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UKB-PPP pQTL數(shù)據(jù)的下載與分析

 SCI狂人團(tuán)隊(duì) 2024-12-27 發(fā)布于廣東

最近有很多粉絲問(wèn)題到如何下載UKB-PPP pQTL數(shù)據(jù)、如何分析?現(xiàn)在來(lái)看看這個(gè)問(wèn)題,首先我們可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下載的網(wǎng)址,具體如下:https://www./Synapse:syn51364943/wiki/622119

需要用郵箱注冊(cè)一個(gè)賬號(hào),然后登錄進(jìn)去,點(diǎn)擊Files就可以進(jìn)入如下的界面就可以找到了下載的地方:

自己可以下載自己需要的pqtl數(shù)據(jù),也可以全部下載來(lái),不過(guò)全部下載下來(lái)是比較困難的,因?yàn)檫@里有2940個(gè)文件,搞下來(lái)就高達(dá)2T數(shù)據(jù),沒(méi)有穩(wěn)定的、高速的網(wǎng)絡(luò)根本行不通。

UKB-PPP pQTL數(shù)據(jù)非常不友好,下載下來(lái)是不能直接分析的,因?yàn)閿?shù)據(jù)按照染色體分開(kāi)存放的,更慘的就是沒(méi)有提供rs開(kāi)頭的SNP ID,根本沒(méi)有辦法分析。

既然下載好的數(shù)據(jù)是分開(kāi)的,又沒(méi)有SNP ID,想進(jìn)行數(shù)據(jù)分析必須進(jìn)行數(shù)據(jù)合并和SNP ID轉(zhuǎn)換,這個(gè)就麻煩了,因?yàn)檫@些操作需要大量的硬盤空間、強(qiáng)大的CPU、內(nèi)存,普通電腦根本無(wú)從下手。

UKB-PPP pQTL數(shù)據(jù)的缺點(diǎn)和難點(diǎn):

處理成本比較高:
1、至少要5T以上的硬盤
(普通電腦根本沒(méi)有這么大的硬盤,需要購(gòu)買移動(dòng)機(jī)械大硬盤)
2、對(duì)CPU、內(nèi)存要求高(普通筆記本吃不消)
3、需要服務(wù)器、Mac Studio、頂配臺(tái)式機(jī)
2940個(gè)文件轉(zhuǎn)換ID的時(shí)間計(jì)算:
需要一定的編程能力,同時(shí)對(duì)電腦配置要求比較高
普通電腦:直接冒煙
好一點(diǎn)的電腦:轉(zhuǎn)好一個(gè)文件(2小時(shí)),一共需要5880小時(shí)(245天)
高端電腦:轉(zhuǎn)好一個(gè)文件(1小時(shí)),一共需要2490小時(shí)(122.45天)
大型服務(wù)器:轉(zhuǎn)好一個(gè)文件(半小時(shí)),一共需要1445小時(shí)(60.20天)
2940個(gè)文件的合并、提取cis-pqtl、過(guò)濾數(shù)據(jù)的時(shí)間:
需要一定的編程能力,同時(shí)對(duì)電腦配置要求比較高
普通電腦:直接冒煙
高端電腦或者大型服務(wù)器:需要10天左右

最好的就是有專業(yè)人士用大型服務(wù)器下載和處理好





UKB-PPP pqtl 批量分析


UKB-PPP pqtl數(shù)據(jù)挖掘的應(yīng)用
單純的MR基本發(fā)不了
聯(lián)合其他pqtl、eqtl、批量共定位數(shù)據(jù)挖掘
驗(yàn)證藥靶基因的結(jié)果
作為生信分析或者基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的輔助驗(yàn)證
國(guó)自然課題設(shè)計(jì)、博士論文課題設(shè)計(jì)的前期基礎(chǔ)

本文只分享下載地址和數(shù)據(jù)處理思路,剩下的細(xì)節(jié)問(wèn)題需要自己進(jìn)行摸索!

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