1、將海綿墊固定在制膠架上，把類似‘三明治’結(jié)構(gòu)的制膠板系統(tǒng)垂直放在海綿上方，用分布在制膠架兩側(cè)的偏心輪固定好制膠板系統(tǒng)，注意一定是短玻璃的一面正對著自己。
2、共有三根聚乙烯細管，其中兩根較長的為 15.5cm，短的那根長 9cm。將短的那根與Y形管相連，兩根長的則與小套管相連，并連在 30ml 的注射器上。
3、在兩個注射器上分別標記‘高濃度’與‘低濃度’，并安裝上相關(guān)的配件，調(diào)整梯度傳送系統(tǒng)的刻度到適當?shù)奈恢谩?
4、反時針方向旋轉(zhuǎn)凸輪到起始位置。為設置理想的傳送體積，旋松體積調(diào)整旋紐。將體積設置顯示裝置固定在注射器上并調(diào)整到目標體積設置，旋緊體積調(diào)整旋紐。例如16*16cm gels(1mm thick)：設體積調(diào)整裝置到 14.5。
5、配制兩種變性濃度的丙烯酰胺溶液到兩個離心管中。
6、每管加入 18 μl TEMED，80 μl 10%APS，迅速蓋上并旋緊帽后上下顛倒數(shù)次混勻。用連有聚乙烯管標有‘高濃度’的注射器吸取所有高濃度的膠，對于低濃度的膠操作同上。 7、通過推動注射器推動桿小心趕走氣泡并輕柔地晃動注射器，推動溶液到聚丙烯管的末端。注意不要將膠液推出管外，因為這樣會造成溶液的損失，導致最后凝膠體積不夠。
8、分別將高濃度、低濃度注射器放在梯度傳送系統(tǒng)的正確一側(cè)固定好，注意這里一定要把位置放正確! 再將注射器的聚丙烯管同 Y 形管相連。
9、輕柔并穩(wěn)定地旋轉(zhuǎn)凸輪來傳送溶液，在這個步驟中最關(guān)鍵的是要保持恒定勻速且緩慢地推動凸輪，以使溶液恒速的被灌入到三明治式的凝膠板中。
10、小心插入梳子，讓凝膠聚合大約一個小時。并把電泳控制裝置打開，預熱電泳緩沖液到60℃。
11、迅速清洗用完的設備。
12、聚合完畢后拔走梳子，將膠放入到電泳槽內(nèi)，清洗點樣孔，蓋上溫度控制裝置使溫度上升到 60℃。
13、用注射針點樣（預先準備好的活性污泥 16S rDNA V3 區(qū) PCR 擴增產(chǎn)物，變性聚丙烯酰胺凝膠電泳純化）。
14、電泳（200V，5h）。
15、電泳完畢后，先撥開一塊玻璃板，然后將膠放入盤中。用去離子水沖洗，使膠和玻璃板脫離。
16、倒掉去離子水，加入 250 ml 固定液（10% 乙醇, 0.5% 冰醋酸）中，放置 15min。
17、倒掉固定液，用去離子水沖洗兩次，倒掉后加入 250 ml 銀染液（0.2% AgNO3,用之前加入 200μl 甲醛）中，放置在搖床上搖蕩，染色 15min。
18、倒掉銀染液，用去離子水沖洗兩次，倒掉后加入 250 ml 顯色液（1.5% NaOH, 0.5% 甲醛）顯色。
19、待條帶出現(xiàn)后拍照。