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我的筆記本

 2023我來過 2024-03-27 發(fā)布于廣東
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07:15設(shè)置模擬區(qū)域
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box尺度設(shè)定為30A,不代表模擬區(qū)域就是30A。真實長度是30×晶格長度(單位:埃米A)。也就是設(shè)置的代表30個晶格(30層原子)。
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08:14想設(shè)置區(qū)域為30A
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需要加命令:units box。
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09:02容易混淆的地方
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create_box 1 box1 # 1代表盒子中只有一類原子,box1是盒子名稱。
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12:27通配符
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w使原子間相互作用。勢函數(shù)名稱注意不要寫錯。不同勢函數(shù)類型,pair_coeff 原子的排列寫法不同。具體要查詢。
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14:27write_data導(dǎo)出文件
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17:27xyz文件在OVITO打開
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xxyz文件可在OVITO直接打開,生成原子構(gòu)型圖
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20:11timestep
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y設(shè)定運行時間。在metal單位制下,單位為ps。
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20:52velocity
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創(chuàng)建初始速度,也可理解為創(chuàng)建初始溫度。

all - 關(guān)鍵字。也可以對劃分的組進行設(shè)定。create 關(guān)鍵字,要創(chuàng)建的初始溫度,300K。12345是隨機種子。

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22:37fix命令
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1,命令的ID。all 所有原子,也可以對分組設(shè)定。npt,系綜。temp 溫度,300 300 1--初始溫度-截止溫度-溫度阻尼系數(shù)。iso 控壓方式,對x y z三個方向聯(lián)合控壓; 0 0 1:初始壓強-結(jié)束壓強-阻尼系數(shù)。

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26:30thermo命令
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輸出步長間隔。1000步輸出一次。

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27:35thermo_style
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輸出樣式,

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28:50dump命令
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1-命令的ID。all關(guān)鍵字,對所有原子操作。custom 自定義輸出。1000步輸出一次,輸出在Al.xyz文件中,輸出類型x y z坐標。

OVITO可以動態(tài)演示xyz文件的原子運動。

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