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CNV解讀,你了解多少?

 OnceApple 2019-09-04

下圖是CNV數(shù)據(jù)分析的流程,供分析參考:(圖片來源于劉維強(qiáng)老師和盧建老師課件)

在分析解讀過程中,一般來說:

1. 缺失重復(fù)區(qū)域包含的基因及數(shù)目,基因越多越可能致病,包含的基因功能越重要,越可能致?。?br>

2. 缺失重復(fù)區(qū)域證據(jù)收集,相關(guān)數(shù)據(jù)庫(DGV,DECIPHER等)以及文獻(xiàn)查詢,正常人檢出率越低和/或患者檢出率越高,致病性可能性越高;

3. 缺失比重復(fù)更可能具有致病性;

4. 新發(fā)(de novo)變異比遺傳的變異更可能具有致病性。

依據(jù)ACMG指南,建議將CNV分成三大類5級(jí),分類的基本原則如下:

(1)致病性CNV:一段缺失或重復(fù)與一個(gè)已報(bào)道的微缺失/微重復(fù)綜合征致病區(qū)域在位置和大小上匹配,或缺失中包含因單倍劑量不足而致病的基因或基因的一部分,或重復(fù)中包含三倍劑量敏感基因的全部(有關(guān)單倍劑量不足和三倍劑量敏感基因可查詢ClinGen網(wǎng)站。另外涉及多個(gè)基因的大片段缺失(通常遠(yuǎn)大于1 Mb)或重復(fù)也為致病性,特別是新發(fā)變異。因不完全外顯、表現(xiàn)多樣等原因,相同致病類CNV并不一定導(dǎo)致相同的臨床表型。

(2)可能致病性CNV(90%致病可能):一段缺失或重復(fù)與一個(gè)已報(bào)道的致病性缺失或重復(fù)有部分重疊,或涉及可疑但并未在疾病致病機(jī)制中證實(shí)的基因,或涉及的基因雖有支持單倍劑量不足或三倍劑量敏感的證據(jù),但不足以得出肯定結(jié)論。

(3)臨床意義不明性CNV(VUS):此類變異不符合致病條件也不符合良性條件,文獻(xiàn)報(bào)道中的結(jié)論尚未一致,暫沒有足夠的證據(jù)做肯定的分類。

(4)可能良性CNV:含有基因的變異在正常人群中多次發(fā)生,但發(fā)生率未達(dá)1%。

(5)良性CNV:涉及的CNV在DGV數(shù)據(jù)庫或內(nèi)部數(shù)據(jù)庫中的發(fā)生率>1%;或該CNV已在多個(gè)同行審議的出版物或經(jīng)審校的數(shù)據(jù)庫(如ClinVar)中報(bào)告為良性;或正常人群中有發(fā)生,但不到1%的發(fā)生率,CNV不包含任何基因或重要的基因組成部分。


在看檢測(cè)報(bào)告的時(shí)候,因檢測(cè)結(jié)果大多是術(shù)語縮寫,不夠直觀明了,例如:arr[hg19]3q28(188465893-189665334)X1 ,以下列出的常見符號(hào)和術(shù)語縮寫,有助于看檢測(cè)結(jié)果:

add額外未知起源的染色體片段
方括號(hào)[ ]描述細(xì)胞數(shù)目或采用的基因組版本號(hào)
cen著絲粒
chr染色體
dic雙著絲粒體
del缺失
der衍生染色體
dn(de novo)新發(fā)染色體畸變
dup重復(fù)
h異染色質(zhì)
hmz純合的,純合性
htz雜合的,雜合度
inh遺傳性的
ins插入
inv倒位
mar標(biāo)記染色體
mat母方起源
— (減號(hào))丟失
mos嵌合體
p染色體短臂
pat父親起源
+(加號(hào))獲得
q染色體長臂
qs染色體長臂上的隨體
qter長臂末端
?(問號(hào))對(duì)某一染色或染色體結(jié)構(gòu)的疑問
r環(huán)狀染色體
rob羅賓遜易位
s隨體
t易位
ter末端(染色體末端)
upd單親二體

案例1

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