TISIDB：一個神奇的腫瘤免疫分析的網(wǎng)站。下圖是這篇文章介紹TISIDB網(wǎng)站時候的配圖，話說TISIDB整合了五大數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)資源，對每個基因進行十種分析與注釋，夠逼格了吧！下面我們以胰腺癌為例，X軸選胰腺癌，Y軸選Act_CD4，點擊Plot，則可看到胰腺癌中CD47與Act_CD4的相關(guān)性分析，如下圖右下所示。第六個菜單：免疫調(diào)節(jié)劑。第一幅圖左側(cè)是CD47表達的各種腫瘤中的生存時間的分布，右側(cè)是是胰腺癌中CD47表達差異的OS生存曲線。

基于Firefox的升級版PubMed，讓你一眼看穿JCR分區(qū)、IF、引用情況本文首發(fā)于 ”百味科研芝士“ 微信公眾號，轉(zhuǎn)載請注明：百味科研芝士，F(xiàn)ocus科研人的百味需求一、Firefox簡單介紹。因此，該文結(jié)合PubMed和firefox瀏覽器的結(jié)合，實現(xiàn)對PubMed的優(yōu)化。一賬號，一PubMed，設(shè)置好的個性化過濾條件會跟賬號一同出現(xiàn)，無論是在哪臺電腦登錄PubMed，均可使用這些過濾條件。OK，操作簡單的基于firefox的PubMed優(yōu)化已經(jīng)實現(xiàn)了, Enjoy it.

而最近逐漸火熱的預(yù)測模型的臨床研究恰好正是迎合了精準醫(yī)學(xué)的研究思維模式，因為預(yù)測模型在基因組學(xué)，蛋白組學(xué)等各個技術(shù)手段的發(fā)展下，正是可以通過一定的統(tǒng)計學(xué)篩選手段構(gòu)建一個對疾病預(yù)后預(yù)測最佳的模型，從而對病人某些特定群體以及個體化醫(yī)療提供證據(jù)。他們將簡單模型（只包括年齡）與更復(fù)雜的模型（包括年齡和其他關(guān)鍵預(yù)測因子）進行比較，看看這兩個模型在預(yù)測效能上有什么區(qū)別。ABCD法進行驗證模型：

主要功能是編輯SAS程序語句，并用不同的顏色顯示SAS語句，同時進行語句的邏輯檢查，如：出現(xiàn)紅色字體，說明語句拼寫有誤，需要修改；注：當(dāng)程序?qū)懞脮r需要點擊運行（小人的圖標(biāo)喲），另外需要注意無論是數(shù)據(jù)集的名稱還是SAS程序，SAS均不區(qū)分大小寫。二、SAS數(shù)據(jù)集與SAS數(shù)據(jù)庫。SAS庫的類型可分為永久數(shù)據(jù)庫（關(guān)閉SAS后數(shù)據(jù)集保存）和臨時數(shù)據(jù)庫（關(guān)閉SAS軟件后SAS數(shù)據(jù)集不保存，但可以保存進建立臨時數(shù)據(jù)集的程序）。

像我們搞醫(yī)學(xué)的人，天天在醫(yī)院面對生老病死，知道生命的無常，所以我立即跑去表白，我看著TA，對TA含情脈脈地說道（如果我們在一起了，我有各種臨床同學(xué)，以后你們?nèi)铱床∥野耍┑呛髞砦倚枰瑫r兼顧我的學(xué)業(yè)、科研和臨床，約會的時候常常遲到，TA找我的時候電話也常常沒法及時接聽，TA懷疑我變心了，我只好向TA剖白我的心。但是TA還是說我沒有時間陪伴TA，感覺醫(yī)學(xué)也沒有什么太大的前景，建議我換一個專業(yè)，怎么可能！！

Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫這是今天推薦首款生存曲線制作方法，官網(wǎng)(http://kmplot.com/analysis/)，它是長的這個樣子的。SPSS軟件制作生存曲線是最經(jīng)典的做法，只要你有數(shù)據(jù)就能做，就是不熟悉SPSS的孩紙會感覺稍稍復(fù)雜。OncoLnc，也是一款基于TCGA數(shù)據(jù)預(yù)后分析網(wǎng)站，官網(wǎng)網(wǎng)址：http://www.oncolnc.org/。R語言做生存曲線作為今天的壓軸方法，在這里以TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)為例，分析差異基因表達情況與患者的生存關(guān)系。

確認過眼神，TCGA甲基化分析工具再也沒有更NB的了！談起TCGA分析工具，我知道你肯定要說什么 GEPIA，cbioportal......， 但是 TCGA甲基化呢？這些碉堡的神器瞬間就黯然失色了吧，數(shù)風(fēng)流神器，還看白介素同學(xué)推薦，首先來看下今天要分享的神器有哪些NB功能吧：本科研神器還提供數(shù)據(jù)下載，即甲基化位點在TCGA腫瘤中的預(yù)后分析，單因素和多因素都有，且提供TCGA甲基化數(shù)據(jù)的矩陣數(shù)據(jù)，已經(jīng)處理好了，拿來即用！

[神器分享] 自從用了這個神器，大規(guī)模RNA-seq數(shù)據(jù)挖掘我也可以。通過這張圖展示的是 GEO數(shù)據(jù)庫中的 RNA-seq數(shù)據(jù)與芯片數(shù)據(jù)積累隨時間的變化，很顯然測序數(shù)據(jù)從2015年開始就已經(jīng)超過了芯片數(shù)據(jù)的累積。這里只列舉了部分，甚至還包括了 TCGA的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)都整理為 H5格式，數(shù)據(jù)包括原始的 read count數(shù)據(jù)和 meta data信息，簡單講這些數(shù)據(jù)都整理成了方便后續(xù)分析的矩陣格式，可以這樣全部下載。

這張圖很熟悉呀，就是Oncomine數(shù)據(jù)庫做的，操作一下，特別說明這個數(shù)據(jù)庫本身需要edu的郵箱注冊，用起來很方便，是最大的腫瘤芯片數(shù)據(jù)庫。再接下來，換了個數(shù)據(jù)庫，該分析的都分析得差不多了，用cbioportal數(shù)據(jù)庫分析基因突變與生存的關(guān)系，還有這些基因在乳腺癌中的突變情況，那個圖也很簡單：關(guān)于該數(shù)據(jù)庫的使用我們做了一期非常細致的帖子：懶人如何分析TCGA數(shù)據(jù)之cBioportal網(wǎng)站。

騷操作，為你寫詩竟然可以發(fā)23分頂級?？?！最近，南昌大學(xué)在職博士, 南昌大學(xué)醫(yī)院心內(nèi)科副主任醫(yī)師，胡春松就做到了，而且還是國際排名第一的頂級心血管期刊European Heart Journal （IF=23.425）！CtH這一概念由胡春松等在《中華高血壓雜志》發(fā)表的《中國心血管現(xiàn)狀:挑戰(zhàn)與對策》中提出，是指不良生活方式導(dǎo)致的“新型壓力”相關(guān)的高血壓，“C”指的是CtH的主要臨床特征——體內(nèi)cortisol（可的松）水平升高。

篩選對HCC侵襲性影響最大的基因變異BAP1，用 Huh7細胞轉(zhuǎn)染實驗進行驗證.In this paper abstract, the author gives theseresults:??1: The frequencies of the aberrancies of the DNA copy-number-correlated(CNV cor)expression genes and the methylation-correlated expression(METcor)genes are co-regulated significantly.??(異常的MET和CNV的基因有些顯著的共調(diào)控作用)對于CNV和MET差異表達基因可以用于肝癌的分子分型。

其實，出現(xiàn)兩次正面、一次正面、零次正面的概率也是很極端的，加起來，就是雙側(cè)P值：事實上，P值是我們通過轉(zhuǎn)換得到的一個值，在假設(shè)檢驗中，我們得到的t值，z值，F(xiàn)值都可以轉(zhuǎn)換為P值，比如Z=1.96，我們就可以通過查表或者統(tǒng)計軟件計算得到對應(yīng)的P=0.05。（本文的第三部分主要引用了馬同學(xué)的“如何理解假設(shè)檢驗、P值？”和胡傳鵬的“統(tǒng)計知識 | 談?wù)凱值和α水平”）四、造成統(tǒng)計意義的誤解，是p值，還是我們自身？

規(guī)培變3年，寒窗苦讀多少年，想做醫(yī)生有多難！扎身在實驗的海洋里。在科研和實驗的世界里，不是努力就行了。有太多的年青醫(yī)生，太多的英才豪杰，前仆后繼。大城市，好醫(yī)院，光明未來。你還需要一張博士證作為入場券。你辛辛苦苦再考一個博士。有65%的博士延期畢業(yè)。大學(xué)校長建議博士分流。你在實驗樓上望下去。上海這座城市燈火輝煌。再加一年，13年和14年苦讀有什么差別。

“都挺好，蘇明玉如果是個醫(yī)學(xué)生還能都挺好嗎”我叫蘇明玉，是一個醫(yī)生/在讀碩博士/科研狗。日?；钴S在國內(nèi)最出名的一批三甲醫(yī)院。別人一般叫我蘇師姐、蘇醫(yī)生或者蘇博。光鮮亮麗的表面下是你看不見的一個醫(yī)生的“原生”之痛。分別是1.日常作妖，花樣百出的實驗。2.“假仁假義”，日常失望的實驗數(shù)據(jù)結(jié)果3.吸血吸淚還是時常暴擊的文章。咱們一起“都挺好”吧！

他，“操縱”了期刊影響因子40年。影響因子之父尤金·加菲爾德（Eugene Garfield）。影響因子應(yīng)運而生，但是此時的影響因子指的是一篇文章的被引用次數(shù)。為了提升影響因子的影響力，加菲爾德與《Nature》、《Science》玩起了心照不宣的游戲，1975年，加菲爾德將 “影響因子”公式分母被調(diào)整為只包括原創(chuàng)研究論文（original research articles）、綜述文章（reviewarticles）和技術(shù)報告（technical notes）在內(nèi)的學(xué)術(shù)文本。

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舉個例子，實驗室今年有兩個師兄要發(fā)SCI，老板改起論文也是焦頭爛額，這樣一來二去，郵箱里的各個論文版本常常讓師兄分不清，甚至在錯誤的版本上進行了修改。AUTHOREA是一個多人協(xié)作的論文寫作平臺！AUTHOREA支持所有共同作者在一個平臺內(nèi)協(xié)作寫作、修改論文，好處也是不言而喻的，無需反復(fù)收發(fā)電子郵件，不用面對混亂的論文版本，是不是很開心~插入?yún)⒖嘉墨I，AUTHOREA支持從各個主流數(shù)據(jù)庫，本地、DOI以及URL導(dǎo)入?yún)⒖嘉墨I；

為此，本文的核心有兩點，一是提供一些小工具，跨越語言障礙地順利瀏覽文獻，二是在克服語言障礙的基礎(chǔ)上，如何有效的閱讀文獻。不過，筆者在這里給大伙介紹另一款秒翻譯PDF文檔的神器Adobe Acrobat（筆者使用的Adobe Acrobat Pro DC，至于具體的下載和安裝方式，讀者可自行百度）?？偟膩碚f，就是善用Chrome瀏覽器的網(wǎng)頁翻譯，以及對PDF文件所采用的Adobe Acrobat Chrome瀏覽器的組合，那么，語言障礙基本算是解決了。

R語言系列第一期（番外篇 ）：R的6種對象—向量、矩陣、數(shù)組、因子、列表、數(shù)據(jù)框。向量大體上分為3種，數(shù)值向量，字符向量，邏輯向量。矩陣是一個二維的元素向量組，其實就是向量的一個升維版，內(nèi)部元素也必須一致。因子是使用向量創(chuàng)建的R對象，類似統(tǒng)計學(xué)中的分類變量，它將向量與向量中元素不同值一起存儲成標(biāo)簽，而不論是哪種類型的向量，最后都存儲成字符型元素。之前我們提到數(shù)據(jù)框提取向量，使用d$age來提取d中的age變量。

R語言系列第一期：R語言背景、下載安裝及功能介紹。Sally和sally是不一樣的。1. 向量(vector)：向量大體上分為3種，數(shù)值向量，字符向量，邏輯向量。2. 矩陣(matrix)：矩陣是一個二維的元素向量組，在數(shù)學(xué)上被廣泛運用(如協(xié)方差矩陣)，在R中，矩陣里的元素可以是任意類型，但必須相同。4. 因子(factor)：因子是使用向量創(chuàng)建的R對象，它將向量與向量中元素不同值一起存儲成標(biāo)簽，而不論是哪種類型的向量，最后都存儲成字符型元素。