基本信息

材料：小鼠睪丸提取物

主要技術(shù)：PRM, SRM

期刊：Epigenetics  Chromatin.

影響因子：5.351

文章摘要

組蛋白通過(guò)各種過(guò)程將DNA組織成染色質(zhì)。其中大量的組蛋白變體可以整合到染色質(zhì)中，并且可以調(diào)節(jié)其組織和功能。

傳統(tǒng)上，組蛋白變體的研究很大程度上依賴于基于抗體的分析。然而，抗體在區(qū)分高度相似的組蛋白變體方面效率有限。本研究通過(guò)靶向蛋白質(zhì)組學(xué)方法（SRM和PRM),對(duì)H2A和H2B變體使用對(duì)應(yīng)于25種不同組蛋白序列的55種肽段進(jìn)行鑒別定量。然后將該方法應(yīng)用于小鼠睪丸提取物，其中幾乎所有組蛋白變體都表達(dá)。該方法在精子發(fā)生的連續(xù)階段確定了幾種睪丸特異性組蛋白的豐度以及預(yù)測(cè)的H2A.L.1亞型的存在。該方法還用于探索雄性不育小鼠模型中H2A.L.1亞型的過(guò)表達(dá)模式。

這些結(jié)果表明靶向蛋白質(zhì)組學(xué)是量化高度相似的組蛋白變體和亞型的有效方法，對(duì)于各種疾病中失調(diào)的組蛋白變體研究有著重大意義。

方法流程

組蛋白變體的序列相似性

挑選定量H2A, H2B的特征肽段

特征肽段大多不含翻譯后修飾

評(píng)估特征肽段的線性

小鼠精子發(fā)生過(guò)程中H2A和H2B變體的定量

小鼠H2A.L.1亞型的定量

小鹿點(diǎn)評(píng)

基于質(zhì)譜的靶向蛋白質(zhì)組學(xué)相對(duì)比傳統(tǒng)基于抗體的定量方法有著很大的優(yōu)勢(shì)。首先該方法無(wú)需抗體，不受限于抗體的限制；其次該方法通量高，一次性可定量幾十上百種蛋白質(zhì)；再次該方法定量結(jié)果準(zhǔn)確，靈敏度高；最后是該方法可鑒定并定量翻譯后修飾、高度相似的蛋白質(zhì)亞型等。本文通過(guò)SRM和PRM技術(shù)，對(duì)序列高度相似的組蛋白變體進(jìn)行鑒別定量，很多肽段甚至只有一個(gè)氨基酸不同，即使這樣靶向蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)也可成功的對(duì)組蛋白變體進(jìn)行定量，并確認(rèn)了預(yù)測(cè)亞型的存在。

文獻(xiàn)來(lái)源

El Kennani S. et al., Systematic quantitative analysis of H2A and H2B variants by targeted proteomics.  2018, Epigenetics Chromatin.