舉個例子，我們對編號為“123456”一共6個樣本進行定量后，每個樣本分別上相同質(zhì)量的蛋白樣本進行跑膠，我們大致得到如下的膠圖，看看條帶的均一性，樣本定量是不是準確，如果滿足要求我們就可以進行下一步的定量蛋白組學實驗了。截了個沒有marker的圖，希望大家不要介意。

但是一不小心，如果圖跑成這樣

又或者跑成這樣

那就悲劇了，這個......肯定是沒法用了，那就得找問題了，繼續(xù)跑膠看看是蛋白質(zhì)降解，制膠問題，又或者是跑的過程中漏液等等。

我們知道蛋白質(zhì)組學的主要檢測工具是質(zhì)譜儀，但是我們知道蛋白是大分子，分子量一般比較大（從幾kD到幾百kD），因此我們需要將它們進行酶解成小分子。酶解的具體步驟各大神器網(wǎng)站和文獻中都能找到，小編就不多廢話了，直接給大家拋出幾個酶解中常見問題解答。

1.用 Trypsin 酶解蛋白質(zhì)時，碳酸氫氨的濃度應該是多少？

酶解時碳酸氫氨的濃度一般在 10 ～50 mM 之間。碳酸氫氨的作用主要是提供一個堿性的水解環(huán)境，因為 Typsin 的活力在 pH8 ～ 9 之間最高。最常用的碳酸氫氨濃度有 20 mM，40 mM 。

2.Trypsin 儲存液的作用是什么？

Trypsin 在 pH8 ～ 9 活力最高，所以為了防止酶的自水解， Trypsin 母液要處于一個酸性的環(huán)境里以便長期保存。 Trypsin 儲存液的 pH 大約是5.3 ，是用來稀釋母液用的。如果所需的酶量較大，可以直接用碳酸氫氨溶液來稀釋母液。如果酶解的樣品少，可以用儲存液來稀釋，這樣剩余的酶液可以在 -80℃保存到下次使用。

3. 什么情況下需要用 Ziptip 來處理樣品？

當樣品含有大量的鹽時，需要用 Ziptip 來除鹽；當樣品量很少，但體積比較大時（ 20 微升以上）時，需要用 Ziptip 來濃縮。如果樣品中有甘油， SDS ，或其他雜質(zhì)時， Ziptip 的使用要格外當心，在這種情況下， Ziptip 的填料容易被雜質(zhì)堵塞；另外 Ziptip 使用不當時，樣品會有損失。所以當樣品比較珍貴（的來不易）時，最好先用其他樣品做預實驗，摸好條件后，再開始正式實驗。