因其地位居肇州之東，故取名“肇東”。

商、周時(shí)期為濊貊居地。秦、漢、三國(guó)及魏、晉時(shí)期，夫余族人民在境內(nèi)居住。南北朝時(shí)期，本縣境域?yàn)槎鼓獖鋰?guó)。隋時(shí)期，境內(nèi)民族為靺鞨族。唐時(shí)期，境內(nèi)民族為靺鞨族安東骨部。遼時(shí)期，屬東京道所轄，治所設(shè)在遼陽(yáng)府（今遼寧省遼陽(yáng)市）。金時(shí)期，屬上京路肇州轄境。元時(shí)期，為成吉思汗二弟哈布圖哈薩爾之分封地，為開(kāi)元路所轄，治所設(shè)在黃龍府（今吉林省農(nóng)安縣）。元貞元年（1295年），設(shè)立肇州屯田萬(wàn)戶府，治所設(shè)在八里城（今四站人民公社境內(nèi)），肇東境域?yàn)檎刂萃吞锶f(wàn)戶府所轄。明時(shí)期，屬奴兒干都司塔山衛(wèi)。洪熙元年（1425年），屬郭爾羅斯部。民國(guó)時(shí)期肇東縣圖清代，系郭爾羅斯后旗游牧地。清光緒年間出放蒙荒，墾民漸稠。1906年2月1日（清光緒三十二年正月初八日），黑龍江將軍奏準(zhǔn)，設(shè)置肇州廳的同時(shí)，于昌五城（今昌五鎮(zhèn)）設(shè)肇東分防經(jīng)歷。翌年委任官員，至1908年（清光緒三十四年）肇東分防經(jīng)歷正式到任。1910年，肇東分防創(chuàng)設(shè)巡警分所。中華民國(guó)成立后，1912年11月5日，裁撤肇東分防經(jīng)歷，改設(shè)肇東設(shè)治局。設(shè)治員賀良楫奉命于11月30日前往“昌五”；12月4日開(kāi)辦，啟用關(guān)防。1914年7月1日，奉令將設(shè)治局改設(shè)肇東縣，縣公署駐昌五城。隸屬龍江道。1929年2月，裁撤道制，由黑龍江省直轄。時(shí)為二等縣。東北淪陷后，初隸黑龍江省，1934年12月改隸濱江省。1935年9月，將縣境西南部的第三區(qū)大部（今四站、西八里、澇洲、德昌、五里明鄉(xiāng)鎮(zhèn)一帶）劃歸郭爾羅斯后旗管轄。1937年12月3日，偽縣公署由昌五城遷至滿溝站（原名甜草崗，今肇東站），滿溝成為縣城，后稱“滿溝街”。為與縣名統(tǒng)一，1940年5月1日，將滿溝街改稱肇東街。1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，同年12月，劃歸哈西專區(qū)管轄。專員公署駐肇東縣城。1946年3月，劃歸吉江行政區(qū)。同年4月，將郭爾羅斯后旗的八里、四興（今四站鎮(zhèn)）、向陽(yáng)、三星、同仁村和呼蘭縣的樂(lè)安、安居、長(zhǎng)發(fā)、萬(wàn)寶村劃歸新設(shè)置的樂(lè)安縣管轄；1946年5月，撤銷(xiāo)吉江行政區(qū)，劃歸嫩江省；7月，撤銷(xiāo)樂(lè)安縣，并入肇東縣。1947年2月至9月，隸屬黑嫩聯(lián)合省第四專區(qū)管轄。黑嫩聯(lián)合省分設(shè)后，肇東縣隸屬嫩江省。1949年5月，嫩、黑兩省合并為黑龍江省，隸屬黑龍江省管轄。1954年8月，松、黑兩省合并后，由黑龍江省直轄。1958年8月，劃歸哈爾濱市領(lǐng)導(dǎo)。1960年1月，將萬(wàn)寶公社劃歸哈爾濱市。同年5月，將肇東縣劃歸松花江專區(qū)管轄。1965年6月，松花江專區(qū)更名為綏化專區(qū)，肇東縣隸屬綏化專區(qū)。1986年9月8日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷(xiāo)肇東縣，設(shè)立肇東市（縣級(jí)），以原肇東縣的行政區(qū)域為肇東市的行政區(qū)域，隸屬綏化地區(qū)管轄。1999年，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)改綏化地區(qū)為地級(jí)綏化市，肇東市由綏化市代管。

  肇岳山國(guó)家濕地公園試點(diǎn)位于肇東城區(qū)西北部，總面積235.37公頃，濕地面積141.24公頃，濕地率60%。該公園具有獨(dú)特的觀賞性，是北方同類(lèi)濕地的典型代表，是肇東市管轄區(qū)域內(nèi)保存完好的濕地區(qū)域，生態(tài)系統(tǒng)完整，蓄水和凈水能力強(qiáng)，能很好地發(fā)揮濕地生態(tài)系統(tǒng)的生態(tài)服務(wù)功能，為肇東市及其周邊居民服務(wù)。青山疊翠，碧波蕩漾，蘆葦搖曳，百鳥(niǎo)翔集，景色惹眼，仿佛置身江南水鄉(xiāng)，這就是肇東生態(tài)建設(shè)與經(jīng)濟(jì)可持續(xù)發(fā)展的典范、國(guó)家A級(jí)景區(qū)----肇岳山國(guó)家級(jí)濕地公園。肇岳山國(guó)家級(jí)濕地公園位于城區(qū)西北部，規(guī)劃建設(shè)面積237萬(wàn)平方米。公園設(shè)置入口緩沖區(qū)、山水景觀區(qū)、休閑娛樂(lè)區(qū)、濕地觀賞區(qū)和管理服務(wù)區(qū)五大功能區(qū)塊。主要建設(shè)內(nèi)容為游客服務(wù)中心、綜合辦公中心、濕地科研中心、博物館、親子樂(lè)園、林蔭花園、人工喂養(yǎng)體驗(yàn)園、電瓶車(chē)站、肇岳山、靜心湖、湖心鳥(niǎo)島、廣場(chǎng)、草坪、碼頭、長(zhǎng)廊、涼亭等。游客登上海拔52米的肇岳山主峰可鳥(niǎo)瞰肇東全城之美景，感受產(chǎn)城融合之碩果。象征著美好和祥瑞的葫蘆形靜心湖已雛形初顯，白額雁、灰鶴等15種國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物成群結(jié)隊(duì)在水中嬉戲，銀中楊、丁香、寒果樹(shù)、垂柳、沙棘等10萬(wàn)多株綠植點(diǎn)綴出一派生動(dòng)自然的休閑風(fēng)光?！安怀龀枪@山水之怡，身處鬧市而有林泉之致”，山水掩映、魚(yú)鳥(niǎo)相戲、松濤陣陣、綠樹(shù)青青的自然古樸生態(tài)濕地公園，將為廣大游客奉上一抹綠色的饕餮盛宴。肇岳山國(guó)家濕地公園有柳樹(shù)、銀中楊、丁香等喬灌木20多萬(wàn)株，蘆葦800畝。生態(tài)好了，動(dòng)物自然也多了，有國(guó)家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物大鴇，國(guó)家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物鳳頭蜂鷹、松雀鷹、白屬鷂、蓑耳鶴等。濕地公園內(nèi)服務(wù)設(shè)施較為完備，其中建成了環(huán)湖5公里道路，擁有游船兩艘，游客可以愜意地乘坐游船或是電瓶車(chē)游覽整個(gè)濕地公園。利用濕地公園有利環(huán)境構(gòu)建影視基地，為拍攝所建的歐式民居、教堂等特色建筑也成為一大亮點(diǎn)，吸引了大批游客前來(lái)觀光。