關(guān)于清凈孤修派丹法的步驟，一般分為四個階段。第一階段為筑基入手功夫，稱為道術(shù)筑基階段主要是補(bǔ)足全身生理機(jī)能一虧損，同時初步打通任督和三關(guān)的徑路，直至氣通、全身經(jīng)絡(luò)通暢，達(dá)到精滿、氣足、神旺，為內(nèi)丹仙術(shù)作準(zhǔn)備。第二階段為煉精化產(chǎn)，稱為初關(guān)仙術(shù) ( 百日關(guān) ) 。這段功法以元精為藥物，包括調(diào)藥、采藥、封爐、煉藥、止火幾個步驟，屬小周天功夫。第三階段為煉炁化神，稱為中關(guān)仙術(shù) ( 十月關(guān) ) 。這段功法先要經(jīng)過“大死七日”的入圜 ( 釋教稱坐關(guān)或閉關(guān) ) 過渡步驟，隨之“采大藥”、“養(yǎng)胎”，進(jìn)入無為的入定功夫。第四階段為煉神還虛，稱作上關(guān)仙術(shù) ( 九年關(guān) ) 。煉神還虛純?yōu)樾怨?，約九年，前三年神超內(nèi)院、哺乳溫養(yǎng)；后六年調(diào)神出殼，直至虛空粉碎，合道成仙。下、中、上三關(guān)仙術(shù)各約需百日、十月、九年等時日。但亦因人而異。今依《上品丹法節(jié)次》簡述如下：
　　( 一 ) 煉己存誠。其要訣為懲忿窒欲、虛寂恒誠；掃除后天之習(xí)染，獨露先天之真體；使識神退位，元神呈現(xiàn)；息斷俗緣，退藏于密。丹家收拾身心，凝神定慮，即歸中宮祖竅，養(yǎng)自我本來一點靈光，常應(yīng)常靜，二年三年，積久益善，促開玄關(guān)一竅。
　　( 二 ) 筑基培藥 . 其功法為擇地入圜，身心意不動，收攝精氣神三寶歸于中宮，時時覺照 . 刻刻規(guī)中 . 借假修真，以玄關(guān)一竅立基斂藏神炁，行抱元守一之訣。此法純熟，更復(fù)坐忘內(nèi)視，行凝神入炁穴之功，活子時至元陽生，勃然機(jī)發(fā)，于恍惚杳冥之中，先天一炁自虛無中來。龍生于離，虎生于坎，當(dāng)虛極靜篤之時，將元神沉于羔穴 . 聽其自呼自吸，采有氣無質(zhì)之壬水 ( 坎中真陽 ) ，以真意攝入中宮，與離中真陰會合。
　　( 三 ) 坎離交姌。其功法要心息相依，身心不動，神羔凝結(jié)，于虛極靜篤中，忽覺海底蠕動有光透出，似初三新月 . 或如粟如珠，照在腹部，乃金炁初現(xiàn)之象。而后以真意引藥穿尾間，經(jīng)夾脊，透玉枕，入泥丸，游九宮，自上腮滴下鵲橋，似醒酗甘露，沿赤道復(fù)歸炁穴，行歸復(fù)法，為胎息入手功夫。
　　( 四 ) 采藥歸鼎。丹家于虛寂杳冥、淵默混沌之際，頓起雷聲如裂帛，丹田火熱，兩腎湯煎，即將藥物聚于海底，以真意引轉(zhuǎn)尾間，雷聲轟轟透過三關(guān)，翁聚泥丸宮。此時月窟風(fēng)生，絳宮月明，兩眉間內(nèi)涌圓光，藥物不知不覺由鵲橋下重樓，涼如冰片薄荷，沁人心脾，送歸土釜。此為煉取谷神之法，取坎填離之功。
　　( 五 ) 周天火候。丹家循任督運小周天煉藥，自子時至巳時進(jìn)陽火，應(yīng)乾之策二百一十六數(shù)，除去卯時沐浴三十六策不用，實行一百八十息。自午時至亥時退陰符 . 應(yīng)坤之策一百四十四數(shù) . 除去酉時沐浴二十四策不用，實行一百二十息。連同沐浴六十息，閏余二十四息，合計三百八十四息，故日周天息數(shù)微微數(shù)。丹家須于平時調(diào)準(zhǔn)，臨爐煉藥之際，只要心息相依，自然運用，不可唱籌量沙，刻意追求。小周天功成，得玉液還丹，補(bǔ)足后天破漏虧損，復(fù)歸童真之體。
　　( 六 ) 乾坤交姌。丹士行足周天火候，填回先天乾坤之位，于凝神大定之中，勃然機(jī)發(fā)，玄關(guān)一竅大開，頓覺虛靈空朗，進(jìn)入齊天地、泯人我、混混冥冥的境界。此時先天炁復(fù)，凝為大藥，一點落黃庭，遍身酥綿暢快，只覺圓陀陀、光灼灼，如珠在玉盤，為虛靈獨露的金液還丹。
　　( 七 ) 十月養(yǎng)胎。神炁凝結(jié)為圣胎，又名嬰兒，須洗心滌慮、綿密寂照、常定常覺，如龍養(yǎng)珠，如雞抱卵，暖氣不絕，始得靈胎日漸堅固。十月養(yǎng)胎是大周天煉羔化神功夫，其火候要爐里自溫溫，鎮(zhèn)日玩真空，念不可起，意不可散，十個月如一日，方能神全胎化。十月養(yǎng)胎為入定功夫，如遇丹田火熱，可存想兩眉間有一黑球如碗大，收攝入神室，其熱自退。
　  （八）移神換鼎。頭部泥丸宮，又名天谷，乃陽神本宮。靈胎純?yōu)橄忍炷Y(jié)之陽神，乃人之法身，嬰兒現(xiàn)象，須出其胞，由下田炁穴移至泥丸宮，行煉性之功。陽神能超越時空障礙，透金穿石，隱顯隨心。移神天谷后，丹士應(yīng)端拱無為、正位居體、寂以定之、慧以鎮(zhèn)之，繼行入定之性功。
　　( 九 ) 泥丸養(yǎng)慈。泥丸為全身至清至靈之地，上應(yīng)太空之鎮(zhèn)星，丹家法天象地，以真心合天心，要居塵出塵，須入塵磨煉，靜以養(yǎng)慧，動以煉慧。法惟冥心寂定，訣在一 “誠”字，誠于靜者神自明，誠于動者性自徹，天下無撇不下之凡情，無識不破之物理，乃由誠而明之性功。丹家于此際，靜極生動，定極生慧，開發(fā)出人體潛能，得大智慧、大神通。
　　( 十 ) 還虛合道。內(nèi)丹學(xué)煉至陽神脫體，未為究竟，軀體仍在，終難脫生死。丹家于具神通后，不可常動不還、用慧神疲，更應(yīng)于群動之中 . 獨抱靜觀自得之趣，一如得魚而忘荃，行物我無間的還虛功夫。便進(jìn)一步，粉碎虛空，真幻兩忘，道合自然，神證太虛，與天地同其闔辟循環(huán)，渾化與無垠，動與天俱，靜與天游，則為天仙功成。