問1：代謝組學(xué)能用于研究一個樣品的代謝嗎？我是指我的樣品是單一組分可以。

答：當(dāng)然，代謝組不就是研究代謝物的么，那就是目標(biāo)代謝物分析啊。

問2：代謝組和轉(zhuǎn)錄組如何做聯(lián)合分析?

答：主要是通過KEGG代謝通路與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)將兩個組學(xué)的數(shù)據(jù)聯(lián)合分析?？梢詤⒖枷嚓P(guān)文獻案例。

問3：哪里會有代謝物通路關(guān)系數(shù)據(jù)庫呢?

答：KEGG數(shù)據(jù)庫。

問4：代謝通路用的什么軟件??？

答：KEGG。 KEGG的通路就有代謝物啊，只是大家平時是看基因，忽略了。kegg 除了基因就是代謝物。

問5：土壤微生物的代謝可以做嗎？但是一般激素含量都比較低，非靶向性可能不太精準(zhǔn)，可又想大規(guī)模的去檢測，怎么辦??？

答：廣泛靶向代謝組，既可以高通量檢測代謝物，又可以準(zhǔn)確定量。

問6：那廣泛靶向性是指購買很多激素的標(biāo)準(zhǔn)品，去檢測么？那還是檢測的已知的，人為的去選取，不能大規(guī)模篩選嗎？

答：廣泛靶向代謝組學(xué)既有非靶向代謝組學(xué)的優(yōu)點也有靶向代謝組學(xué)的優(yōu)點。這種廣泛靶向的是不需要標(biāo)準(zhǔn)品的，這項技術(shù)是在前期已經(jīng)建立了公共數(shù)據(jù)庫以外的更多的代謝物，他的數(shù)據(jù)庫更加完善，可以檢測到更多。并且這個技術(shù)使用的是三重四級桿，這個是使用在靶向代謝組學(xué)上的技術(shù)，所以說它具有靶向代謝組的優(yōu)點。

問7：代謝組學(xué)可以檢測血清的激素變化么？

答：可以。

問8：代謝組也是3個重復(fù)嗎？

答：植物可以做6個重復(fù)，最少需要3個；動物與人一般10個重復(fù)，最少6個。如果是臨床樣品那么需要更多的重復(fù)數(shù)，至少30個，一般是50-60個。

問9：代謝組會不會也存在像轉(zhuǎn)錄組測序深度等等的不同？

答：不存在這個問題。代謝物在物種間高度保守。

問10：有些代謝物的提取直接用水提法可以嗎？還是一定要用甲醇、乙腈等？

答：代謝物的提取一般都不會用到水提法，一般用甲醇以及其他有機試劑。具體問題具體分析。

問11：人類腸道的微生物宏基因組與血液代謝組學(xué)的聯(lián)合好一些？還是和糞便的代謝組學(xué)聯(lián)合好一些？

答：如果是研究人類腸道的話，建議與糞便的代謝組學(xué)聯(lián)合；如果是血液代謝組的話有可能測的結(jié)果是人類的，而不是微生物的的。

問12：微藻代謝組學(xué)，重復(fù)間差異比較大可能是怎么回事？準(zhǔn)備了多瓶藻，同樣的培養(yǎng)條件。

答：做代謝組重復(fù)間差異比較大是正常的，因為代謝物對環(huán)境變化的感應(yīng)很強，不同樣品的重復(fù)差異是比較大的。所以代謝組需要準(zhǔn)備多一些的重復(fù)樣品。

問13：可以刪掉異常組嗎？

答：可以。這個異常還有可能是檢測的誤差。

問14：微生物的代謝分析可以與寄主的代謝分析聯(lián)合嗎？我關(guān)注的是共生菌；可以把每種共生菌的代謝通路都分析出來嗎？

答：如果是共生菌，前期提取的時候可以一起提取代謝物。提取之后再對代謝物進行檢測，檢測出來的代謝物是微生物與寄主共同的代謝物，然后通過比較分析、差異分析，并且前期的文獻查資料可以判定檢測出來的代謝物跟代謝通路是屬于哪種菌的。

問15：那能區(qū)分哪一個是寄主的代謝產(chǎn)物，哪個是哪種微生物的代謝產(chǎn)物嗎？

答：除非宿主和病原的代謝物嚴(yán)格不同，否則無法區(qū)分；相同代謝物在物種是相同的，除非，我們已知某個代謝物宿主沒有，而病原有。

問16：代謝組和轉(zhuǎn)錄組的樣品取樣時間可以不一致？

答：建議取樣時間一致。比如文章案例中，在做代謝組的時候，取6個時間點，發(fā)現(xiàn)其中3個時間點變化比較大，然后做這3個點的轉(zhuǎn)錄組分析。反之亦然。如果一開始做項目就計劃做代謝組與轉(zhuǎn)錄組，那么在制備樣品的時候可以多制備一份樣品。

問17：可不可以同時取樣，但是先做代謝組，然后過一段時間再做轉(zhuǎn)錄組可以么？

答：我們比較建議這種方法，同時取樣。一份做代謝組一份做轉(zhuǎn)錄組。

問18：代謝過程和基因表達肯定有關(guān)系，比如小麥花藥四分體時期和單核期、三核期應(yīng)該有很大差異。那么，我們用四分體時期的轉(zhuǎn)錄組對三核期的代謝組分析還可以嗎？

答：代謝組不是基因序列，和基因組沒有直接關(guān)系。應(yīng)該使用同個時期，不然發(fā)文時邏輯不好說。

問19：差異的顯著性用什么統(tǒng)計學(xué)方法檢驗的？T-test嗎？

答：理論上，所有的統(tǒng)計方法都是通用的。但代謝組常用多變量統(tǒng)計方法PLS-DA的方法做差異分析，同時結(jié)合單變量統(tǒng)計方法如T test、方差分析，和差異倍數(shù)。

問20：我用液質(zhì)聯(lián)用測細菌里面的cAMP，為什么測不出來呢？標(biāo)準(zhǔn)品是可以買到的cAMP干粉，樣品是超聲裂解過濾后的細菌上清。

答：應(yīng)該是提取的問題；標(biāo)準(zhǔn)是否可以測到。

問：是不是含量太少就測不到？

答：有可能。這意味著，你的提取方法不夠優(yōu)化。