辨證論治理論在臨床的實際運用應包括收集四診信息（癥狀、體征）、審察病機、證候診斷、確立治則治法、選方用藥等環(huán)節(jié)。辨證的過程是對不同層次的病機進行推演、分析、歸納的過程。

病機大致包括基本病機、病類病機、證候病機、疾病病機、癥狀病機等層次，但最終都必須落實到具體的證候病機，才能確定針對性的治法，依法選方用藥施治。

基本病機反映的是疾病發(fā)生、發(fā)展與變化的一般規(guī)律。在疾病狀態(tài)下，由于病邪作用于人體，破壞了機體陰陽的相對平衡，使臟腑、經(jīng)絡、氣血功能紊亂。因此，基本病機大致可概括為陰陽失調、臟腑經(jīng)絡功能失調、氣血失常、津液代謝失常等。

病類病機是指一類疾病或一個系統(tǒng)疾病發(fā)生、發(fā)展、變化的臟腑病機。如肺系疾病的主要病機為肺氣宣降失常；心系疾病的主要病機為血脈運行障礙與神志失常；脾（胃）系疾病的主要病機為脾胃的運化功能與升降失常；肝（膽）系疾病的主要病機為肝膽失疏，氣機郁結；腎系疾病的主要病機為腎不藏精，氣化失司。

疾病病機是指某一疾病發(fā)生、發(fā)展、變化的機理。如痰飲的主要病機為三焦氣化失宣，肺、脾、腎通調、轉輸、蒸化水液功能失職，津液不歸正化；肺癰的主要病機為邪熱郁肺，蒸液成痰，熱壅血瘀，血敗肉腐，成癰化膿。

證候病機是指疾病在某一階段所表現(xiàn)證候的發(fā)生機理。如脅痛肝郁氣滯證的病機為肝失條達，氣機郁滯，絡脈失和。

癥狀病機是指病人所表現(xiàn)的某一癥狀體征的發(fā)生機理。如咳嗽是由肺氣上逆所致，目赤多由肝火上炎所致。