最近有很多粉絲問(wèn)題到如何下載UKB-PPP pQTL數(shù)據(jù)、如何分析?現(xiàn)在來(lái)看看這個(gè)問(wèn)題,首先我們可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下載的網(wǎng)址,具體如下:https://www./Synapse:syn51364943/wiki/622119 需要用郵箱注冊(cè)一個(gè)賬號(hào),然后登錄進(jìn)去,點(diǎn)擊Files就可以進(jìn)入如下的界面就可以找到了下載的地方: 自己可以下載自己需要的pqtl數(shù)據(jù),也可以全部下載來(lái),不過(guò)全部下載下來(lái)是比較困難的,因?yàn)檫@里有2940個(gè)文件,搞下來(lái)就高達(dá)2T數(shù)據(jù),沒(méi)有穩(wěn)定的、高速的網(wǎng)絡(luò)根本行不通。 UKB-PPP pQTL數(shù)據(jù)非常不友好,下載下來(lái)是不能直接分析的,因?yàn)閿?shù)據(jù)按照染色體分開(kāi)存放的,更慘的就是沒(méi)有提供rs開(kāi)頭的SNP ID,根本沒(méi)有辦法分析。 既然下載好的數(shù)據(jù)是分開(kāi)的,又沒(méi)有SNP ID,想進(jìn)行數(shù)據(jù)分析必須進(jìn)行數(shù)據(jù)合并和SNP ID轉(zhuǎn)換,這個(gè)就麻煩了,因?yàn)檫@些操作需要大量的硬盤空間、強(qiáng)大的CPU、內(nèi)存,普通電腦根本無(wú)從下手。 最好的就是有專業(yè)人士用大型服務(wù)器下載和處理好 本文只分享下載地址和數(shù)據(jù)處理思路,剩下的細(xì)節(jié)問(wèn)題需要自己進(jìn)行摸索! |
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