事實(shí)上，對(duì)于大多數(shù)生物背景的朋友或者日常工作為濕實(shí)驗(yàn)的朋友，最實(shí)用，最簡(jiǎn)單的繪制一張熱圖或者直觀地展示基因表達(dá)趨勢(shì)的方式是使用Excel直接繪制一張熱圖。
雖然現(xiàn)在已經(jīng)有很多網(wǎng)頁(yè)版的或者是本地版的工具，但是對(duì)于快速的察看一些基因的表達(dá)趨勢(shì)來(lái)說(shuō)，或許直接在Excel上繪制會(huì)更簡(jiǎn)單方便。
故寫(xiě)下這個(gè)博文，希望對(duì)有需要的朋友有一點(diǎn)幫助。 需要的軟件只有Excel 是必須的，版本應(yīng)該在2010或者以上
可選項(xiàng)還有Adobe Illustractor，可用于得到矢量圖 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)在生信數(shù)據(jù)中，最常見(jiàn)的繪制熱圖場(chǎng)景，就是多個(gè)基因在多個(gè)樣本中的表達(dá)量矩陣，具體如下圖，第一列是基因標(biāo)簽，第一行是樣本標(biāo)簽，其他格子中為基因的RPKM或者FPKM更或者其他指標(biāo)
使用到的數(shù)據(jù) 繪制熱圖隨后整理一個(gè)簡(jiǎn)單的熱圖 
一個(gè)比較粗糙的熱圖
優(yōu)化接下來(lái)，我們要優(yōu)化一下，這張圖直接使用了原始的表達(dá)量值，不能很好的展現(xiàn)基因在不同樣之間的表達(dá)變換，也可能掩蓋了表達(dá)量比較低或者表達(dá)量比較高的基因的表達(dá)變化。所以，一般在熱圖繪制中，會(huì)采用兩種兩種標(biāo)準(zhǔn)化方法，
1.對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換：轉(zhuǎn)換之后，可以更好的顯示出低表達(dá)基因的表達(dá)變換，也可以比較不同基因之間的表達(dá)量
2.基因在不同樣本中的表達(dá)量，進(jìn)行正態(tài)標(biāo)準(zhǔn)化，這種標(biāo)準(zhǔn)化操作后，突出地展現(xiàn)了基因在不同樣本中的表達(dá)變化（注意，此時(shí)不用基因之間的值沒(méi)有可比性，當(dāng)然這個(gè)常常并不被關(guān)注）
3.基因在不同樣本中的表達(dá)量，做0-1標(biāo)準(zhǔn)化，將最小值映射到0，最大值映射到1，按比例整理即可
上述第一種標(biāo)準(zhǔn)化方法和第三種標(biāo)準(zhǔn)化方法都比較簡(jiǎn)單，這里不加以說(shuō)明，僅演示第二種標(biāo)準(zhǔn)化方法，其對(duì)應(yīng)的公式是，具體可參考百度u是標(biāo)準(zhǔn)化后的值，X是原始值，μ是均值，δ是標(biāo)準(zhǔn)差 標(biāo)準(zhǔn)化之后的值 = （原始值 - 均值）/ 標(biāo)準(zhǔn)差
所以還是比較簡(jiǎn)單，使用Excel的兩個(gè)內(nèi)置函數(shù)和自動(dòng)映射功能，
在單元格中輸入=avergae(，手動(dòng)選擇一行，回車(chē)即可計(jì)算均值，
分別計(jì)算均值，和標(biāo)準(zhǔn)差
雙擊箭頭指向的單元格右下角的點(diǎn)，或者點(diǎn)擊拖住下拉
自動(dòng)映射，得到所有均值
自動(dòng)計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)差，與均值的操作類似，使用的函數(shù)是=STDEV()
自動(dòng)映射，得到每個(gè)基因的標(biāo)準(zhǔn)差
隨后，可以直接計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)化后的值，按照正態(tài)標(biāo)準(zhǔn)化的公式，如下，注意添加的美元符號(hào)，輸入完公式之后，回車(chē)即可完成一個(gè)單元格的計(jì)算
基于正態(tài)標(biāo)準(zhǔn)化的公式，進(jìn)行計(jì)算，得到標(biāo)準(zhǔn)化后的值
由于加了美元符號(hào)，此處可以直接進(jìn)行行和列的自動(dòng)映射，點(diǎn)擊單元格的右下角，向右拖拽，選擇了行，再向下進(jìn)行整行映射
一個(gè)單元格映射到一行，一行映射到多行
對(duì)于得到的標(biāo)準(zhǔn)化后的矩陣，復(fù)制列名 和 行名，即可得到標(biāo)準(zhǔn)化后的熱圖，可以明顯看到，基因在不同樣本中的表達(dá)變化趨勢(shì)
標(biāo)準(zhǔn)化之前的熱圖 和 標(biāo)準(zhǔn)化之后的熱圖
到此，相對(duì)能看的熱圖基本完成，但是熱圖太丑，所以我們需要進(jìn)行美化 - 邊框太丑，去掉
- 標(biāo)簽文字居中會(huì)好看點(diǎn)，調(diào)整
- 單元格中標(biāo)準(zhǔn)化之后的數(shù)值太丑，不好看，去掉
進(jìn)一步美化以上，第一點(diǎn)直接進(jìn)項(xiàng)顏色填充，填充為白色，第二點(diǎn)文字居中，搞定，第三點(diǎn)比較麻煩，所以這里直接演示最后一點(diǎn) 
掩蓋數(shù)字
如此，即可得到這樣的熱圖
完成了，可直接復(fù)制黏貼到報(bào)告文檔
至此，我們已經(jīng)完成了常見(jiàn)的熱圖繪制和整理，那么問(wèn)題來(lái)了，
得到矢量圖如何得到矢量圖，畢竟，清晰度很關(guān)鍵啊，或許要放到論文里面…
這個(gè)操作就比較簡(jiǎn)單了，
1.選擇Excel中對(duì)應(yīng)的熱圖，復(fù)制（或者鼠標(biāo)右鍵復(fù)制，或者鍵盤(pán)Ctrl+C）
2.打開(kāi)Adobe Illustractor，黏貼（或者鼠標(biāo)右鍵黏貼，或者鍵盤(pán)Ctrl+V） |
