朱元璋進行上述變革和調(diào)整的根本目的是進一步強化君權(quán)，主要手法是分化、弱化大臣之權(quán)，他對地方行省、中書省和大都督所作的一系列變革莫不如是。朱元璋罷丞相，是對一千多年中央政治制度的一次重大變革。不設(shè)丞相，六部直接將全國政務(wù)奏請皇帝裁決，實際上是皇帝兼行相權(quán)。皇帝不得不處理更多的政務(wù)，據(jù)說朱元璋每天要看200多份奏章，處理400多件政事，相當(dāng)辛苦。由此，專制主義皇權(quán)到了朱元璋手中得到了空前的加強，他也成為歷史上最有權(quán)勢的皇帝之一。不過，如此高度集中的皇權(quán)也會產(chǎn)生負(fù)面影響，因為沒有相應(yīng)的約束機制，明代中后期皇帝為所欲為，極度腐朽，甚至數(shù)十年不上朝。

設(shè)立特務(wù)組織。朱元璋生性雄猜，加強了對大臣的監(jiān)視。開始時，他派遣一些檢校、僉事明騎馬武士俑等人暗中偵查大臣的舉動，也沒有逮捕和審訊的權(quán)力。當(dāng)時最著名的特務(wù)是高見賢、夏煜、楊憲和凌說，專門刺探別人的陰事，"四人以伺察搏擊為事"，"專主察聽在京大小衙門官吏，不公不法及風(fēng)聞之事，無不奏聞"。"惟此數(shù)人，譬如惡犬，則人怕"。朱元璋的目的很明確，就是要讓大臣對自己和大明江山忠心無二，要他們知道恐懼，防止他們營私舞弊、結(jié)黨亂政。事無巨細，家長里短，都被朱元璋探知。有一個非常有名的例子，可以看出當(dāng)時的恐怖情景。錢宰被征編《孟子節(jié)文》，罷朝回家做了一首詩："四鼓冬冬起著衣，午門朝見尚嫌遲。何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時。"第二天上朝時，朱元璋告訴他昨天詩作得不錯，只是并沒有"嫌"他遲，不如改成"憂"字更好些。錢宰聽后大驚失色，嚇得直磕頭謝罪。類似的事例還有很多，所以大臣們都提心吊膽，就連李善長、徐達這樣的功臣也人人自危。

洪武十五年（1382），朱元璋為了加強監(jiān)視，特別設(shè)立了特務(wù)機構(gòu)錦衣衛(wèi)，成為他實行特務(wù)政治的重要手段，也形成了歷史上有名的明代特務(wù)政治。錦衣衛(wèi)隸屬于皇帝的親軍體系，長官為指揮使，下領(lǐng)官校。官為千戶、百戶，校為校尉力士，因穿橘紅色服裝，騎馬，故又稱"緹（ｔí）騎"。明初"緹騎"只有數(shù)百人，明中后期達到十幾萬人之眾。錦衣衛(wèi)下設(shè)鎮(zhèn)撫司，有監(jiān)獄和法庭錦衣衛(wèi)木印

，成為"詔獄"，直屬于皇帝，權(quán)力很大。錦衣衛(wèi)職掌"侍衛(wèi)、緝捕、刑獄之事"。太祖時，"天下重罪逮至京者，收系獄中，數(shù)更大獄，多所斷治，所誅殺為多"。

朱元璋設(shè)立錦衣衛(wèi)為明代后來的皇帝做了一個惡劣的開端。永樂十八年（1420），成祖朱棣在錦衣衛(wèi)外，另設(shè)東廠，因設(shè)于東安門北而得名。成化十三年（1477），憲宗設(shè)西廠，由汪直統(tǒng)領(lǐng)。正德初年，權(quán)閹劉瑾奏設(shè)內(nèi)行廠，自領(lǐng)之，職權(quán)更廣，雖錦衣衛(wèi)、東廠、西廠亦在偵緝范圍之內(nèi)。正德五年（1510），隨劉瑾被誅而內(nèi)行廠廢止。終明一朝，西廠、內(nèi)行廠存在時間不長，而錦衣衛(wèi)、東廠則存至明亡。這些特務(wù)機構(gòu)，成為維護皇權(quán)的重要手段，但更多的時候是被專權(quán)的太監(jiān)如劉瑾、魏忠賢等人所利用，成為打擊報復(fù)大臣的有力武器，不知有多少忠臣慘死其中。

朱元璋所進行的這些制度更張，盡管后世或臧或否，評價不一，但基本實現(xiàn)了他的初衷，也算稱心如意。只是有一件事，卻困擾了他近30年，遲遲無法解決。

陷入定都困擾。朱元璋登基稱帝前后，對于國都的確定幾經(jīng)周折。最初朱元璋參加農(nóng)民起義軍后，一直活躍在江淮之間。然而這里土地貧瘠，民生艱苦，而且接近元朝的軍事力量，不利于自己的發(fā)展壯大。為了謀求更大的發(fā)展空間，成就不世之偉業(yè)，必須另擇一個既有經(jīng)濟保障又地形險要的根據(jù)地，這樣金陵就進入了朱元璋的視野。金陵，北有長江天塹，為形勝之地，三國吳，東晉，南朝宋、齊、梁、陳，五代十國的南唐都曾以此為都城。馮國用首先向明南京城墻朱元璋建議攻取金陵，"金陵龍蟠虎踞，帝王之都，先拔之以為根本，然后四出征伐，倡仁義，收人心，勿貪子女玉帛，天下不足定也"。陶安也建議先取金陵，據(jù)形勢以臨四方。葉兌也上書請求定都金陵，然后就可以拓地江廣，進軍兩淮，北征蒙古，退軍又可以據(jù)長江以自守。元至正十六年（1356），朱元璋聽取謀士的意見，攻取金陵，改稱應(yīng)天府，修建宮殿，以此為爭奪霸業(yè)的基礎(chǔ)。此后十余年間，朱元璋南征北戰(zhàn)、四出征討，將江南群雄依次消滅。洪武元年（1368）正月，朱元璋在應(yīng)天稱帝，在即位詔書中稱應(yīng)天為京師。

然而朱元璋只是暫時肯定了應(yīng)天作為京師的地位，并沒有正式確立國都。作為自己成就霸業(yè)的地方，朱元璋為何不肯確立應(yīng)天為國都呢？首先，朱元璋覺得以應(yīng)天為國都的歷朝都是氣數(shù)不久，似乎不太吉利。其次，有些大臣認(rèn)為"有天下者，非都中原，不能控制奸頑"，明南京聚寶門藏兵洞

而且應(yīng)天偏處江左，在位置上作為國都不是十分理想。三月，朱元璋派兵攻取汴梁。許多人建言定都汴梁。朱元璋很重視，于四月親自前去實地考察。他認(rèn)為汴梁雖然位置適中，但是無險可守，四面受敵，論形勢不如應(yīng)天。八月，朱元璋正式下詔，以應(yīng)天為南京，汴梁為北京。朱元璋既然對汴梁不甚滿意，為何又要定為北京呢？原來他考慮到汴梁是宋朝的舊都，北上征討元朝時可以喚起北方民眾的民族情感，有很大的號召力；而且當(dāng)時西北未定，需要將汴梁作為運送糧草和補充兵力的基地。