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退過學(xué)、辭過職,90后小伙科研只為愛好,成果登上Science

 返樸 2024-12-25 發(fā)布于北京

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他從小就喜歡觀察昆蟲,尤其迷戀蝴蝶,全家上下為他制作捕捉昆蟲的網(wǎng)兜。長大之后,他輾轉(zhuǎn)四國求學(xué),并發(fā)現(xiàn)了調(diào)控蝴蝶翅膀顏色的奧秘,相關(guān)論文發(fā)表在12月6日的Science上。
撰文 路飛

從本科到讀博,然后再做博士后,田申換過四個(gè)國家,先后在澳大利亞、日本、新加坡和美國的著名高校中學(xué)習(xí)、研究。唯一不變的,是他對蝴蝶的迷戀。

特別是蝴蝶翅膀的顏色,在陽光下可以折射出斑斕的光芒,從深沉的藍(lán)到熱烈的紅,從神秘的紫到耀眼的金,這些色彩,如同隱藏在翼翅間的秘語,訴說著生命的奧秘。這些顏色并非單純?yōu)榱搜b飾,它們是蝴蝶與環(huán)境交互的結(jié)果,是自然選擇的杰作,也是生物適應(yīng)性的體現(xiàn)。

12月6日,新加坡國立大學(xué)博士后田申,以第一作者的身份在Science發(fā)表研究性論文,揭示了調(diào)控蝴蝶翅膀顏色的奧秘。

美東時(shí)間早上8點(diǎn),《返樸》與田申進(jìn)行了連線。打開攝像頭,對方露出了靦腆的笑容,他笑著說,“沒關(guān)系,我不緊張。”

田申丨圖源:本人提供

五年磨一劍
2019年8月,田申托著行李箱來到新加坡國立大學(xué),自此擰緊了博士征程的發(fā)條。用他的話來說,“這五年從來不敢休息,直到我博士畢業(yè),才和父母見面,且還是父母過來找我?!?/span>

食堂、宿舍、實(shí)驗(yàn)室,是田申的三點(diǎn)一線。他在新加坡國立大學(xué)Antonia Monteiro實(shí)驗(yàn)室的課題,聚焦在鱗翅目(蝴蝶與蛾)翅膀圖案多態(tài)性的遺傳、發(fā)育與進(jìn)化機(jī)理。

在生物學(xué)中,多態(tài)性是指在多變的環(huán)境中,生物在同一自然種群中具有不同的形態(tài),如英國樺尺蛾“工業(yè)黑化”的經(jīng)典案例。

這個(gè)案例在高中生物課本上講過:英國工業(yè)革命之前,樺尺蛾大多為白色,以便與樹干上白色的地衣融為一體。工業(yè)革命之后,隨著污染的增加,煤煙殺死了地衣,熏黑了樹干,導(dǎo)致白色的樺尺蛾暴露在黑色的環(huán)境中而更容易被鳥捕食。此時(shí),一種黑色的樺尺蛾在種群中出現(xiàn)。由于在被煤煙污染的環(huán)境中,黑色型更隱蔽、更不易被捕食者發(fā)現(xiàn),在短短的幾十年時(shí)間里,它們迅速占領(lǐng)整個(gè)種群。

多態(tài)性的產(chǎn)生是由于DNA序列的改變,使同一基因座上產(chǎn)生多個(gè)等位基因,從而產(chǎn)生不同的表型。黑化后的樺尺蛾之所以能夠一代代遺傳下來,就涉及到了多態(tài)性。

除樺尺蛾之外,還有許多相隔1億年進(jìn)化歷程的蝴蝶與蛾都存在類似的翅膀顏色多態(tài)性,例如枯葉蛺蝶的葉形擬態(tài)、家蠶的黑白色型等。

在鱗翅目翅膀圖案多態(tài)性的研究中,有一個(gè)進(jìn)化熱點(diǎn)的基因組區(qū)域。

這個(gè)基因組區(qū)域圍繞一個(gè)叫“cortex”的蛋白質(zhì)編碼基因。過去十多年,大量的全基因組關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),在鱗翅目昆蟲1億年的進(jìn)化歷程中,與黑色素相關(guān)的翅膀圖案多樣性的形成都與這個(gè)基因組區(qū)域脫不了關(guān)系。因此一直以來,科學(xué)家們認(rèn)為cortex是此基因組區(qū)域中控制黑色素產(chǎn)生與否的關(guān)鍵基因。

然而,全基因組關(guān)聯(lián)分析只能通過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法找到與不同翅膀顏色相關(guān)聯(lián)的基因組區(qū)域,但不能準(zhǔn)確判斷其中哪個(gè)基因在控制顏色。

大量自相矛盾的證據(jù)讓人懷疑,cortex是否真的是控制黑色素形成的關(guān)鍵?比如敲除了cortex基因之后,只有10%左右的個(gè)體出現(xiàn)明顯差異。這啟發(fā)了田申,他開始測試該基因組區(qū)域中除cortex以外其他一些基因的功能,包括之前一直被忽略的非編碼基因miRNA——這到了田申的研究“舒適區(qū)”,“當(dāng)我博士開始研究鱗翅目翅膀圖案的發(fā)育進(jìn)化機(jī)理時(shí),我就下意識地關(guān)注到在這個(gè)熱點(diǎn)基因組區(qū)域中,cortex這個(gè)基因旁邊其實(shí)就有miRNA,卻一直被人忽略。”

miRNA是小分子非編碼RNA,它們雖然不像大多數(shù)基因那樣編碼蛋白質(zhì),但它們通過抑制靶基因的表達(dá)在基因調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。

在這項(xiàng)研究中,田申發(fā)現(xiàn)了一個(gè)緊鄰cortex基因的miRNA - mir-193。于是,他使用基因編輯工具CRISPR-Cas9在三種深度分化的蝴蝶中敲除了mir-193。研究發(fā)現(xiàn),敲除mir-193 之后,非洲偏瞳蔽眼蝶(Bicyclus anynana)、東方菜粉蝶(Pieris canidia)和玉帶鳳蝶 (Papilio polytes)中黑色和深色的翅膀顏色消失了,只留下白色/淺色。

敲除mir-193前后蝴蝶顏色對比 丨圖源:論文

而敲除同一基因組區(qū)域中的包含cortex在內(nèi)的其他四個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,并不會影響翅膀顏色。對照實(shí)驗(yàn)表明,mir-193才是鱗翅目昆蟲中控制黑色素翅膀顏色圖案多態(tài)性的關(guān)鍵,而非cortex或任何其他附近的蛋白質(zhì)編碼基因。

由于mir-193不僅存在于在鱗翅目昆蟲,也存在于整個(gè)動(dòng)物界包括人類,為了擴(kuò)大研究結(jié)果的普適性,于是團(tuán)隊(duì)聯(lián)合密歇根大學(xué)在非鱗翅目昆蟲——果蠅中測試了mir-193的功能。令人驚訝的是,在果蠅中mir-193也能控制黑色生成,這表明mir-193甚至能控制鱗翅目昆蟲之外生物的顏色。

“這項(xiàng)研究參與人員其實(shí)很多,我與Antonia Monteiro同實(shí)驗(yàn)室的成員,以及日本東京大學(xué)程久美子實(shí)驗(yàn)室(田申在此讀碩士)、藤原晴彥實(shí)驗(yàn)室,以及美國密歇根大學(xué)Patricia Wittkopp實(shí)驗(yàn)室都有合作。”

保衛(wèi)蝴蝶,保衛(wèi)文章
田申在講座丨圖源:本人提供

為什么說田申這五年一刻也不敢休息呢?

因?yàn)樗Pl(wèi)蝴蝶,保衛(wèi)文章。

2020年,實(shí)驗(yàn)室的蝴蝶被真菌感染,陸續(xù)死了一批,導(dǎo)致很多研究只能擱置,寫了一半的文章停在那里。盡管實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了幾次衛(wèi)生消毒,但是蝴蝶還是一批一批地死。幸運(yùn)的是,田申的蝴蝶安然無恙,但是這群“小精靈”讓他整天提心吊膽。

于是他打算給蝴蝶“挪窩”,恰好一個(gè)印度裔的教授在同一樓層有一個(gè)空房間,田申請求對方借來一用?!岸嗵澚怂?,我在文章的最后特地向這個(gè)教授表達(dá)了感謝?!?/span>

接下來,田申每天從宿舍出發(fā),第一件事是“趁著自己還沒被污染”,先到這個(gè)借來的房間處理相關(guān)實(shí)驗(yàn);處理完畢之后,再回到自己的實(shí)驗(yàn)室完成其他事項(xiàng)。晚上回到住地,第一件事就是把自己“洗干凈”,避免第二天污染蝴蝶。

放假期間,田申成了實(shí)驗(yàn)室的“留守實(shí)驗(yàn)員”,兼顧著幫忙照料同門的實(shí)驗(yàn)蝴蝶。所幸在他的看護(hù)下,這些蝴蝶都存活了下來。

當(dāng)田申在新加坡進(jìn)行緊鑼密鼓的實(shí)驗(yàn)時(shí),美國兩支研究蝴蝶的團(tuán)隊(duì)也在同樣的研究領(lǐng)域取得了重大突破。他們在同一個(gè)熱點(diǎn)基因組區(qū)域發(fā)現(xiàn)長鏈非編碼RNA“ivory”也能調(diào)控黑色素生成。

“學(xué)界的氛圍還是比較包容開放的,當(dāng)我們得知對方也在研究的時(shí)候,三個(gè)實(shí)驗(yàn)室約定今年2月份同時(shí)發(fā)了一版預(yù)印本。他們這兩篇文章分別在8月和10月發(fā)表在PANS(美國科學(xué)院院刊)上,我還去祝賀了一波?!碧锷曜孕诺卣f,“但是我確定我們的工作更加詳盡完善?!?/span>

后續(xù)田申研究發(fā)現(xiàn)ivory其實(shí)是mir-193的前體,這里還有一個(gè)有趣的插曲。當(dāng)時(shí)田申既想補(bǔ)充一項(xiàng)額外的實(shí)驗(yàn)充分證明“ivory是mir-193的前體”,又想盡快把這篇文章先發(fā)出去,拿不定主意,就去找導(dǎo)師商量,最終決定先投期刊,然后用第一輪審稿的時(shí)間完成補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)。

“我認(rèn)為我補(bǔ)的實(shí)驗(yàn)對于支持某個(gè)結(jié)論非常重要,所以就算審稿人沒有提出,我也希望在后續(xù)審稿的過程中把這個(gè)結(jié)果加上,因?yàn)槲蚁矚g做自己文章的審稿人,我希望我的作品滴水不漏?!?/span>

果然第一輪審稿結(jié)束之后,三個(gè)審稿人對這項(xiàng)成果都給予了高度評價(jià)。其中有一個(gè)審稿人提出希望補(bǔ)充一項(xiàng)實(shí)驗(yàn),直接證明mir-193的前體是ivory,如此整個(gè)證據(jù)鏈就會更完整。

其實(shí)在此之前,田申已經(jīng)做完了補(bǔ)充實(shí)驗(yàn),所以拿到審稿意見之后,他很快返回了二稿,“我甚至都擔(dān)心審稿人會不會覺得我們弄虛作假?!碧锷晷Φ?。

文章很快被接收,審稿人對文章評價(jià)極高,“這將在蝴蝶翅膀圖案領(lǐng)域產(chǎn)生重大影響,并且更廣泛地對進(jìn)化發(fā)育學(xué)產(chǎn)生影響,為該主題的一系列新研究奠定基礎(chǔ)。”“這項(xiàng)研究警示了在全基因組關(guān)聯(lián)分析研究中不能只關(guān)注蛋白質(zhì)編碼基因。”

從小爺爺給我做捕網(wǎng)
田申1993年出生于河北秦皇島,從幼兒時(shí)期就對昆蟲極其感興趣。當(dāng)別的孩童還在因?yàn)橥婢呖摁[時(shí),他可以一個(gè)人興致盎然地在小花壇里盯著蝴蝶、蛾子待上半天。父母見他搞一身泥土不但不責(zé)怪,還會給他買很多圖文并茂的書籍和蝴蝶標(biāo)本。

因?yàn)槟赣H常駐日本,父親忙于銀行工作,他從小跟著爺爺奶奶生活。爺爺給他做了很多捕捉蝴蝶的網(wǎng)兜,一開始是用竹竿,不知道被玩壞了多少根,后來干脆直接換成鋼管,“根本拎不動(dòng)”。

直到讀高中,生物仍然是他最喜歡的學(xué)科?!白鲎鳂I(yè)的時(shí)候時(shí)常把生物作業(yè)放在最后做,就像好吃的東西總想留到最后吃”。2012年6月,田申考上了南開大學(xué),生物學(xué)是板上釘釘?shù)牡谝恢驹?,結(jié)果事與愿違,錄取了第二志愿——口腔醫(yī)學(xué)。

沒有讀上心儀的生物學(xué)專業(yè),這讓田申十分沮喪。于是入學(xué)兩個(gè)月后,他果斷選擇退學(xué),全力備考雅思,申請國外的學(xué)校。次年2月,田申赴澳洲讀生物學(xué)專業(yè),最終在澳大利亞國立大學(xué)獲得理科學(xué)士學(xué)位。囿于常年與母親聚少離多,在考慮碩士學(xué)校時(shí),他選擇了日本東京大學(xué),在程久美子實(shí)驗(yàn)室,從事miRNA研究。

在日本,碩士課程被稱為“博士前期課程”,通常為期2年。完成碩士課程后,學(xué)生可以繼續(xù)進(jìn)行“博士后期課程”,這通常為期3年,相當(dāng)于中國的博士學(xué)位課程。

碩士畢業(yè)那會兒,田申并不確定繼續(xù)讀博還是工作,就一邊申請博士,瞄著世界上有名的“蝴蝶實(shí)驗(yàn)室”;一邊也申請了業(yè)界的職位。結(jié)果,他拿到了東京大學(xué)、劍橋大學(xué)、新加坡國立大學(xué)的入學(xué)offer,一家戰(zhàn)略咨詢公司也遞來橄欖枝。

考慮到博士入學(xué)時(shí)間較晚,田申決定先入職咨詢公司,成為一名高薪體面的白領(lǐng)。一天到晚漂浮在高空中的格子間,端著咖啡,對著電腦,如果向遠(yuǎn)處眺望,還可以看到皇宮,這樣的生活豈不美哉?但田申對這般生活無所適從,“只有試錯(cuò)之后,我才知道自己真正熱愛的是科研?!?/span>

在工作3個(gè)月后,田申下定決心讀博。但在東京大學(xué)、新加坡國立大學(xué)、劍橋大學(xué)之間做出選擇,也讓田申十分糾結(jié)。

2019年7月,田申收到了新加坡國立大學(xué)導(dǎo)師Antonia Monteiro的郵件,大意是“8月即將開學(xué),你什么時(shí)候到校?”于是在一個(gè)風(fēng)和日麗的周六,田申打電話與父母商量,最終決定辭去做了4個(gè)月的咨詢工作,去新加坡讀博。

Antonia Monteiro是葡萄牙人,藝術(shù)細(xì)胞豐富,同樣癡迷于蝴蝶。在她家的一面墻壁上,設(shè)計(jì)了馬賽克瓷磚拼接成的蝴蝶翅膀圖案,這一點(diǎn)讓田申十分著迷。其實(shí)他從小就接受美術(shù)訓(xùn)練,在初中時(shí),便與藝考生一起上培訓(xùn)課,他的畫作常常是藝考生中的佼佼者,“老師甚至建議我參加藝考”。

“我和Antonia Monteiro很聊得來,她給了我廣闊的天地讓我發(fā)揮。我在這做了四年博士、一年博后,無論是精神上還是經(jīng)濟(jì)上,Antonia都很支持我,研究經(jīng)費(fèi)支持力度很大,討論問題也能產(chǎn)生共鳴,”田申忍不住對導(dǎo)師表達(dá)感謝,“直到畢業(yè),我和她仍然聯(lián)系緊密”。

今年10月,田申拿到了美國杜克大學(xué)的Hargitt fellowship,現(xiàn)在在Anyi Mazo-Vargas實(shí)驗(yàn)室繼續(xù)做關(guān)于蝴蝶研究的博士后研究工作。田申說,“我希望(未來)建立自己的實(shí)驗(yàn)室,繼續(xù)做喜歡的研究工作。

參考資料

http:///10.1126/science.adp7899


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