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免疫沉淀中蛋白跟抗體的“愛恨情仇”

 普健科研小助理 2023-01-13 發(fā)布于湖北

免疫沉淀(Immunoprecipitation, IP)是一種純化蛋白質(zhì)的方法。將目的蛋白的抗體與樣品提取液孵育,使抗體和蛋白質(zhì)在溶液中結(jié)合。然后用protein A/G 耦合的瓊脂糖凝膠,從樣品中將抗體/抗原復(fù)合物提取出來。這種物理方法可將所需蛋白質(zhì)從樣品中分離,然后樣品可以通過SDS-PAGE 進行分離并做 Western blot 分析。

IP流程

01

收獲細胞,加入適量細胞IP裂解緩沖液(含蛋白酶抑制劑),冰上或4℃裂解30 min, 12 000g離心30 min后取上清;

02

取少量裂解液以備Western blot分析,剩余裂解液將1 μg 相應(yīng)的抗體和10~50 μl protein A/G-beads加入到細胞裂解液,4°C緩慢搖晃孵育過夜;

03

免疫沉淀反應(yīng)后,在4°C 以3 000 g 速度離心5 min,將protein A/G-beads離心至管底;將上清小心吸去,protein A/G-beads用1 ml 裂解緩沖液洗3~4次;最后加入15 μl 的2×SDS 加樣緩沖液,沸水煮10分鐘;

04

SDS-PAGE,Western blotting或進行質(zhì)譜分析。

實驗成功四大步
01
蛋白樣品處理

免疫沉淀實驗成功與否,第一步處理樣品非常關(guān)鍵。免疫沉淀實驗本質(zhì)上是處于天然構(gòu)象狀態(tài)的抗原和抗體之間的反應(yīng),而樣品處理的質(zhì)量決定了抗原抗體反應(yīng)中的抗原的質(zhì)量,濃度以及抗原是否處于天然構(gòu)象狀態(tài)。

  • 全程注意低溫操作:冰上或4℃

  • 裂解液常用RIPA,主要含有pH7.4左右的離子緩沖液,接近生理濃度的NaCl,一定比例的去垢劑和甘油以及各類蛋白酶抑制劑等

02
抗體-agarose beads孵育
  • 裂解細胞,用制備的細胞裂解液上清+抗體+Protein A/G beads進行孵育實驗

03
抗體-agarose beads復(fù)合物洗滌
除了選擇特異性好的抗體以及選擇合適的陰性對照外,去除免疫沉淀實驗非特異性的一個辦法是對抗體-agarose beads復(fù)合物進行多次洗滌。

一般洗滌緩沖液使用和裂解液一樣的配方,但去除甘油,以減少由于甘油的粘性帶來的非特異性吸附。針對不同的實驗要求,還可以通過更改NaCl的濃度以及去垢劑的比例,種類來達到去除非特異性吸附的效果。

04
鑒定

通常用于免疫沉淀的抗體量非常大(1ug),所以當(dāng)目的蛋白的大小接近重鏈或者輕鏈時,重鏈或者輕鏈分子的WB信號常常由于信號過強而影響對目的蛋白的WB結(jié)果判斷。如何避免重/輕鏈的干擾?分享兩個小妙招:

1.  選擇不同種屬的抗體作為免疫沉淀實驗和WB檢測的一抗,再選擇一個種屬交叉反應(yīng)比較弱或者無種屬交叉反應(yīng)的二抗進行WB檢測,就可以大大減弱重鏈和輕鏈分子的WB信號。

2.  使用交聯(lián)劑將抗體和Protein A/G beads交聯(lián),然后通過添加不含巰基乙醇的加樣緩沖液處理目的蛋白-抗體-agarose beads復(fù)合物,最后離心去除抗體-agarose beads復(fù)合物,上清中只留下目的蛋白。

免疫沉淀實驗用途非常廣泛,基于最基本的免疫沉淀實驗又衍生出了許多免疫沉淀相關(guān)實驗手段,如免疫共沉淀、染色質(zhì)免疫沉淀和RNA-蛋白免疫沉淀,它們之間的差異以及常見問題,小編會在后續(xù)文章中跟大家分享,愛我就請關(guān)注我~

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