2013年，甲公司由乙公司（業(yè)主方）招標確定為乙公司開發(fā)的某商業(yè)工程項目施工總承包單位，總包合同約定，樁基工程由乙公司選擇專業(yè)施工單位施工，甲公司作為總包單位履行總包職責。同年11月，由乙公司招標確定丙公司為該商業(yè)工程項目的樁基工程專業(yè)施工單位。后，甲、乙、丙公司簽訂《樁基工程施工承包合同》，其中總包方為甲公司，分包方為丙公司，鑒證方為乙公司。承包方式為包工包料，采用綜合單價包干形式，暫定總價6698萬元。樁基工程完工驗收合格后按照約定結(jié)算方式計算實際工程量，依據(jù)中標綜合單價按實結(jié)算。工程量需經(jīng)監(jiān)理、甲公司、乙公司簽字確認。丙公司自樁基工程竣工驗收合格之日起30日內(nèi)與乙公司核對完所有竣工資料，并經(jīng)雙方簽字確認由乙公司簽收。丙公司自竣工資料移交之日起60日內(nèi)按照合同規(guī)定的結(jié)算編制依據(jù)完成結(jié)算編制工作，并向乙公司遞交竣工結(jié)算書及工程量計算書及完成有效的簽證單據(jù)，各項結(jié)算調(diào)整的依據(jù)、經(jīng)乙公司及監(jiān)理方簽證的竣工圖，打樁記錄及其他相關(guān)資料。所有涉及工程費用的簽證及聯(lián)系單必須經(jīng)有效簽字人同意并加蓋乙公司公章后方為有效。如丙公司未在約定時間內(nèi)按乙公司要求報送工程結(jié)算資料，乙公司有權(quán)根據(jù)已有資料自行進行審查。乙公司簽收丙公司送審的完整竣工結(jié)算資料后60天內(nèi)完成竣工結(jié)算審核。工程造價審核單位由乙公司選擇確定。樁基工程無預付款，項目全部地下室±0.00施工完成支付合同暫定總價的75%；通過樁基驗收并在向乙公司提供完整工程資料、完成結(jié)算、項目中間結(jié)構(gòu)驗收后30天內(nèi)，支付至結(jié)算總價的95%，余款5%在項目整體竣工驗收合格且資料由城建檔案館備案合格后30天內(nèi)支付。支付工程進度款時，先由甲方、監(jiān)理方簽字同意，再由丙公司審核確認后，由丙公司支付給甲方，甲方在收到丙公司付款及丙公司提供等額有效的建設施工發(fā)票之日起15天內(nèi)完成對丙公司的付款。丙公司必須按照乙公司確認的進度計劃組織施工，接受監(jiān)理、甲公司、乙公司的檢查監(jiān)督。工程竣工驗收，應在丙公司自檢合格的基礎上，當具備竣工驗收條件時，丙公司應提前十天提交工程驗收報告，通知乙公司組織驗收。丙公司完成全部承包內(nèi)容后，乙公司將根據(jù)丙公司實際履約情況進行結(jié)算后，無息退還工期、文明施工、項目負責人及主要施工管理人員到場、機具設備到場保證金。樁基工程經(jīng)當?shù)刭|(zhì)監(jiān)站驗收合格且結(jié)構(gòu)完成至±0.00后30天內(nèi)，乙公司將根據(jù)丙公司實際履約情況進行結(jié)算后，無息退還。

合同簽訂后，丙公司進場施工，乙公司收取了丙公司的履約保證金。2014年，樁基工程竣工，已檢測項目均合格通過。2014年10月，丙公司將工程結(jié)算資料提交乙公司，乙公司選定了造價審定單位，審定造價金額為6838萬元。

2015年1月21日，丙公司向甲公司開具490萬元工程款發(fā)票。1月22日，甲公司向乙公司開具500萬元樁基工程款發(fā)票；1月27日，乙公司支付甲公司500萬元，1月29日，甲公司支付丙公司490萬元。其后，甲公司、乙公司、丙公司陸續(xù)按上述順序及比例開具發(fā)票并支付兩筆工程款。2015年5月22日，乙公司向銀行貸款，款項直接發(fā)放至甲公司賬戶，款項用途為備料款。

2015年7月13日，丙公司向甲公司開具991.4萬元工程款發(fā)票。7月15日，甲公司向乙公司開具1000萬元樁基工程款發(fā)票。9月19日，甲公司向乙公司開具1000萬元樁基工程款發(fā)票。7月30日，甲公司向丙公司付款991.4萬元。9月30日，甲公司向丙公司付款990萬元。2016年2月4日，甲公司向丙公司付款792萬元。2月26日，丙公司向甲公司開具792萬元工程款發(fā)票。3月2日，甲公司向丙公司開具800萬元樁基工程款發(fā)票。

4月26日，丙公司向甲公司發(fā)函稱，其準備于4月30日前向甲公司開具1100萬元發(fā)票，同時要求甲公司向乙公司開具等額工程款發(fā)票。此發(fā)票僅為配合營改增工作需要，不作為向其催討工程款的憑據(jù)。

4月27日，丙公司向甲公司開具1100萬元樁基工程款發(fā)票，4月29日，甲公司向乙公司開具1000萬元樁基工程款發(fā)票。

甲公司向丙公司收取總包管理費比例為工程款的1%。

甲公司與乙公司對截止2016年1月31日前的項目總包前期工程費用部分進行確認，無爭議部分為7187624元，爭議部分費用為10551868元。雙方約定，最終審核確認總費用不高于1500萬元。之前生育的2000萬元，其中800萬元作為樁基工程款由甲公司支付丙公司。剩余1200萬元作為總包費用留存，待雙方審核完畢總包費用后再確定如何支付。

本案爭議發(fā)生原因，是業(yè)主因資金鏈斷裂，無資金支持項目繼續(xù)開發(fā)，無錢款支付樁基工程款及總包工程費用。至起訴時，項目已停工兩年，項目僅完成了樁基工程及前期的零星工程，在此期間總包單位實際投入已超兩千萬元?，F(xiàn)樁基分包單位向總包單位及業(yè)主主張費用，樁基單位及業(yè)主均將希望寄托于總包單位收到的銀行發(fā)放的4000萬元貸款剩余部分?？偘鼏挝唤?jīng)計算成本與損失，已同意將2000余萬元作為樁基工程款支付給樁基公司。但如將剩余之1200萬元再作為樁基工程款支付，則總包單位已發(fā)生的損失將繼續(xù)擴大，且再行向業(yè)主追討較為困難。

本案樁基工程雖然是由公開招標確定，但招標的招標人只有業(yè)主一方，樁基工程的施工單位是完全由業(yè)主確定的，樁基工程的相關(guān)商務條件、管理責任、違約條款均是由業(yè)主與樁基單位協(xié)商確定。在施工過程中，業(yè)主直接參與管理，總承包單位雖然收取了所謂總包管理費，但該費用對于常規(guī)之總包管理不對等，僅僅相當于提供場地、水電等配合之相關(guān)費用。如讓總包單位承擔巨額的付款責任及違約責任，顯然權(quán)利與義務不對等。

經(jīng)研究，本案涉及總包單位的主要爭議焦點是，本案系爭工程的工程款及違約責任的承擔主體是總包單位還是業(yè)主單位。

根據(jù)常規(guī)的指定分包的司法實踐看，法院一般支持總包單位承擔付款義務，而不認為業(yè)主應當承擔責任。根據(jù)合同簽約的主體，一般的指定分包簽署方為總包方和指定分包方，遵循的原則是合同相對性原則。簡言之，指定分包人應和簽訂合同的總承包人遵守合同約定結(jié)算工程價款。除了《關(guān)于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》（下稱“最高院解釋”）第十二條規(guī)定的發(fā)包人承擔質(zhì)量缺陷的過錯責任，由業(yè)主直接支付工程款給指定分包人，既無法律規(guī)定也無合同約定。在這種情況下，如發(fā)包人未經(jīng)總包人同意直接支付工程款給指定分包人，并不能免除發(fā)包人對總承包人的債務。即使指定分包合同中出現(xiàn)了發(fā)包人，根據(jù)施工工程的身份關(guān)系，指定分包人施工的工程屬于總包工程的一部分，雖然款項由業(yè)主最終支付，但是總包單位需要對分包工程承擔總包責任，應當承擔總包工程項下的分包工程付款義務及違約責任。當總包單位承擔責任后，再行根據(jù)總包合同向業(yè)主主張總包工程款。業(yè)主所支付指定分包的款項，會被看作是指示付款，并不免除總包付款義務。

故，總包單位要求業(yè)主直接承擔向分包單位的付款義務及相關(guān)責任，難度可見一斑。

本案訴爭樁基工程的招標人為業(yè)主，投標書為分包人向業(yè)主投標，招標合同內(nèi)容由業(yè)主與分包人共同商定，中標通知書也是由業(yè)主直接發(fā)送予分包人，并沒有承包人參與。根據(jù)合同形成的一般原理，招標公告為要約邀請，投標書為要約，中標通知書為承諾，該一系列過程是形成合同的要素。最終的合同內(nèi)容，是由業(yè)主與指定分包人之間形成，雙方為合同的權(quán)利義務主體。

三方簽訂的《樁基工程施工合同》，雖然合同約定業(yè)主為鑒證人，但合同內(nèi)容所約定的合同價款的確定、工程量確認、工程款結(jié)算、工程款支付、工程驗收、違約責任等的主要權(quán)利義務的主體為業(yè)主與指定分包人。在樁基工程的施工過程中，所有的對分包單位的管理責任，均是由業(yè)主所實施，工程履約保證金由指定分包人直接向業(yè)主繳付，工程結(jié)算也是由指定分包人直接向業(yè)主報送，由業(yè)主與指定分包人之間進行審核結(jié)算。總包單位在施工過程中，僅起到付款媒介及發(fā)票開具媒介之作用，無其他之權(quán)利。故，在施工合同履行中，業(yè)主為施工合同主要權(quán)利與義務的主體方，應當承擔相應的付款及違約責任。

樁基承包合同約定的付款流程，是由業(yè)主支付給總包方，總包方再付給指定分包方。實際的每次付款，均是業(yè)主與指定分包人協(xié)商一致付款金額，再由指定分包人向總包方開具發(fā)票，總包方向業(yè)主開具發(fā)票，業(yè)主支付給總包方，總包方再付給指定分包方。

對于2015年5月份，總包方收到的4000萬元款項是銀行貸款的款項，貸款的用途為總包“備料款”。雖然之后總包方陸續(xù)向指定分包方支付了近2800萬元的樁基工程款，但根據(jù)相關(guān)證據(jù)及各方陳述均能證明，該些款項是屬于三方協(xié)商的結(jié)果，是基于工程項目停工，總包方評估實際投入，在同情指定分包方的基礎上，從自己的總包工程款中拆出的一部分給予指定分包商。對于該4000萬元款項的性質(zhì)，是由銀行發(fā)放貸款用途所定。在款項到達總包賬戶后，款項再利用的性質(zhì)由總包方確定，并不取決于業(yè)主或指定分包方的指示。故，剩余的1200萬元仍然屬于總包單位之工程款項，而非樁基工程款。

根據(jù)工程建設稅務征收的需求，分包工程的發(fā)票僅可向總包單位開具，總包單位向業(yè)主開具相應發(fā)票。其中的稅收僅收取一次，由分包單位承擔，對于總包單位來說并沒有損失。根據(jù)《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》規(guī)定，發(fā)票僅是在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經(jīng)營活動中，開具、收取的收付款憑證。發(fā)票的開具，并不能以此作為付款義務或責任承擔的依據(jù)。況且，指定分包方也出具了相關(guān)的承諾，開具發(fā)票僅為配合營改增需要，不作為催討工程款的憑據(jù)。

因此，發(fā)票的開具與工程款項支付義務無關(guān)，相關(guān)的付款義務，應從實際的權(quán)利義務主體角度進行分析。

法院經(jīng)審理后認為，從分包單位取得涉案樁基過程以及三方簽訂的樁基工程承包合同內(nèi)容，均可以證明分包方承包涉案工程，系業(yè)主指定分包。合同價款的確定、工程量確認、工程款結(jié)算、工程款支付、工程驗收、違約責任等主要權(quán)利義務主體為分包單位和業(yè)主。樁基工程款由業(yè)主支付給總包方，總包方支付給分包方，主要的付款義務人為業(yè)主。分包方的履約保證金，也是直接向業(yè)主支付。業(yè)主向總包支付的4000萬元，系備料款。后經(jīng)協(xié)商，其中2800萬元作為樁基工程款支付分包方。其余1200萬元，當事人對款項性質(zhì)存在爭議。從合同約定的支付方式以及工程款付款流程判斷，現(xiàn)有證據(jù)不足以確認該部分款項系業(yè)主支付的樁基工程款。故，分包方向總包方要求將1200萬元作為樁基工程款向其支付，法院不予支持。分包方向業(yè)主主張支付剩余樁基工程款及工程款利息，法院予以支持。