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安裝R包搞不定,直接copy不香嗎?

 育種數(shù)據(jù)分析 2024-12-18 發(fā)布于河南

大家好,我是鄧飛,最近星球的小伙伴詢問(wèn)如何在windows安裝GAPIT軟件包,真是李白的行路難:欲渡黃河冰塞川,將登太行雪滿山……

報(bào)錯(cuò)顯示LDheatmap不在Bioconductor3.2版本中,然后報(bào)錯(cuò)顯示:

下載到本地安裝,還是報(bào)錯(cuò):

安裝Bioconductor3.2,再安裝LDheatmap還是報(bào)錯(cuò):

這日子沒(méi)法過(guò)了,然后我就說(shuō):我晚上發(fā)個(gè)公眾號(hào),將相關(guān)R包都打包一下,發(fā)出來(lái),然后你復(fù)制到R的library應(yīng)該就可以了。

1,我先將.libPath()的文件夾找到

2,載入GAPIT,發(fā)現(xiàn)找不到,那就將之前安裝好的GAPIT文件夾copy到

copy GAPIT文件夾到"C:/Program Files/R/R-4.4.2/library" 里面:

3,搞定:

4,將R4.4所有l(wèi)ibrary的包都匯總到cp_library文件夾中

你可以將里面的R包都復(fù)制,然后放到C:/Program Files/R/R-4.4.2/library中,不要覆蓋,復(fù)制完成再載入GAPIT,就搞定了,所有的依賴包都搞定了。

這個(gè)思路,解決R包安裝,屢試不爽。

有時(shí)候,我在想,這么簡(jiǎn)單的方法,R語(yǔ)言的CRAN為何不做一個(gè)RPro,類(lèi)似JuliaPro一樣,將所有官方的R包都放進(jìn)去,估計(jì)也不到4Gb,可以節(jié)省多少時(shí)間和精力,我后面把數(shù)據(jù)分析和生物信息常用的R包搞一個(gè)windows版本和Linux版本的,直接放進(jìn)去,你只需要下載最新版的R,然后將文件夾的內(nèi)容不覆蓋的粘貼,所有的R包統(tǒng)統(tǒng)都能搞定,想想就酸爽……

注意:將下載的文件解壓后,將里面的內(nèi)容,找到你的library文檔,粘貼進(jìn)去,不要覆蓋就可以了。查看library路徑,在R中輸入.libPath()

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