等同時出現(xiàn)?；鹕綀D包含2個重要概念：顯著性與差異表達倍數(shù)。顯著性一般設(shè)置P<0.05，差異表達一般我們按照Fold Change(倍數(shù)變化)≥1.2或2倍作為標(biāo)準(zhǔn)。如果覺得微生信繪制的火山圖不夠美觀可以使用Origin軟件繪制火山圖。進入Origin官網(wǎng)https://www./ ，點擊APP，下載Volcano plot APP，下載鏈接：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=296 。打開Origin2018軟件，將下載好的APP點擊軟件最右側(cè)的Add APPs即可自動安裝，安裝好后在APPs下可見Volcano plot APP，使用插件繪圖即可。韋恩圖（Venn diagram）是各類組學(xué)分析中的重要展示結(jié)果之一，可顯示各比較組之間共有和特有的基因或蛋白。最多可以繪制6個組的韋恩圖，輸入數(shù)據(jù)與組名，點擊顏色正方形可以設(shè)置顏色：點擊韋恩圖上的數(shù)字可顯示對應(yīng)的元素，如點擊交集數(shù)字17：聯(lián)川生物在線繪圖網(wǎng)址：http://www./overview 。分析包括主坐標(biāo)分析、主成分分析、OTU氣泡圖與非度量多維尺度分析：聯(lián)川生物云平臺對每種分析與繪圖功能有詳盡的使用方法解釋與說明：上傳數(shù)據(jù)，設(shè)置參數(shù)即可得到聚類熱圖：其他分析與繪圖功能大家可以自行根據(jù)說明去繪制！超過6組的韋恩圖該如何繪制？韋恩圖的繪制還有其他一些好用的在線工具可以分享給大家！Venny 2.1鏈接：https://bioinfogp.cnb./tools/venny/index.html 。Venny 2.1最多可以繪制4組的韋恩圖，點擊數(shù)字可以查看結(jié)果，右擊可查看并保存繪制圖片：4個List輸入數(shù)據(jù)后選擇風(fēng)格（Style）、調(diào)整線寬（Line）、設(shè)置字體大小（Font），點擊數(shù)字可得到對應(yīng)的結(jié)果，例如點擊交集17可以導(dǎo)出交集：（2）Draw venn diagram繪制韋恩圖Venny 2.1的限制是最多繪制4組的韋恩圖，4組以上的韋恩圖繪制就無能為力了，而Draw venn diagram可最多可以計算30個List的韋恩圖。Draw venn diagram鏈接：http://bioinformatics.psb./webtools/Venn/ 。點擊Submit即可得到韋恩圖及各組共有或獨有的蛋白,保存圖片導(dǎo)出結(jié)果即可：Origin軟件也可便捷的繪制韋恩圖，APP store處下載APP，下載鏈接為：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=425 。輸入數(shù)據(jù)后進行美化導(dǎo)出圖片即可。一圖勝千言，醫(yī)學(xué)研究中模式圖與信號通路圖在呈現(xiàn)數(shù)據(jù)和溝通信息中存在非常重要的作用，好的模式圖不僅有助于吸引讀者的注意力還能效地解釋相關(guān)數(shù)據(jù)。模式圖的繪制可謂是八仙過海各顯神通，有人使用PS，有人使用AI，還有人使用PPT。但時間就是金錢，效率就是生命，半夏曾經(jīng)給大家分享一款秒殺PS、AI與PPT的高效模式圖繪制神器——BioRender，一起來簡要回顧一下！BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在內(nèi)的30多個生命科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)千個模板：在線繪圖時使用郵箱注冊并登錄BioRender，Help Guide可以查看使用指南，My Gallery處可以選擇Start with a template（從模板開始），點擊See all template可查看所有模板：后續(xù)使用即對模板與預(yù)設(shè)圖形的使用與調(diào)整，完成繪制后導(dǎo)出圖片即可。Draw.io在線繪圖的優(yōu)勢是免費、無需安裝且適用于多種平臺，數(shù)據(jù)保存在云端，只需一個瀏覽器就能隨時隨地繪制精美的流程圖、思維導(dǎo)圖、圖表等。Draw.io網(wǎng)址：https://www./ 。除網(wǎng)頁版外Draw.io也開發(fā)了客戶端（Mac、Linux、Mac），客戶端下載地址：https://github.com/jgraph/drawio-desktop/releases 。打開Draw.io網(wǎng)址，右下角語言選擇簡體中文，界面如下：選擇創(chuàng)建新圖表，Draw.io 內(nèi)置了很多圖表模版，可以按需創(chuàng)建：打開一個商務(wù)模板，即可在現(xiàn)有模板上進行繪圖：例如選中圖形可以更改其填充顏色、輸入文本與調(diào)整圖形等：今天給大家分享使用在線繪圖工具就到此為止了，有了這些在線繪圖工具不會編程的小白也可以繪制出高質(zhì)量的生信圖片、模式圖與流程圖，希望對大家有所幫助！點下“在看”，多根頭發(fā)
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