三陰三陽在《黃帝內(nèi)經(jīng)》理論中主要有三種內(nèi)涵：

以風(fēng)、寒、暑、濕、燥、火六元為本，三陰三陽為標，中氣與之相承，說理六氣天運?！端貑枴ぬ煸o大論》云：“寒暑燥濕風(fēng)火，天之陰陽也，三陰三陽上奉之……厥陰之上，風(fēng)氣主之；少陰之上，熱氣主之；太陰之上，濕氣主之；少陽之上，相火主之；陽明之上，燥氣主之；太陽之上，寒氣主之。所謂本也，是謂六元。”

 以木火土金水陰精與天之三陰三陽相承，以說理地道?！端貑?/span>·六微旨大論》云：“相火之下，水氣承之；水位之下，土氣承之；土位之下，風(fēng)氣承之；風(fēng)位之下，金氣承之；金位之下，火氣承之；君火之下，陰精承之?！?/span>

《素問·五運行大論》云：“夫數(shù)之可數(shù)者，人中之陰陽也，然所合，數(shù)之可得者也。夫陰陽者，數(shù)之可十，推之可百，數(shù)之可千，推之可萬。天地陰陽者，不以數(shù)推，以象之謂也?！碧枴㈥柮?、少陽、太陰、厥陰、少陰，三陰三陽之氣存在于臟腑、經(jīng)脈、經(jīng)筋、皮部之中，各部也以三陰三陽命之。其離合出入，升降沉浮，數(shù)之可得，合于陰陽變化規(guī)律。《素問·陰陽離合論》云：“三經(jīng)者，不得相失也……積傳為一周，氣里行表而為相成也。”《素問·熱論》云：“傷寒一日，太陽受之，故頭項痛、腰脊強。二日陽明受之………三日少陽受之……四日太陰受之……五日少陰受之……六日厥陰受之……三陰三陽，五臟六腑皆受病，榮衛(wèi)不行，五臟不通。”人的三陰三陽包含了結(jié)構(gòu)、功能和物質(zhì)屬性。

《黃帝內(nèi)經(jīng)》用三陰三陽說明陰陽的程度，量化的多少，說明五臟六腑的屬性，用三陰三陽闡述六氣及其變化規(guī)律，說明人體氣血的多少，表述生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，說明脈象，表述六經(jīng)、十二經(jīng)脈、十二絡(luò)、十二經(jīng)筋，合月建、合四季闡明四季陰陽的程度，化十二支說明不同年份的屬性。七篇大論所論為天地之陰陽，以天地三陰三陽之氣與人體三陰三陽氣相合，探討天、地、人、氣令與疾病的關(guān)系。