元朝在民族文化上則采用相對寬松的多元化政策，即尊重中國各個民族的文化和宗教，并鼓勵中國國內(nèi)各個民族進(jìn)行文化交流和融合。元朝還包容和接納歐洲文化，甚至能準(zhǔn)須歐洲人在元朝做官，通婚等。歐洲著名歷險(xiǎn)家馬可.波羅曾是元朝的重要官員。

元朝對中國傳統(tǒng)文化的影響大過對社會經(jīng)濟(jì)的影響。不同于其他征服王朝為了提升本身文化而積極吸收中華文化，元朝同時采用西亞文化與中華文化，并且提倡蒙古至上主義。例如極力推崇藏傳佛教，在政治上大量使用色目人，儒者的地位下降以及元代前期長時間沒有舉辦科舉等。由于士大夫文化式微，意味宋朝的傳統(tǒng)社會秩序已經(jīng)崩潰。這使得在士大夫文化地位下降，屬于中下層的的庶民文化迅速的抬頭。這個現(xiàn)象在政治方面是重用胥吏，在藝術(shù)與文學(xué)方面則是發(fā)展以庶民為對象的戲劇與藝能，其中以元曲最為興盛。

元朝的思想上也是兼收并用的，他們對各種思想幾乎一視同仁，都加以承認(rèn)與提倡，”三教九流，莫不崇奉“。早在1234年趙復(fù)被俘到北方后，他就在燕京設(shè)立太極書院，講授程朱理學(xué)，培養(yǎng)出一批理學(xué)家，使得理學(xué)得以北傳元朝時，元帝尊重儒學(xué)，冊封孔子為“大成至圣文宣王”，并且推崇理學(xué)為官學(xué)。元仁宗初年恢復(fù)科舉，史稱延祐復(fù)科，在《明經(jīng)》、《經(jīng)疑》和《經(jīng)義》的考試都規(guī)定用南宋儒者朱熹等人的注釋，影響后來明朝的科舉考試皆采用朱熹注釋。

理學(xué)在元朝還有一些變化，南宋時期即有調(diào)和程朱理學(xué)的朱熹與心學(xué)的陸九齡等兩家學(xué)派的思想。到了元代，理學(xué)家大多舍棄兩派其短而綜匯所長，最后“合會朱陸”成為元代理學(xué)的重要特點(diǎn)。當(dāng)代有名的理學(xué)家有黃震、許衡與劉因與調(diào)和朱陸學(xué)的吳澄、鄭玉與趙偕，其中許衡、劉因與吳澄被譽(yù)稱為元代理學(xué)三大家。朱學(xué)的后繼者為了配合元帝的需求，更注重在程朱理學(xué)的倫理道德學(xué)說，其道德蒙昧主義的特征日趨明顯。從而把注意力由學(xué)問思變的道問學(xué)轉(zhuǎn)向?qū)Φ赖聦?shí)踐的尊德性的重視，這也促成朱、陸思想的合流。元代理學(xué)的發(fā)展，也為明朝朱學(xué)與陽明心學(xué)的崛起提供某些思想的開端。

由于元朝由蒙古人所統(tǒng)治，漢族士大夫基于異族統(tǒng)治的考量，在元朝初期大多分成合作派與抵抗派。合作一派是華北儒者如耶律楚材、楊奐、郝經(jīng)與許衡等人。他們主張與蒙古統(tǒng)治者和平共存，認(rèn)為華、夷并非固定不變，如果夷而進(jìn)于中國，則中國之。如果蒙古統(tǒng)治者有德行，也可以完全入主中原。他們提倡安定社會，保護(hù)百姓，將中華的典章制度帶進(jìn)元朝，以教感化蒙古人。另一派是江南南宋遺民的儒者如謝訪、鄭思肖、王應(yīng)麟、胡三省、鄧牧、馬端臨等人。他們緬懷南宋故國，堅(jiān)持民族氣節(jié)。為了消極抵抗元廷，采取隱遁鄉(xiāng)里，終生不愿意出仕的方式。并且以著述書籍為業(yè)，將思想化為書中主旨。到元朝后期，由于元仁宗實(shí)行延祐復(fù)科，恢復(fù)科舉，及第者都感謝天子的恩寵，紛紛愿意為元廷解憂。元朝后期國勢大墬，政治腐敗、財(cái)政困難，使得當(dāng)時士大夫如趙天麟、鄭介夫、張養(yǎng)皓與劉基等人紛紛提出各種政治主張，或從弊端中總結(jié)經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)。他們大多提倡勤政愛民、廉潔公正、任用賢才等措施。元末民變的爆發(fā)使得南方有不少士大夫出于自身利益考慮，鎮(zhèn)壓農(nóng)民起義。在明朝建立后，少數(shù)元朝遺老紛紛歸隱不出。