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【原】如何計(jì)算LD衰減一半的距離？

 育種數(shù)據(jù)分析 2024-06-21 發(fā)布于河南

大家好，我是鄧飛。

LD衰減圖，可以形象的查看群體LD衰減的情況。LD衰減是由于連鎖不平衡所致，LD衰減速度在不同物種或者不同亞種中差異不同，通常用LD衰減到一般的距離來(lái)作為群體的衰減距離（還有其它計(jì)算方法），如果LD衰減很快，則在進(jìn)行GWAS分析時(shí)需要更多的位點(diǎn)才能達(dá)到一定的精度。（計(jì)算群體GWAS分析所需要的最少SNP個(gè)數(shù)）

另外，LD衰減也可以反應(yīng)群體受選擇的情況，一般來(lái)說(shuō)，野生群體比馴化改良群體LD衰減快，異花授粉比自花授粉植物L(fēng)D衰減快。

之前寫(xiě)過(guò)推文教程（LD衰減圖繪制--PopLDdecay）

出的圖是上面這個(gè)樣子的，如果人為查看的衰減一半的距離，大約是100kb左右，如何更科學(xué)的計(jì)算呢？

網(wǎng)上看到了一個(gè)perl腳本可以根據(jù)PopLDdecay的結(jié)果自動(dòng)計(jì)算衰減一半的距離：（https://www.jianshu.com/p/8205dbcb3839）

代碼如下：calculate_LDlength.pl

#!/usr/bin/perl -wuse strict;
my $in0 = $ARGV[0]; ##- sarson.LD.stat.gz
open IN0, "gzip -dc $in0 | ";<IN0>;my $firstLine = <IN0>;chomp($firstLine);my @firstLine = split(/\t/, $firstLine);my $max = $firstLine[1];close IN0;
my %dis2Value = ();open IN1, "gzip -dc $in0 | ";<IN1>;while(<IN1>){  chomp;  my @temp = split(/\t/, $_);  $dis2Value{$temp[0]} = $temp[1];}close IN1;
my $halfValue = $max/2;
for my $key1(sort {$a<=>$b} keys %dis2Value){
    my $next = $key1 + 1;        if(exists $dis2Value{$next}) { 
       my $currentValue = $dis2Value{$key1};       my $nextValue = $dis2Value{$next};             if($currentValue >= $halfValue && $nextValue < $halfValue){          print "Processing ", $in0, "\n";          print "max LD: r2: ", $max, "\n";          print "half LD:  r2: ", $halfValue, "\t", "LD length: ", $key1, "\n";           last;       } 
    }
}

例如PopLDdecay生成的文件為：LDdecay.stat.gz，用上面的程序處理這個(gè)文件，就能得到衰減一半的距離，調(diào)用方法：

$ perl calculate_LDlength.pl LDdecay.stat.gz Processing LDdecay.stat.gzmax LD: r2: 0.8551half LD:  r2: 0.42755  LD length: 67

可以看到LD衰減一半的值是0.427，對(duì)應(yīng)的距離是67kb。

以上。

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