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CRISPR-Cas9學(xué)習(xí)筆記

 微笑如酒 2019-02-17

1. 背景

看到基因編輯技術(shù)這個(gè)題目,就想到這幾個(gè)問題
是什么?有什么分類?各有何不同?有什么用?優(yōu)缺點(diǎn)?選擇的依據(jù)?
先看中文文章可以快速了解背景,而后根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)需求,鉆研好的英文protocol。

目前已有的基因編輯技術(shù) (針對(duì)這點(diǎn)應(yīng)該加以展開,不過這里我只對(duì)自己需要用的CRISPR-Cas9進(jìn)行了解)

(1)Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas)9 第三代人
工核酸內(nèi)切酶(前兩代就是ZFN和TAILEN)。
(2)鋅指核酸內(nèi)切酶(zinc finger endonuclease,ZFN):是第一代人工核酸內(nèi)切酶
鋅指是一類能夠結(jié)合DNA的蛋白質(zhì),人類細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄因子中大約有一半含有鋅指結(jié)構(gòu),ZFN 是將鋅指蛋白與核酸內(nèi)切酶 Fok I融合形成的核酸內(nèi)切酶,利用它可
以在各種復(fù)雜基因組的特定位置制造 DNA 的雙鏈
切口(這就是英文文獻(xiàn)中說到的DSB,當(dāng)時(shí)只當(dāng)是DNA雙鏈斷裂,卻不知其實(shí)叫做雙鏈切口)。
(3)類轉(zhuǎn)錄激活因子效應(yīng)物核酸酶(transcription activator-like effector nuclease,TALEN):第二代
人工核酸酶。
(4)人工核酸內(nèi)切酶(engineered endonuclease,
EEN)

以上(1-3)三種基因編輯技術(shù)均可用于各種復(fù)雜基因組的編輯。
But! 無論是 ZFN 還是 TALEN,這兩種人工核酸酶都是由 DNA 結(jié)合蛋白與核酸內(nèi)切酶Fok I融合而成,這就意味著,當(dāng)需要對(duì)新的DNA靶點(diǎn)進(jìn)行編輯的時(shí)候,就需要設(shè)計(jì)新的核酸內(nèi)切酶序列(結(jié)合之前英文文獻(xiàn)的說法,如有錯(cuò)誤,請(qǐng)指正)。

以下是三種基因編輯方式的比較

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2. CRISPR/Cas9是什么?

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR):是在細(xì)菌中發(fā)現(xiàn)的有規(guī)律成簇又帶間隔的短回文序列,可以幫助細(xì)菌抵抗噬菌體的入侵,是細(xì)菌針對(duì)噬菌體的獲得性免疫(厲害吧!細(xì)菌也不是吃素的)。
Cas:CRIPSR/Cas系統(tǒng)有Type I、II 、III三種類型。而Type II則有一個(gè)標(biāo)志性的Cas9 蛋白(分子質(zhì)量很大的多功能蛋白),主要參與 crRNA的成熟以及降解入侵的噬菌體 DNA 或是外源質(zhì)粒。CRISPR/Cas系統(tǒng)(識(shí)別+結(jié)合功能)和Cas9蛋白(剪切,降解)結(jié)合成復(fù)合體。

3. CRISPR/Cas9的作用機(jī)制

Cas9對(duì)DNA進(jìn)行剪切,DNA雙鏈斷裂后,主要通過易錯(cuò)性的非同源末端連接(Non -homologous end joining, NHEJ)以及高保真性的同源重組(homologous recombination HR)進(jìn)行修復(fù),最終會(huì)造成基因敲入(knock in)、敲除(knock out)、缺失(deletion)及基因修飾(gene modification)這幾種類型。

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同源重組(百度百科):是指發(fā)生在非[姐妹染色單體(sister chromatin) 之間或同一染色體上含有同源序列的DNA分子之間或分子之內(nèi)的重新組合??磮D好了


非同源末端連接:是一種修復(fù)雙股DNA斷裂的方法。之所以是非同源性,是因?yàn)閿嗔训膬啥问潜恢苯咏由?,而非使用了一個(gè)同源的模板。與之對(duì)比的同源性重組則需要一個(gè)同源序列來引導(dǎo)修復(fù)?!胺峭葱阅┒私雍稀边@個(gè)詞是由Moore和Haber于1996年首創(chuàng)。

這部分參考自http://blog.sciencenet.cn/blog-3160644-983657.html
首先,這是CRISPR/Cas9系統(tǒng)

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組裝系統(tǒng)
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工作
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應(yīng)用
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1.1.3 CRISPR/Cas9的優(yōu)缺點(diǎn)

優(yōu)點(diǎn):高效,方便,快捷。CRISPR/Cas9 的定點(diǎn)突變效率至少是 TALEN 的 2倍以上,并且誘發(fā)雙等位基因的效率更高
性缺點(diǎn):有相當(dāng)?shù)拿摪懈怕?/p>

4. CRISPR/Cas9的用途

CRISPR/Cas9被改造成第三代人工核酸內(nèi)切酶,用于復(fù)雜基因組的編輯,目前該技術(shù)應(yīng)用于人類細(xì)胞、斑馬魚、小鼠及細(xì)菌等五種的基因組精確修飾,例如各種基因工程小鼠。

5. 修飾類型

  1. 基因定點(diǎn) InDel 突變

  2. 基因定點(diǎn)敲入

  3. 兩位點(diǎn)同時(shí)突變和小片段的缺失


最后,歡迎大家留言指正或討論,先謝過啦~

參考文獻(xiàn):

  1. 方銳, 暢飛, 孫照霖, 等. CRISPR/Cas9 介導(dǎo)的基因組定點(diǎn)編輯技術(shù)[J]. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展, 2013, 40(8): 691-702.

  2. 程成, 舒鵬程, 彭小忠. CRISPR/Cas9 基因編輯系統(tǒng)研究進(jìn)展[J]. 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床, 2018, 38(4): 543-547.


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