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賽哲衛(wèi)星會(huì) | 磨國(guó)鑫:M_ROSE聯(lián)合NGS在呼吸重癥感染診斷中的應(yīng)用與問(wèn)題

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-08-24

近日,第十三屆301呼吸疾病高峰論壇在中國(guó)人民解放軍總醫(yī)院內(nèi)科大樓國(guó)際會(huì)議中心隆重召開,注冊(cè)參會(huì)的醫(yī)護(hù)人員達(dá)2000人。廣州賽哲生物有幸參會(huì),為參會(huì)代表推廣mNGS技術(shù)在呼吸重癥中的應(yīng)用。本屆論壇創(chuàng)新地將呼吸疾病的討論按亞專科分為若干板塊,并由相關(guān)領(lǐng)域一線專家擔(dān)任版主,關(guān)注呼吸重癥與感染、腫瘤及介入、慢病康復(fù)及管理等,結(jié)合實(shí)操與臨床病例,討論熱點(diǎn)技術(shù)與重點(diǎn)話題。

其中,大會(huì)主席,解立新教授針對(duì)感染與診斷新技術(shù),特邀解放軍總醫(yī)院第一醫(yī)學(xué)中心呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科磨國(guó)鑫教授,通過(guò)結(jié)合賽哲生物的宏基因組檢測(cè)技術(shù)背景,帶來(lái)題為“M_ROSE聯(lián)合NGS在呼吸重癥感染診斷中的應(yīng)用與問(wèn)題”的重癥感染專題講座。

 

在講座中,磨教授首先表示現(xiàn)臨床面對(duì)感染壓力巨大,而因未能及時(shí)診斷而導(dǎo)致的延遲或不適當(dāng)?shù)闹委煏?huì)增加死亡率和醫(yī)療成本。目前的傳統(tǒng)檢測(cè)方法存在一定的局限性,快速準(zhǔn)確方便的診斷方法,能幫助患者早日脫離感染的風(fēng)險(xiǎn)。

磨教授介紹道,ROSE是種非常具有時(shí)效性的臨床檢測(cè)手段,通過(guò)對(duì)標(biāo)本進(jìn)行實(shí)時(shí)的細(xì)胞形態(tài)學(xué)分析,在床旁實(shí)現(xiàn)快速檢測(cè)。優(yōu)勢(shì)就兩個(gè)字:“快”“準(zhǔn)”。傳統(tǒng)檢測(cè)需要在手術(shù)室獲取呼吸道分泌物后外送至實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行一系列操作檢查與微生物鑒定,而ROSE則是在床旁獲得氣管鏡標(biāo)本后,迅速涂片,染色,并在顯微鏡下判讀結(jié)果,耗時(shí)只需3-5分鐘。M_ROSE能快速判斷送檢標(biāo)本是否合格,以及初步鎖定致病原和患者免疫狀態(tài)下對(duì)應(yīng)的感染。

 

磨教授接著介紹mNGS技術(shù)。宏基因組病原微生物檢測(cè)是國(guó)家衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心推薦使用的高通量測(cè)序臨床應(yīng)用之一,通過(guò)廣泛獲取標(biāo)本中病原體的全部基因序列,與已知病原數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),分析還原樣本中的病原體分布情況,比起傳統(tǒng)微生物檢測(cè)方法有更多的提升。接下來(lái),磨教授就mNGS技術(shù)的具體技術(shù)細(xì)節(jié),對(duì)“干”實(shí)驗(yàn)和“濕”實(shí)驗(yàn)分別進(jìn)行介紹。他表示,好的檢測(cè)公司,如賽哲生物,實(shí)驗(yàn)室會(huì)注意到每個(gè)實(shí)驗(yàn)的流程細(xì)節(jié),并進(jìn)行參數(shù)調(diào)整,研制出最適用于臨床的檢測(cè)產(chǎn)品,這就包括了針對(duì)臨床樣本的不同狀態(tài)預(yù)處理的方法,核酸提取方法對(duì)DNA、RNA檢測(cè)流程的影響,數(shù)據(jù)分析過(guò)程中數(shù)據(jù)量,數(shù)據(jù)庫(kù)的選取,mNGS檢測(cè)靈敏度等問(wèn)題。

會(huì)議主持人:張作清主任(左)與大會(huì)主席解立新主任(右)

接下來(lái),磨教授給大家介紹M_ROSE與mNGS聯(lián)合使用時(shí)的技術(shù)細(xì)節(jié)。他尤其關(guān)注送檢流程環(huán)節(jié)。他表示,臨床的ROSE取樣技術(shù)能直接影響到后續(xù)微生物檢測(cè)的結(jié)果,他以BALF取樣舉例,介紹了包括取樣定位、灌洗液量、回收次數(shù)與處理等技術(shù)注意事項(xiàng)。除了臨床標(biāo)準(zhǔn)化取樣流程以外,磨教授還已與賽哲生物合作進(jìn)行關(guān)于ROSE技術(shù)標(biāo)本保存運(yùn)輸測(cè)試,以保證標(biāo)本質(zhì)量。

相比于傳統(tǒng)檢測(cè)的“獨(dú)桿釣魚”來(lái)說(shuō),mNGS是一種“撒網(wǎng)捕魚”的方法。而在實(shí)際應(yīng)用中也會(huì)遇到一些問(wèn)題,如破壁、檢出閾值與數(shù)據(jù)量、解讀時(shí)的致病性判斷、感染狀態(tài)、胞內(nèi)菌/真菌的檢出率較低等,這些問(wèn)題都需要臨床與檢測(cè)公司充分溝通。不同于傳統(tǒng)報(bào)告的解讀,mNGS報(bào)告的解讀需要臨床理解整個(gè)檢測(cè)操作流程,理解測(cè)序端所發(fā)生的事件,然后再以報(bào)告與臨床癥狀進(jìn)行對(duì)接,最終找出導(dǎo)致感染的病原體真兇。找到獲得國(guó)家認(rèn)可的檢測(cè)公司,如賽哲生物,能為臨床提供專業(yè)的檢測(cè)意見。

磨教授緊接著分享了他使用ROSE與NGS結(jié)合的重癥肺炎的臨床案例。病例中,在通過(guò)ROSE,鏡下可見大量的鮑曼不動(dòng)桿菌被吞噬,微生物培養(yǎng)顯示為耐藥的鮑曼不動(dòng)桿菌感染,這些證據(jù)是否就可以確診為鮑曼不動(dòng)桿菌感染呢?事實(shí)上,mNGS報(bào)告結(jié)果可見除鮑曼不動(dòng)桿菌以外,還檢測(cè)出了軍團(tuán)菌。通過(guò)針對(duì)性的尿抗原檢查,患者獲得臨床上軍團(tuán)菌感染的確診。隨后,臨床覆蓋上奎羅酮類藥物,同時(shí)終止重拳猛擊的多種抗生素藥物,高效精確地縮短治療戰(zhàn)線。

 

最后,磨主任總結(jié)道:ROSE與mNGS聯(lián)用在呼吸重癥感染診斷中能實(shí)現(xiàn)“雙贏”:一方面,ROSE能把關(guān)取樣,縮小漫無(wú)邊際mNGS的檢測(cè)范疇;同時(shí),mNGS能為ROSE進(jìn)行補(bǔ)充,能更精確地呈現(xiàn)ROSE所不能看到的病原體。因此,兩者結(jié)合,能夠更精確,更快速,更高效地對(duì)患者病情進(jìn)行評(píng)價(jià)并指導(dǎo)進(jìn)行及時(shí)的治療。

賽哲生物
  
   宏微·RPD-seq?(Rapid Pathogens detection in infectious disease by mNGS)是賽哲生物推出的基于宏基因組測(cè)序技術(shù)進(jìn)行的感染性疾病病原微生物檢測(cè)輔助臨床診斷的方法,相對(duì)于傳統(tǒng)常用的檢測(cè)方法具有快而穩(wěn)、準(zhǔn)確和全面的優(yōu)勢(shì)。

   宏微·RPD-seq?通過(guò)采集受檢者血漿、腦脊液和肺泡灌洗液等樣本,提取樣本中的核酸并構(gòu)建宏基因組文庫(kù),采用illumina 測(cè)序儀進(jìn)行高通量測(cè)序,獲得的下機(jī)數(shù)據(jù)結(jié)合權(quán)威的微生物數(shù)據(jù)庫(kù),進(jìn)行專業(yè)的臨床生物信息分析,獲得導(dǎo)致疾病的病原體信息,給予受檢者準(zhǔn)確可靠的微生物檢測(cè)報(bào)告,從整體上判斷受檢者患病情況,并為臨床醫(yī)生提供診斷和治療建議。


用微世界推動(dòng)大健康

以微生物診斷產(chǎn)品為公共衛(wèi)生事業(yè)作出貢獻(xiàn)

賽哲生物︱成就創(chuàng)業(yè)與創(chuàng)新夢(mèng)想

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