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Patent CN103668472A

 CanevaeCollect 2015-12-19
利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)構建真核基因敲除文庫的方法
CN 103668472 A
Abstract
本發(fā)明提供一種利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)構建真核基因敲除文庫的方法,先將編碼Cas9和OCT1蛋白的基因表達于真核細胞系中,篩選獲得穩(wěn)定表達Cas9的細胞系,再進行文庫構建和功能篩選。其最大的優(yōu)點在于:可將此方法應用于絕大多數(shù)真核細胞系中,不受特定細胞系的限制。另外,進行功能性篩選陽性率高,背景值低。大規(guī)模的篩選方法極大降低了成本,克服了單個制備基因敲除細胞,所導致的時間和勞動成本高的問題。
Claims(6)
1.一種利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)構建真核基因敲除文庫的方法,其特征在于,包括以下步驟: 1)構建穩(wěn)定表達OCTl蛋白和Cas9蛋白的真核細胞系:將編碼蛋白OCTl和Cas9的DNA序列通過柔性Linker連接,然后克隆至慢病毒載體p0CTl-2A-Cas9-1RES-BSD上;用構建好的載體轉染真核宿主細胞;篩選穩(wěn)定表達OCTl蛋白和Cas9蛋白的真核細胞系;其中,載體p0CTl-2A-Cas9-1RES-BSD 的序列如 SEQ ID N0.1 所示; 2) SgRNA質粒文庫的構建: 1.根據(jù)SgRNA作用位點的DNA序列5,-G-Nx-NGG-3,,其中19 ^ x ^ 22,設計并合成針對上述作用位點的SgRNA單體,針對同一個SgRNA作用位點設計兩個SgRNA單體,其序列分別為正向單體:5’ -ACCG-Nx-3’,反向單體:5’ -AAAC-N’ x_3’,其中N’ x為Nx的反向互補序列,N和N’表不喊基A、T、G或C ; i1.將上述合成的針對同一個sgRNA作用位點的兩個SgRNA單體退火形成具有粘性末端的雙鏈DNA,并將針對所有基因合成的sgRNA單體經退火形成的雙鏈DNA等量混合; ii1.將人U6啟動子連接ccdB序列以及序列5’ -G-Nx-NGG-3’之后,連入PLL3.7載體中替換原載體上的U6啟動子,將構建好的載體與ii中得到的混合物混合,加入BsmBI限制性內切酶和T4連接酶,37°C 5min, 16°C 5min,重復10個循環(huán); iv.將上述產物轉化至Transl-Tl感受態(tài)細胞中,提取質粒,即構建得到sgRNA質粒文庫; 3)將上述質粒文庫中的質粒與質粒psPAX`2和PMD2.G共轉染至HEK293T細胞中,培養(yǎng)細胞,收獲病毒液; 4)用收獲的病毒液按MOI=0.05接種步驟I)中構建得到的真核細胞系,細胞經培養(yǎng)后,使用流式細胞儀分選帶有綠色熒光的細胞,即獲得真核基因敲除的細胞文庫。
2.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,步驟I)中所述真核宿主細胞包括但不限于 HEK293T、HT1080、HeLa 細胞。
3.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,步驟I)中所述柔性Linker序列為p2A:5' -GGAAGCGGAGCTACTAACTTCAGCCTGCTGAAGCAGGCTGGAGACGTGGAGGAGAACCCTGGACCT-3'。
4.根據(jù)權利要求1-3任一項所述方法構建的真核基因敲除細胞文庫。
5.一種研究基因功能的方法,其特征在于,基于權利要求4所述的細胞文庫,提取細胞的基因組DNA,設計引物,PCR擴增含有sgRNA序列的DNA片段,利用深度測序技術對擴增產物進行測序,分析測序結果,從而確定sgRNA所對應基因的功能。
6.根據(jù)權利要求5所述的方法,其特征在于,所述引物序列為正向引物:5’ -TATCTTGTGGAAAGGACGAAACACC-3’,反向引物:5’ -AATACGGTTATCCACGCGGC-3’。
Description

利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)構建真核基因敲除文庫的方法

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