在中醫(yī)理論體系中，命門學(xué)說的學(xué)術(shù)思想最為豐富，同時(shí)也是爭論最多，至今尚未能統(tǒng)一的重要理論。

命門作為一個(gè)獨(dú)立的臟腑，最早見于《難經(jīng)》，為右腎的代稱，是男子藏精、女子系胞之所在，《難經(jīng)·三十九難》曰：“五臟亦有六臟者，謂腎有兩臟也，其左者為腎，右為命門，命門者精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞，其氣通于腎，故言臟有六也?！痹凇妒穗y》與《三十六難》中又說，命門為“腎間動氣”，“原氣之所系”，具有重要作用。此說對后世有著深遠(yuǎn)的影響。然而，自漢代到北宋的一千多年間，命門學(xué)說并沒有多大的發(fā)展，始終只被當(dāng)做腎臟的一部分來看待，腎命一家。

自金元之后，隨著金元四大家的出現(xiàn)，中醫(yī)學(xué)發(fā)生了根本性的變革，而醫(yī)家們對命門學(xué)說的深入探討，也正是此時(shí)醫(yī)學(xué)理論革新的一個(gè)重要組成部分。劉完素把《內(nèi)經(jīng)》五運(yùn)六氣中“君火以明，相火以位”的君火與相火引入到人體藏象當(dāng)中，以心為君火，命門為相火，首創(chuàng)命門相火說。他在《素問病機(jī)氣宜保命集·病機(jī)論》中說：“左腎屬水，男子藏精，女子以系胞；右腎屬火，游行三焦，興衰之道由于此，故七節(jié)之傍，中有小心，是言命門相火也”。劉完素首創(chuàng)命門屬火說，將前代醫(yī)家以溫腎治療虛寒的方法也納入命門理論的范圍。易水學(xué)派的創(chuàng)立者張?jiān)卦谕粫r(shí)期也論及命門相火，并進(jìn)一步將之與“元?dú)狻甭?lián)系起來，認(rèn)為“命門為相火之源，天地之始，藏精生血，……主三焦元?dú)狻?。此說大大提升了命門的重要性。朱丹溪雖沒有直接闡述“命門”理論，但他對“相火”理論貢獻(xiàn)很大，同樣為明代命門理論的興盛提供了理論基礎(chǔ)。

自金元四家以來關(guān)于相火的討論，十二世紀(jì)以后便逐漸演變?yōu)槊T學(xué)說發(fā)展的高潮。明代很多醫(yī)家均論及命門，如李時(shí)珍、虞摶、李梴等，但以溫補(bǔ)學(xué)派的孫一奎、趙獻(xiàn)可、張景岳三家之論最為卓著，且大量體現(xiàn)宋明理學(xué)思想，成為獨(dú)立于《內(nèi)經(jīng)》五藏體系之外的又一新藏象體系。

孫一奎是命門三大家中最早的一位，創(chuàng)立“命門動氣”學(xué)說。他自幼研《易》，嘗援易論醫(yī)，承襲朱丹溪“人身必有一太極”的思想，將理學(xué)當(dāng)中的“太極”理論融入到醫(yī)學(xué)當(dāng)中，結(jié)合《難經(jīng)》原氣之論來闡發(fā)命門。同時(shí)，他又進(jìn)一步擺脫了《難經(jīng)》“左腎右命門”的窠臼，提出：“命門乃兩腎中間之動氣，非水非火，乃造化之樞紐，陰陽之根蒂，即先之太極。五行由此而生，臟腑以繼而成”（《醫(yī)旨緒余》）?？芍枋龅拿T是先于臟腑的存在，用“太極之本體”來形象地比喻命門在人身的重要地位和作用，是得以生成五臟六腑的根源所在。

趙獻(xiàn)可提出君主命門說，他認(rèn)為，命門位處兩腎中間，徹底與腎臟脫離，而成為主宰十二官的“真君真主”，其功能位于五臟六腑之上，為“主宰先天之體”，有“流行后天之用”。趙獻(xiàn)可運(yùn)用《易經(jīng)》中“坎”卦的理論來解釋腎與命門二者之間的關(guān)系，認(rèn)為兩腎有形屬水，命門無形屬火，其位居兩腎中間，即“一陽陷于二陰之中”，陰中有陽才能化氣而產(chǎn)生生命，而命門之火的作用則始終居于主導(dǎo)地位。趙獻(xiàn)可的命門理論受到理學(xué)、易學(xué)及道教等多方面思想的影響，承前啟后，對后世影響很大。

張景岳在總結(jié)前人成就的基礎(chǔ)之上，對于命門學(xué)說進(jìn)行了系統(tǒng)深入的論述及闡發(fā)，提出“水火命門”學(xué)說。張景岳大量運(yùn)用太極陰陽理論闡述命門，認(rèn)為命門為人身之太極，是人體生命的本源，統(tǒng)括陰陽、五行和精氣。同時(shí)，命門兼具水火，陰陽本同一氣，水火之于人身，即是陰陽精氣，從而把人體陰陽、精氣與水火有機(jī)地聯(lián)系了起來。張景岳的水火命門學(xué)說結(jié)合易學(xué)思想把中醫(yī)學(xué)的陰陽理論發(fā)展到了一個(gè)嶄新的高度，從太極一氣到兩儀陰陽，化生“先天無形之陰陽”，繼而再生成“后天有形之陰陽”，以元陽之火論生命活動的功能，以真陰之水論氣血津液和藏府，以水火的關(guān)系體現(xiàn)了陰陽互根、互用與相互制化的思想，在其著作中，陰陽互根、水火同源、精氣互生的理論貫穿始終。張景岳的水火命門學(xué)說，將陰陽、水火、精氣的理論與命門學(xué)說有機(jī)地聯(lián)系在一起，使之達(dá)到了前所未有的高度及水平，成為明代命門理論的集大成者。

命門學(xué)說是對藏象、陰陽學(xué)說的進(jìn)一步發(fā)展，它拓展了中醫(yī)理論體系的框架，完善了以往的理論，它既是臨床實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)的總結(jié)，又以其獨(dú)特的理論價(jià)值推動和豐富了中醫(yī)臨床。在中醫(yī)學(xué)術(shù)的發(fā)展上有著不可替代的地位。